1991 — Москва, Васильевский спуск. Вооруженный ножом преступник захватил в экскурсионном автобусе «Икарус», выехавшем с Комсомольской площади (площадь трех вокзалов), 7-летнюю Машу Пономаренко. В переговорах принял участие депутат Госдумы Аман Тулеев. В результате молниеносно проведенной операции террорист был обезврежен.

1991 — Москва. По приказу председателя КГБ сотрудники группы «А» блокировали в подмосковном поселке Архангельское-2 дачу, в которой находились Президент России Б. Н. Ельцин и лица из его окружения. В дальнейшем, выполняя распоряжение руководства, они осуществляли рекогносцировку вокруг Белого дома. 20 августа перед командиром группы «А» Героем Советского Союза В. Ф. Карпухиным в устной форме была поставлена задача захватить Белый дом, интернировать правительство и руководство России. Для этого «Альфе» были приданы группа «Вымпел» и силы МВД. Без больших человеческих жертв среди гражданского населения взять Белый дом было невозможно. Это было главной причиной отказа офицеров группы «А» участвовать в штурме.

1992 — Москва, аэропорт «Внуково». Освобождение 347 пассажиров рейса Минеральные Воды — Москва, захваченных террористом-одиночкой Захарьевым.

1993 — Москва, Белый дом. Сотрудники группы «А» (старший — командир группы Герой Советского Союза Г. Н. Зайцев) вместе с бойцами «Вымпела» приняли участие в разрешении острейшего политического кризиса, приведшего к массовым акциям неповиновения и боевым действиям в центре российской столицы. Отказавшись штурмовать Белый дом, представители «Альфы» по собственной инициативе вступили в переговоры с руководством Верховного Совета и оппозиции, которые увенчались успехом, а затем обеспечили эвакуацию людей из горящего здания. Спасая раненого солдата у стен Белого дома, смертельное ранение получил младший лейтенант Геннадий Николаевич Сергеев — посмертно ему присвоено звание Героя России.

1993 — Ростов-на-Дону — Краснодар — Минеральные Воды — Махачкала. Четверо террористов захватили в заложники учительницу и 15 учеников 9-го класса «В» средней школы № 25 Ростова-на-Дону. В Ростов-на-Дону на самолете Ту-134 вылетели 53 сотрудника «Альфы» во главе с командиром Героем Советского Союза Г. Н. Зайцевым. К моменту их прибытия бандиты, выпустив трех заложников, уже находились в вертолете Ми-8. Вечером вертолет приземлился в Краснодаре. Следом за ними на Ан-12 приземлилась «Альфа». Ночью 24 декабря вертолет поднялся в воздух, взяв курс на Минеральные Воды. Следом за ним вылетел вертолет со спецназовцами, основная же часть «Альфы» направилась туда самолетом Ан-12. Вечером 25 декабря преступники освободили одного из заложников. После передачи денег они выпустили учительницу и семь школьниц. Оставшихся заложников — четырех школьников, водителя автобуса и двух пилотов — бандиты отпускать отказались. Вечером 27 декабря бандиты освободили трех школьников, водителя автобуса и поднялись в воздух, приказав пилотам взять курс на Ичкерию. Однако летчики, рискуя жизнью, направили машину в сторону Махачкалы. Вертолет с преступниками совершил посадку на северной окраине Махачкалы. Бандиты разбились на пары и попытались скрыться в лесополосе. Однако район их нахождения был оцеплен спецназом МВД Дагестана, который вскоре обезвредил всех преступников.

1994 — Махачкала — Бачи-Юрт. В районе населенного пункта Кинжал Ставропольского края четыре вооруженных бандита захватили экскурсионный автобус «Икарус» со школьниками, их родителями и учителями. В заложниках оказались 33 пассажира автобуса и три подростка, которых бандиты захватили по дороге. В тот же день группа «А» во главе с командиром Героем Советского Союза Г. Н. Зайцевым получила приказ срочно вылететь из Москвы в Минеральные Воды. Такой же приказ был отдан краснодарскому отделению «Альфы». Вечером в Минводы самолетами было доставлено 64 спецназовца. Общее руководство операцией осуществлял командующий внутренними войсками МВД генерал-полковник А. Куликов. 27 мая вертолет поднялся в воздух и взял курс на Ичкерию. Следом за ним стартовало шесть вертолетов, на борту которых разместились 38 бойцов «Альфы», 24 сотрудника ГУОП МВД и 20 военнослужащих спецназа ВВ. В результате нехватки горючего был изменен маршрут полета и совершена посадка в районе селения Бачи-Юрт. Бойцы под командованием офицера «Альфы» подполковника А. Е. Старикова начали преследование. Вертолеты вели наблюдение залесным массивом с воздуха. Через час террористы были обезврежены. Скрыться сумел только один бандит, который унес два автомата и 47 400 долларов, — через год он был арестован и осужден.

1995–1996 — Чечня. Сотрудники группы «А» участвовали в боевых действиях в Г розном, привлекались для ночного усиления в качестве мобильных групп антитеррора и дополнительной охраны Дома правительства и здания УФСБ в чеченской столице. Также они обеспечивали личную безопасность секретаря Совета безопасности РФ О. И. Лобова, находившегося в зоне боевых действий, проводили захваты вооруженных бандитов, сопровождали колонны с засекречивающей аппаратурой связи, боеприпасами и продовольствием.

1995 — Буденновск. В город на двух КамАЗах ворвалась хорошо вооруженная банда Ш. Басаева. Боевики захватили городскую больницу с медицинским персоналом и пациентами, включая рожениц и матерей с грудными детьми. Утром 17 июня сотрудники «Альфы» предприняли штурм больницы. Несмотря на тяжелейшие условия, штурм проходил успешно, террористы несли большие потери, что заставило их изменить свои планы. Ш. Басаев связался по мобильному телефону с Председателем Правительства Российской Федерации В. Черномырдиным. Захватив с собой более двухсот человек, боевики погрузились в автобусы и колонной направились в сторону Чечни. Недалеко от горного селения Зандак все заложники были освобождены. В результате бандитской акции в Буденновске погибло 130 мирных граждан, 18 работников милиции, 18 военнослужащих, включая трех сотрудников «Альфы» — майора Владимира Владимировича Соловова, лейтенантов Дмитрия Валерьевича Ря-бинкина и Дмитрия Юрьевича Бурдяева. Свыше 400 человек получили ранения различной степени тяжести. В заложниках находились около 2000 человек.

1995 — Махачкала, Республика Дагестан. Террористы захватили пассажирский автобус, направлявшийся по маршруту Махачкала — Нальчик. Некоторое время спустя террористы выпустили из автобуса одну женщину, которая сообщила, что под залогом находятся девять мужчин, семь женщин и двое детей. Террористы, удерживавшие заложников, были обезврежены бойцами спецподразделения. Старший — командир «Альфы» генерал-лейтенант А, В. Гусев.

1995 — Москва, Васильевский спуск. В непосредственной близости от Кремля мужчина в маске, вооруженный пистолетом Макарова, проник в автобус с 25 южнокорейскими туристами и объявил их заложниками. В случае невыполнения условий преступник угрожал взорвать автобус. В 20 ч сотрудники спецназа ФСБ заняли исходные позиции. Старший — командир «Альфы» генерал-лейтенант А. В. Гусев. С преступником велись длительные переговоры, в которых участвовал мэр Москвы Юрий Лужков. Около 22 ч террорист освободил всех удерживаемых женщин и трех мужчин. В 22.38 по команде руководителя операции директора ФСБ М. И. Барсукова начался штурм. Террорист открыл огонь из пистолета и был убит. Никто из заложников не пострадал.

1996 — село Первомайское, Республика Дагестан. Отряды под руководством Салмана Радуева, Хункар-паши Исрапилова и Турпал-Али Атгериева совершили вылазку на территорию Дагестана, атаковав местный Аэродром и военный городок батальона внутренних войск МВД. Основной удар был нанесен по вертолетной базе российских войск около города Кизляр — было уничтожено два вертолета Ми-8 и один топливозаправщик. Боевики вошли в город, где захватили больницу и родильное отделение, а также находящийся поблизости 9-этажный жилой дом. В заложниках оказалось около 2000 человек. 11 января террористы, отпустив большую часть заложников, выехали в Ичкерию на предоставленных автобусах, используя в качестве живого щита более ста человек. Колонна была остановлена федеральными силами возле села Первомайское. 13–15 января спецназ, используя артиллерию и вертолеты, штурмовал село, пытаясь освободить заложников. Операция по уничтожению террористов была завершена 18 января, однако большая часть бандитов прорвалась из окружения и ушла в Чечню. В Первомайском бойцы группы «А» (старший — командир «Альфы» генерал-лейтенант А. В. Гусев) вместе с «Витязем» проводили разведку боем на юго-восточной окраине поселка, выявляли и подавляли огневые точки противника, осуществляли огневое прикрытие подразделений МВД, оказывали медицинскую помощь и эвакуировали раненых с поля боя. Уже после завершения операции при разминировании погибли два сотрудника «Альфы» — майор Андрей Викторович Киселев и майор Виктор Михайлович Воронцов.