В Сирии соперничество между имамами из династий Касим-шахи и Мухаммед-шахи затянулось на более длительное время, чем в Персии, и эти междоусобицы оказали отнюдь не благотворный эффект на низаритскую общину. Кроме того, дальнейшему ослаблению сирийских низаритов способствовала непрекращающаяся война с нусейритами, продолжавшаяся и в XX веке. Когда же на смену мамлюкам пришли турки-османы, низариты утратили всякую возможность воплотить в жизнь свои честолюбивые политические замыслы.

Третий, или современный, период начался с переселения низаритского имама в Индию, состоявшегося в середине XIX века. Низаритская дава действовала в Индии с начала XIII века то есть, в позднеаламутскую эпоху. Самых больших успехов достиг индийский даи пир Садр ад-дин, обративший в исмаилизм множество индуистов в XIV веке. Он дал индийским низаритам название «ходжи», что означает «господа» или «наставники». Немалую роль в успешном распространении давы в Индии сыграло уважение, которое даи и пиры проявляли к верованиям и традициям индийских новообращённых. Таким образом, индийский низаризм обогатился элементами индуистской религии и мифологии.

К середине XVIII века низаритский имам перенёс свою штаб-квартиру из Анджудана в Кирман в Юго-Восточной Персии, ближе к индийской границе. Это позволило значительно облегчить тяготы паломников из Индии, отправлявшихся повидать своего имама, и одновременно обеспечить непрерывное поступление в Персию индийской десятины. В 1794 году к власти в Персии пришла династия Каджаров, но это никак не сказалось на благоденствии низаритов. Сорок пятый низаритский имам Шах Халил-Аллах женился на дочери одного выдающегося представителя суфийского ордена Нимат Аллахи. В 1804 году от этого брака родился будущий преемник имамата. Хасан Али-шах. В 1817 году Халил-Аллах был убит в Йязде бесчинствующей толпой шиитов-двунадесятников. В возмещение за убийство отца каджарский правитель Фатх Али-шах даровал молодому имаму Хасану Али-шаху земельные угодья, а также руку одной из своих дочерей. Он также дал ему почётный титул Ага-хан, «Главнокомандующий».

После Фатха Али-шаха на престол взошёл его внук, который плохо относился к низаритам, вынудив Хасана Али-шаха (Ага-хана I) предпринять неудачную попытку восстания. Через несколько лет Хасан вновь поднял мятеж и снова потерпел поражение. Тогда в 1841 году он отправился в Афганистан, положив конец восьми векам пребывания низаритских имамов в Персии. В Афганистане он свёл дружбу с англичанами и пользовался их покровительством. В 1842 году Хасан Алишах уехал в Индию, где вновь выступил сторонником интересов английской короны, видимо, в надежде, что однажды англичане помогут ему вернуться в Персию. Те и в самом деле пытались договориться с Каджарами, но так и не сумели помочь имаму вернуться в родные места.

В 1844 году Ага-хан I переехал в Бомбей. Большинство индийских ходжей с радостью приветствовали своего имама. В Бомбее Ага-хана ждал большой успех. Например, он принял в своём доме принца Уэльсского, будущего короля Англии, когда тот посетил Индию с государственным визитом. Ага-хан I был умелым и жестким руководителем, сумевшим сплотить низаритскую общину. Группа недовольных ходжей, оказывавших сопротивление его усилиям создать единый центр управления, в 1866 году подали против него иск, стремясь добиться запрета на вмешательство в свои дела. Слушания, состоявшиеся в Британском Верховном Суде в Бомбее, длились 25 дней. Судьи рассмотрели огромное количество исторических документов, генеалогических сведений и религиозных текстов. Ага-хан был объявлен председателем Верховного Суда сэром Джозефом Арнулдом законным потомком и наследником аламутских имамов — а тем самым и Фатимидского халифата, и Пророка Мухаммеда — и правомочным получателем налогов и десятины, собираемых с ходжей. Последние годы своей жизни имам провёл в Бомбее, где увлекался скачками и содержал прекрасную конюшню.

Успешно закрепившись в Индии и добившись официального признания, в 1881 году Ага-хан I передал имамат своему сыну Ака Али-шаху. Ага-хан II направил свои усилия прежде всего на создание современной школьной системы для детей низаритов. По примеру отца он продолжил налаживать отношения с британцами, а также с низаритскими общинами в верхнем течении Сыр-Дарьи, в Бирме и Восточной Африке. Ага-хан II сохранил прочные связи с суфийским орденом Нимат Аллахи. Он был прекрасным охотником и унаследовал от отца страсть к скачкам и разведению племенных лошадей. В 1885 году его преемником стал его восьмилетний сын Мухаммед-шах.

Ага-хан III воспитывался и получил образование в самых современных и культурных общественных кругах благодаря своей матери, происходившей из династии Каджаров и активно участвовавшей в руководстве низаритской общиной в юные годы нового имама. Для расширения своего образования Ага-хан III посетил европейские королевские дворы. В Европе он подружился с королём Эдуардом VII и был назначен вице-королём Индии. Он завязал контакты со многими европейскими королевскими династиями и основал резиденции в Швейцарии и во французской Ривьере. Ага-хан III поддерживал Англию в обеих мировых войнах и призывал к тому же всех своих сторонников. Он руководил мусульманской делегацией на Круглом Столе в Лондоне в 1930 году, на котором обсуждалось будущее Индии. В 1937 году на одну сессию он был избран президентом Лиги Наций. Он добился признания своей власти со стороны восточноафриканских низаритов и установил отношения с бирманскими низаритами.

Ага-хан III провёл ряд реформ, в том числе составив письменный Устав организации и создав административные советы для управления низаритскими общинами. Он установил чёткие правила для низаритских религиозных обрядов, которыми сопровождались браки, разводы, передача наследства и похороны. Он неустанно трудился на благо своего народа, стремясь повысить уровень образования, благосостояния и здравоохранения низаритов. Ага-хан III направлял большую часть доходов от взимаемой десятины на удовлетворение нужд населения, сооружая жилые здания, школы, мечети, библиотеки, банки, больницы и спортивные здания. В Сирии, стране по преимуществу аграрной, он ввёл сельскохозяйственные новшества, позволившие собирать больше урожая и тем самым вызвавшие повышение уровня жизни местных жителей.

Ага-хан III правил низаритской общиной 72 года и умер в 1957 году. Он передал насс своему внуку, сорок девятому низаритскому имаму, здравствующему и по сей день Кариму ал-Хусейни, Ага-хану IV. Получив образование в лучших европейских школах, Ага-хан IV поступил в Гарвард, где специализировался в области изучения мусульманской культуры и религии. Он продолжил дело своего отца, неуклонно занимаясь повышением уровня жизни низаритов. Он назначил множество стипендий для молодых низаритов, желающих обучаться в лучших западных колледжах. Он создал около 300 центров обучения по всему миру, начиная от детских садов и начальных школ до медицинского колледжа и школы медсестёр в Пакистане. Он построил шесть больниц. Как низаритские школы, так и низаритские больницы открыты для людей всех религий и национальностей.

В 1984 году имам учредил Фонд Ага-хана по содействию экономическому развитию, являющийся центром координации по программам хозяйственного саморазвития стран третьего мира. Он основал проекты по пропагандированию мусульманской религии, архитектуры и цивилизации среди западных студентов, выделив стипендии на обучение в таких престижных американских университетах, как Гарвард и Массачусетский технологический институт. Ага-хан IV поощряет научное изучение исмаилитского движения, создав в 1977 году Институт исследования исмаилизма в Лондоне.