После Гражданской войны командовал стрелковым полком, а затем был назначен на должность помощника начальника оперативного отдела штаба дивизии. Следующая должность — помощник начальника оперативного отдела штаба корпуса. После окончания курсов «Выстрел» снова командовал стрелковым полком. В январе 1936 года ему было присвоено звание полковника. С 1937-го — заместитель командира дивизии и заместитель командира корпуса. После окончания Академии Генштаба был назначен начальником оперативного отдела штаба 21-й армии, а в декабре 1941-го командиром 127-й стрелковой дивизии, впоследствии преобразованной в 62-ю гвардейскую. 19 января 1943 года ему было присвоено звание генерал-майора. Награжден орденами Красного Знамени (1921, 1943) и Суворова 2-й степени (1943).

Из наградного представления к ордену Красного Знамени командира 127-й стрелковой дивизии полковника Зайцева Г.М.: «С 16 по 19 декабря части 127 стрелковой дивизии решительными действиями вклинились в оборону противника, захватили и удержали несколько важных в тактическом отношении высот и населенных пунктов и обеспечили плацдарм для развития дальнейшего наступления войск 6 армии. При дальнейшем продвижении наступательной операции части дивизии нанесли серьезное поражение двум полкам 385 пехотной немецкой дивизии, и одному полку 5 пехотной итальянской дивизии. В боях было уничтожено свыше 5 тыс. солдат и офицеров противника, захвачено в плен до 1000 солдат и офицеров, захвачено свыше 100 орудий разного калибра, до 500 пулеметов, несколько разных складов и др. военное имущество.

Прорвав оборону противника, в настоящее время дивизия выполняет одну из важнейших задач — продолжает наступление вдоль тактической полосы обороны противника.

Успешные действия дивизии были обеспечены правильным руководством командира дивизии и его штабом…»

В ноябре 1943 года на 4-м Украинском фронте произошло чрезвычайное происшествие. Маршал Советского Союза С.С. Бирюзов в своих воспоминаниях поведал об этом следующее: «Но в тот самый момент, когда в Москве гремел салют в честь освобождения Киева, а у нас повсеместно проходили праздничные митинги, радость наша была омрачена неожиданной вестью из-под Никополя. Там трагически погибли два боевых генерала — командующий 44-й армией Василий Афанасьевич Хоменко и командующий артиллерией той же армии С.А. Бобков.

А произошло это так. У командарма появилось желание посоветоваться по поводу предстоящих боев за Никополь со своими командирами корпусов И.А. Рубанюком и П.К. Кошевым. Прихватив с собой С.А. Бобкова, Василий Афанасьевич направился сначала на КП генерала Рубанюка. Туда они добрались вполне благополучно, довольно быстро обсудили все вопросы и отбыли в 63-й стрелковый корпус.

Хоменко сам вел автомашину. Бобков сидел с ним рядом. Позади следовали еще две автомашины: одна с охраной, другая с радиостанцией “Север”. В кузове последней находились офицер и радист.

В то время войска 44-й армии только еще занимали свои новые позиции под Никополем. Сплошного фронта там не было. К командному пункту 63-го стрелкового корпуса вели три дороги. Но одна из них шла через расположение войск противника. Генерал Хоменко ошибся в ориентировке и попал как раз на эту дорогу. Гитлеровцы подпустили нежданных “гостей” на близкое расстояние и открыли по ним огонь почти в упор. Чудом удалось спастись лишь одной машине, двигавшейся последней. Тяжело раненные офицер и радист, сохранив документы, вернулись в штаб корпуса.

Как только стало известно об этом, Ф.И. Толбухин приказал 44-й армии немедленно атаковать противника и попытаться вызволить из беды наших генералов. Однако атака успеха не имела. Спасти тт. Хоменко, Бобкова и всех, кто сопровождал их, не удалось.

Гитлеровцы потом сочиняли небылицы, писали в своих листовках, что советские генералы добровольно перешли на сторону врага. Никто из нас этому не верил. Мы отлично знали, что такие, как Хоменко и Бобков, живыми врагу не сдадутся.

Однако сам по себе случай был крайне неприятным. Командующий армией заблудился в расположении своих частей и по ошибке заехал — к противнику!

Верховный Главнокомандующий распорядился о расформировании управления 44-й армии и немедленной передаче ее войск в другие объединения фронта. А заодно на нас обрушились и иные немилости со стороны И.В. Сталина».

После случившегося Сталин подписал директиву Ставки Верховного Главнокомандования от 7 ноября 1943 года за № 30239 следующего содержания: «…командующим войсками фронтов и отдельными армиями, представителям Ставки об усилении охраны и мер безопасности командного состава

7 ноября 1943 г. 20 ч. 30 мин.

Несмотря на неоднократные указания в течение последних двух недель имели место позорные случаи захвата противником наших высших командиров, выезжавших без должных мер предосторожности и охраны в передовую линию войск и потерявших ориентировку. Так, например:

1. В ночь на 20.10 командующий артиллерией 3-й ударной армии генерал-майор Петров и его начальник штаба полковник Недзвижский, выезжая на рекогносцировку, вследствие невыполнения Петровым требований регулировщиков, по ошибке заехали в расположение войск противника и были пленены немцами.

2. 21.10 при выезде в наши передовые части проехал по ошибке линию фронта и был пленен противником, попав в его танковую засаду, начальник штаба 49 ск полковник Фунтиков.

3. 6.11 командующий 44-й армией генерал-лейтенант Хоменко и командующий артиллерией той же армии генерал-майор Бобков при выезде в штабы корпусов потеряли ориентировку, попали в район расположения противника, при столкновении с которым в машине, управляемой лично Хоменко, заглох мотор и эти лица также были захвачены немцами со всеми находящимися при них документами. Этот позорный случай произошел, несмотря на предупреждение командира 10 гв. ск генерал-майора Рубанюка о том, что Хоменко и лица, его сопровождающие, поехали не по той дороге. На сделанное ему предупреждение Хоменко самоуверенно ответил: “Вы меня не учите, я умею читать карту” и продолжал движение в сторону противника.

Ставка Верховного Главнокомандования приказывает:

1. Запретить выезд командующих армиями, командиров корпусов и лиц высшего командного состава им соответствующих в передовую линию войск без организованной по пути движения разведки и охраны в 2–3 бронемашины или танка.

2. При выезде в войска, от штаба корпуса и ниже, не брать с собой никаких оперативных документов, за исключением чистой карты района поездки.

3. Беспрекословно выполнять все требования регулировщиков.

4. Запретить высшему начальствующему составу личное управление автомашинами.

5. Возложить ответственность за точное выполнение настоящей директивы лично на командующих фронтами и отдельными армиями. В случае нарушения настоящей директивы командующий фронтом лично будет привлечен к ответственности».

К слову сказать, если генералы Хоменко и Бобков погибли, то упоминаемый в директиве генерал Петров действительно угодил в немецкий плен…