К концу 1938 г. он стал уже начальником штаба округа, а летом 1940 г. в период массовой ротации кадров центрального аппарата, предпринятой по итогам войны с Финляндией, получил назначение в Москву на должность начальника Оперативного управления Генерального штаба РККА. Реализовалась аттестация, еще в начале 30-х гг. данная Высшей аттестационной комиссией при Реввоенсовете СССР способностям начальника штаба 7-й стрелковой дивизии: «Считать целесообразным использовать Ватутина Н.Ф. в Генеральном штабе РККА».

Когда в 1940 г. были введены генеральские звания, Николай Федорович сразу стал генерал-лейтенантом. Год еще не завершился, как его вновь повысили в должности: он стал первым заместителем начальника Генштаба. Столь стремительный служебный рост носил в руководящих структурах РККА массовый характер и, нарушая естественный порядок «созревания» в соответствующей должности, очень часто оборачивался громадным ущербом. Достаточно сказать, что в течение предвоенного года последовательно сменились три начальника Генштаба — маршал Б.М. Шапошников, генералы армии К.А. Мерецков и Г.К. Жуков. Последним двум это не позволило даже основательно вжиться в обстановку руководимого им органа, а о возможности качественно решать проблемы стратегического планирования, подготовки Вооруженных Сил к войне и говорить нечего. Кадровая чехарда захватила и основной генератор идей Генерального штаба — Оперативное управление: за шесть предвоенных лет его возглавляли семь человек, в том числе — всего в течение полугода — Ватутин.

Отношение к сотрудникам Генштаба и особенно его верхушке, как к мелкой разменной монете в большой политической игре, привело к поистине ужасающим последствиям, исправлять которые пришлось в течение всей войны. В нем проявилось непонимание Сталиным роли и значения Генштаба как мозга армии, сохранявшееся некоторое время и после 22 июня 1941 г. По свидетельству маршала Г.К. Жукова, перед войной ни его предшественники, ни он сам не имели случая с исчерпывающей полнотой доложить Сталину о состоянии обороны страны, о военных возможностях страны и возможностях потенциального врага, вождь ограничивался лишь краткими докладами первых лиц Наркомата обороны.

Такое отношение высшего политического руководства страны к Генштабу ставило персонально Н.Ф. Ватутина, как одного из его руководителей, перед очень сложными проблемами. Чтобы справиться с ними, генералу пришлось мобилизовать все свои личные и деловые качества. По оценке Г.К. Жукова — его прямого начальника в тот период, Ватутин отличался исключительным трудолюбием и широтой оперативно-стратегического мышления.

В преддверии войны на долю Николая Федоровича и его коллег выпала колоссальная нагрузка, связанная с участием в важнейших мероприятиях по подготовке страны к отражению фашистской агрессии. Немало делалось в армии в этих целях, но было допущено и много просчетов. Ватутину не изменяла объективность в оценках реального положения дел, хотя он не мог не понимать, что его выводы вряд ли воодушевят руководство страны и армии.

Сошлемся на свидетельство Г.К. Жукова. В первой половине февраля 1941 г. он вместе с Ватутиным подробно доложил наркому обороны о недостатках в организации и боевой готовности войск Красной Армии, о состоянии мобилизационных запасов. Общий вывод руководителей Генштаба был неутешителен: оборона страны находится явно в неудовлетворительном состоянии, особенно учитывая большое количество немецких войск в Восточной Пруссии, Польше и на Балканах, и требуются срочные меры по выправлению положения.

В конце того же месяца Ватутин на совещании у наркома обороны сделал подробный доклад о ходе строительства укрепленных рубежей вдоль государственной границы, состоянии железных, шоссейных и грунтовых дорог и средств связи. По его глубоко аргументированному выводу, приграничные железнодорожные районы были мало приспособлены для массовой выгрузки войск[149].

Разумеется, Генштаб не был лишь фиксатором недостатков и в рамках своей компетенции предпринимал возможные меры к их устранению. Для руководства страны, для наркома обороны маршала С.К. Тимошенко тщательно отрабатывались проекты важнейших документов, в первую очередь — оперативный план стратегического развертывания Вооруженных Сил и мобилизационный план. К руководству их разработкой и корректировкой Николаю Федоровичу пришлось подключиться сразу же по прибытии к новому месту службы в Генштаб. Действуя под руководством Б.М. Шапошникова, а позднее К.А. Мерецкова, он опирался на генералов A.M. Василевского, В.Д. Иванова, А.Ф. Анисова, Г.К. Маландина. Новый импульс этой работе придало назначение на пост начальника Генерального штаба генерала армии Жукова.

В 1940—1941 гг. план стратегического развертывания Вооруженных Сил перерабатывался как минимум трижды.

Осенью 1940 г. это было сделано в связи с тем, что северо-западная и западная границы были отодвинуты вперед до 300 км. Однако тогда же в него были внесены и серьезные стратегические ошибки. Так, наиболее опасным стратегическим направлением считалось юго-западное направление — Украина, а не западное — Белоруссия, на котором гитлеровское командование в действительности сосредоточило и с началом боев ввело в сражение самые мощные сухопутные и воздушные группировки. Это обстоятельство, по справедливому мнению Г.К. Жукова, негативно отразилось на ходе оборонительных действий на западном направлении.

При переработке оперативного плана в феврале — апреле 1941 г. указанный просчет не исправили. Основную ответственность за акцент именно на юго-западное направление Жуков, а вслед за ним и ряд других авторов возложили на Сталина. Но по справедливости ее должны разделить и руководители НКО — выходцы из Киевского особого военного округа Тимошенко, Жуков, а также Ватутин и сменивший его в должности начальника Оперативного управления Маландин. Перемещение верхушки командования КОВО в почти полном составе в руководящий эшелон Наркомата обороны и Генштаба способствовало тому, что знакомый, тщательно изученный театр военных действий невольно приковывал внимание указанных военачальников, препятствовал объективной оценке фактов, противоречивших привычной установке на приоритет юго-западного направления.

Для проверки основных положений плана обороны страны и отработки некоторых вопросов действий войск в начальный период войны в конце декабря 1940 г. впервые был проведен оперативно-стратегический сбор (совещание) руководящего состава РККА. Регламент работы слагался из двух частей: теоретической (23—31 декабря) и оперативно-стратегических игр (двух) с высшим командным составом (2—11 января 1941 г.).

Генерал Ватутин, который тогда занимал должность заместителя начальника Генштаба, начальника Оперативного управления, был в числе участников теоретической части совещания, а также привлекался к руководству играми. Он же возглавлял разработку планов их проведения[150]. В основу стратегической обстановки в ходе игр были положены предполагаемые события, которые могли развернуться на западной границе в случае нападения Германии на СССР. Однако при разработке и в ходе обеих игр были допущены серьезные недочеты.