Да и сам Орджоникидзе чувствовал враждебность Берии. Бывший первый секретарь компартии Армении Георгий Арутюнов сообщал в письме Никите Хрущеву в августе 1954 года:

Я случайно присутствовал, когда между заседаниями 17-го съезда (1934 год) т. Орджоникидзе упрекал Берию в том, что он преследует всех тех лиц, которые бывают у него, что Берия пытается дискредитировать т. Орджоникидзе в Грузии. При этом Орджоникидзе называл фамилии Кахеани, Торошелидзе и других, которых Берия систематически травит и преследует.

Бывший второй секретарь Кабардино-Балкарского обкома М. Звонцов, арестованный в 1938 году, так рассказывал на допросе о беседе между руководителем партийной организации этой республики Беталом Калмыковым и Орджоникидзе:

Бетал задал вопрос: «Товарищ Серго, до каких пор этот негодяй будет возглавлять закавказскую парторганизацию?» Серго ответил: «Кое-кто ему ещё доверяет. Пройдет время, он сам себя разоблачит».

Во время следствия по делу Берии в 1953 году первый секретарь ЦК компартии Азербайджана Багиров сообщил, что в 1936 году Орджоникидзе подробно расспрашивал его о Берии и отзывался о последнем резко отрицательно. Из этих разговоров было ясно, что «Орджоникидзе тогда понял уже всю неискренность и вероломство Берии, решившего любым средством очернить Орджоникидзе».

Руководитель Закавказья, Лаврентий Павлович, молодой человек, только что принят в ЦК. Орджоникидзе – живая легенда. Берия никогда бы не стал отзываться о своем бывшем покровителе презрительно, если бы не чувствовал: отношение к Серго меняется и у самого Хозяина. И эта тенденция была ему как нельзя кстати. Он помнил унижения, которые претерпевал от окружения Орджоникидзе в Грузии. Теперь Серго оставался единственным препятствием для расправы над обидчиками.

Сильный удар по окружению Орджоникидзе был нанесен в 1935 году. Был обвинен в потере бдительности по так называемому «кремлевскому делу» Авель Енукидзе, старый друг Сталина и Орджоникидзе, бонвиван и жизнелюб. С высокой должности секретаря ЦК его перевели в Кисловодск руководить кавказскими курортами.

Показательны выводы Сталина, которые отражены в его письме Кагановичу от 8 сентября 1935 года:

Посылаю Вам записку Агранова о группе Енукидзе из «старых большевиков» («старых пердунов», по выражению Ленина). Енукидзе – чуждый нам человек. Странно, что Серго и Орахелашвили продолжают вести дружбу с ним.

Бесило вождя и то, что Орджоникидзе не отмежевался, а покровительствовал Бесо Ломинадзе, откровенно антисталинскому человеку.

Протоколы допросов эпохи Большого террора не слишком надежный источник. Под пытками люди говорят обычно то, что хотят от них добиться следователи. Но показания Мамии Орахелашвили, данные им в тюрьме, ценны именно тем, что они отражают то, что от него хотели услышать об Орджоникидзе (Архив МВД Грузии).

В сентябре 1937 года бывший первый секретарь Заккрайкома М. Д. Орахелашвили, арестованный НКВД, подписал такие показания:

Большое влияние на меня оказал Серго Орджоникидзе, который еще в 1936 году, говоря со мной об отношении Сталина к тогдашним лидерам Ленинградской оппозиции (Зиновьев, Каменев, Евдокимов, Залуцкий), доказывал, что Сталин своей чрезмерной жестокостью доводит партию до раскола и в конце концов заведет страну в тупик… Будучи очень тесно связан с Серго Орджоникидзе, я был свидетелем его покровительственного и примиренческого отношения к носителям антипартийных контрреволюционных настроений. Это, главным образом, относится к Бесо Ломинадзе. На квартире у Серго Орджоникидзе Бесо Ломинадзе в моем присутствии после ряда контрреволюционных выпадов по адресу партийного руководства допустил в отношении Сталина исключительно оскорбительный и хулиганский выпад. К моему удивлению, в ответ на эту контрреволюционную наглость Ломинадзе Орджоникидзе с улыбкой, обращаясь ко мне, сказал: «Посмотри ты на него!», – продолжая после этого в мирных тонах беседу с Ломинадзе. Примерно в таком же духе Серго Орджоникидзе относился к Левану Гогоберидзе. Вообще, я должен сказать, что приемная в квартире Серго Орджоникидзе, а по выходным дням его дача (в Волынском, а затем в Сосновке), являлись, зачастую, местом сборищ участников нашей контрреволюционной организации, которые, в ожидании Серго Орджоникидзе, вели самые откровенные контрреволюционные разговоры, которые ни в какой мере не прекращались даже при появлении самого Орджоникидзе.

С середины 1930-х годов статус Серго Орджоникидзе в глазах Сталина заметно упал. Но довести близкого товарища по борьбе с троцкистами и правыми до скамьи подсудимых казалось немыслимым. Между тем, Большой террор был неизбежен. Серго же, наряду с Максимом Горьким, являлся последней всесоюзно известной, многократно прославленной фигурой, которая могла помешать пыткам и казням, вступаясь за многочисленных друзей и подчиненных.

Известно, что Сталин часто проверял лояльность своих ближайших помощников, арестовывая близких им людей. Будут ли они выступать против или окончательно смирятся? В разное время в заключении находились жены Молотова и Калинина. Брат Лазаря Кагановича Михаил покончил жизнь самоубийством в ожидании неминуемого ареста. Для Серго таким заложником становится родной брат Папулия.

Лаврентий много лет вынашивал идею мести Папулии Орджоникидзе. И теперь время пришло. Папулия, пользуясь положением своего младшего брата, напомним, постоянно прилюдно оскорблял руководителя коммунистов Грузии. А кроме того вел разговоры, которые в то время расценивались как антисоветские. Дерзость не прощалась никому. Поэтому арест его был произведен в рамках, что называется, обычного права. И приговор Папулии по тем временам был вынесен достаточно мягкий – 5 лет ссылки.

Целей своих Сталин и Берия добились. Арест родного брата стал серьезнейшим ударом по Серго Орджоникидзе. Неслучайно было выбрано время ареста – за день до 50-летнего юбилея Григория Константиновича, который вся страна шумно праздновала 24 октября 1936 года.

Это был удар ниже пояса, которого Серго никак не ожидал. Еще 11 августа 1936 года он получил льстивое письмо Лаврентия:

Дорогой Серго, получил Ваше письмо о сборнике, посвященном Вашему 50-летию. Решение об издании такого сборника в связи с Вашим юбилеем есть твердое решение бюро Заккрайкома ВКП(б) и руководящего коллектива республик. Поэтому убедительно просим Вас не возражать.

Ваши доклады и статьи также обязательно необходимо в сборник включить. Многое в них сохраняет свою полную силу и до сегодняшнего дня. Это необходимо также для воспитания масс молодежи. Просим дать Вашу санкцию на опубликование намеченных докладов и статей в сборник к юбилею.

Родные Папулии так вспоминают о тех событиях. Инга Джибути, внучка Папулии Орджоникидзе:

Когда сын Берии родился, когда он его крестил, родители в честь Серго Орджоникидзе дали ему имя Серго, и после этого он был для всех Серго Берия. Ну, наверно, где-то не в городе крестили, а где-то неподалеку. Но вообще все были крещеные. Потому что у Лаврентия Берии мать была набожная, верующая. Марта была замечательная женщина, как вспоминают все. Когда между Ниной Берией и Лаврентием Берией были разговоры о том, как надо обязательно Папулию арестовать, Марта спустилась и дедушке сказала, ты знаешь, что я слышала разговор, что тебя хотят арестовать, давай уезжай куда-нибудь. А он сказал, куда я должен уехать, везде меня найдут, я ни в чем не виновен, я никуда не уеду. И все, на второй день, как известно, его арестовали на работе.