После того как космический аппарат извлекли из самолета и поместили внутрь грузовика, Алан вернулся забрать свои вещи, а потом спустился по трапу для экипажа. Сотрудник NASA Чак Татро, менеджер пускового комплекса «Новых горизонтов», стоял у лестницы. Когда Алан ступил на взлетную полосу, Чак протянул ему руку и сказал: «Доктор Стерн, добро пожаловать на пусковой комплекс!» Эти слова обрушились на Алана, как тонна кирпичей. Алан:

После того как космический аппарат прибыл на мыс Канаверал, персонал «Новых горизонтов», отправленный во Флориду, начал лихорадочный десятинедельный марафон последних проверок и подготовки к пуску. Принимая во внимание интенсивное рабочее расписание, на весь этот период Алану и Глену предоставили временные квартиры на мысе Канаверал; подобное жилье получили и другие члены команды из Лаборатории прикладной физики и Юго-Западного исследовательского института.

Вся деятельность на мысе была нацелена на единственное трехнедельное стартовое окно, которое приходилось на январь 2006 г., когда Земля, Юпитер и Плутон, двигающиеся по своим орбитам, выстраивались в нужном порядке, чтобы позволить «Атласу» вывести АМС «Новые горизонты» на самую быструю траекторию и добраться до Плутона за 9,5 года. Если они пропустят это продолжающееся 21 день окно, то столкнутся с перспективой пуска в 2007 г. и более рискованного 14-летнего путешествия без пролета мимо Юпитера.

В середине декабря, когда подготовка космического аппарата к пуску шла полным ходом и уже планировалось установить «Новые горизонты» на ракету-носитель «Атлас», Чак Татро обратился к Алану с требованием. «Мы рассчитываем запустить аппарат в первый день стартового окна, — сказал он, — но хотелось бы дать команде несколько выходных на Рождество и еще пару на Новый год. Поэтому мы считаем, что вы должны ради этого отложить пуск дней на пять». Зная, чем он рискует, если «Новые горизонты» не улетят в январе, и, следовательно, осознавая опасность этого решения, Алан попросил посмотреть статистику предыдущих пусков «Атласов», чтобы увидеть, насколько часто они улетали в теперь уже 16-дневное стартовое окно. Алан так вспоминает этот разговор:

Дело было сделано. Но как только команда вернулась с каникул в первый день нового года, когда до открытия стартового окна оставалось едва ли две недели, Татро пришел к Стерну с подробным расписанием десятков операций, которые еще предстояло совершить, чтобы подготовить «Новые горизонты» и его ракету-носитель к последнему отсчету. Алану был знаком этот алгоритм выполнения задач, но теперь он был наложен на календарь первой половины января с реальными датами для каждого этапа.

Татро сказал Алану: «Есть одна вещь, о которой мы хотим вас спросить. Если вы посмотрите на расписание, то заправка космического аппарата плутонием, после чего генератор начинает вырабатывать электричество в конечной полетной конфигурации, назначена на пятницу, 13 января. Возможно, это звучит немного глупо, но не заставляет ли вас это чувствовать себя неуютно?» Алан:

Окончательное решение, необходимое для того, чтобы «выкатить» любой аппарат NASA на стартовый стол, зависит от разрешительного документа под названием «заключение о готовности к полету». Его должны подписать все участники проекта со стороны NASA, удостоверив, что космический аппарат, ракета-носитель, центры управления аппаратом и ракетой и сеть станций слежения — все составные части космического запуска — готовы к полету. Глен должен был поставить подпись от имени Лаборатории прикладной физики, Алан — как научный руководитель миссии. Также свои автографы должны были поставить и другие ведущие руководители из Lockheed, Boeing, NASA и министерства энергетики.