8 июля 1942 года Н. Г. Кузнецов и И. И. Носенко (наркомсудпром) подписали совместный приказ на разработку проекта унифицированного мореходного, боевого катера проекта 200 в четырех модификациях. Головной охотник ОД-200 был заложен в 1943 году, а весной 1944 года они начали поступать на флоты.

В составе флота совсем отсутствовали специальные десантные корабли. Конечно, построить во время войны полноценные десантные корабли не было возможности. Но удалось спроектировать десантный ботпроект 165. Их построили около ста ботов, которые широко использовались при высадке десантов во второй половине войны.

Благодаря самоотверженному труду судостроителей с 22 июня 1941 года по 9 мая 1945 года наш флот получил 2 крейсера, 18 эсминцев, 54 подводные лодки, 2 монитора, сторожевой корабль, 3 тральщика и 18 больших охотников. Большинство из них были заложены еще в предвоенные годы.

А Великая Отечественная война только начиналась…

23 июня, на основании постановления СНК СССР и ЦК ВКП(б), было объявлено об образовании Ставки Главного командования. Председателем Ставки стал нарком обороны С. К. Тимошенко, а ее членами — Г. К. Жуков, И. В. Сталин, В. М. Молотов, К. Е. Ворошилов, С. М. Буденный и Н. Г. Кузнецов.

30 июня 1941 года на основании постановления Президиума Верховного Совета СССР, Совета Народных Комиссаров СССР и Центрального Комитета ВКП(б) был образован Государственный Комитет Обороны, который сосредоточил всю полноту власти в государстве. В него вошли И. В. Сталин (председатель), В. М. Молотов (заместитель председателя), К. Е. Ворошилов, Г. М. Маленков, Л. П. Берия. Позднее постановлением Президиума Верховного Совета СССР от 3 февраля 1942 года в состав ГКО были введены А. И. Микоян и Н. А. Вознесенский, а 22 ноября 1944 года — Н. А. Булганин.

8 декабря 1942 года Постановлением ГКО принято решение «Об утверждении Оперативного бюро ГКО», к ведению которого было отнесено 14 наркоматов, включая военную промышленность и все базовые отрасли промышленности. В состав Оперативного бюро ГКО вошли В. М. Молотов, Л. П. Берия, Г. М. Маленков, А. И. Микоян.

10 июля 1941 года было принято постановление ГКО «О преобразовании Ставки Главного Командования и создания Главных Командований Северо-западного, Западного и Юго-западного направлений». Ставка Главного командования была преобразована в Ставку Верховного командования в составе Председателя Государственного Комитета Обороны И. В. Сталина, заместителя Председателя Государственного Комитета Обороны В. М. Молотова, маршалов С. К. Тимошенко, С. М. Буденного, К. Е. Ворошилова, Б. М. Шапошникова и начальника Генштаба генерала армии Г. К. Жукова.

Поздно вечером 23 июня Николай Кузнецов был вызван к Сталину. В кабинете находились члены Политбюро ЦК ВКП(б) и нарком обороны. Заслушав сообщение наркома ВМФ о положении на флотах, И. В. Сталин разрешил нанести совместный удар авиации и надводных кораблей по румынской военно-морской базе Констанца. Он также поддержал предложение начать активные минные постановки в водах противника. Возросла минная угроза и для советского Военно-морского флота. На Балтике подорвался и погиб эсминец «Гневный», получил серьезные повреждения крейсер «Максим Горький».

На Балтике счет сбитым самолетам врага открыл 23 июня 1941 года заместитель командира 13-го авиаполка капитан Антоненко. На следующий день 9 самолетов СБ и 23 самолета ДБ-3, которыми командовал полковник Е. Н. Преображенский, первыми на Балтике нанесли удар по военно-морской базе противника Мемелю, потопили транспорт, разрушили причал и портовые сооружения.

В первый день войны на Севастополь были сброшены не бомбы, а самые современные электромагнитные мины. Военные моряки пытались разгадать секрет коварных новинок. Нарком ВМФ Кузнецов обратился с просьбой ускорить научные работы по этой проблеме к ученым Ленинградского физико-технического института (ЛФТИ). В августе 1941 года на Черноморский флот прибыла группа научных работников во главе с И. В. Курчатовым и А. П. Александровым. Спустя годы эти два молодых профессора станут гордостью советской и мировой науки. Ученые вместе с флотскими минерами часто с риском для жизни разбирали взрывные устройства немецких мин в поисках секретов нового оружия. Этот поиск иногда называли игрой со смертью. Но эта была не игра, а сознательная боевая работа флотских минеров и ученых. Вскоре эту непростую задачу удалось решить, и на флоте была создана противоминная защита кораблей. Советские тральщики были снабжены новыми тралами, а крупные корабли постепенно оборудовались специальными противомагнитными обмотками, для чего потребовалось огромное количество особого электрического кабеля. Предприятия Ленинграда, Таллина, Севастополя, Владивостока, Мурманска и Архангельска отдали все запасы кабеля, годного для этой цели. Сотрудничество Н. Г. Кузнецова с И. В. Курчатовым и А. П. Александровым продолжалось и в последующие годы, особенно в связи с созданием ракетно-ядерного подводного флота…

Вспоминая начальный период войны на Балтике, адмирал Ю. А. Пантелеев отмечал: «На море инициатива находилась в наших руках. Противник не смог сорвать ни развертывание наших подводных лодок в Балтийском море, ни постановку оборонительных минных заграждений в Финском заливе. Его первые удары с воздуха по нашим базам тоже оказались безуспешными».

Перед войной и в начале ее И. В. Сталин считал, что Военно-морской флот никаких серьезных заданий выполнить не в состоянии. Поэтому он, недооценив операции на морях, решил флоты сразу оперативно подчинять фронтам, а иногда и армиям, как это случилось с Черноморским флотом. Нарком ВМФ Н. Г. Кузнецов прилагал все усилия, чтобы убедить вождя в ошибочности такой позиции. И это ему удавалось, особенно в последние годы.

В первые дни войны громадные потери понесла Красная армия. Только в первый день наша авиация лишилась 1200 самолетов, из них 900 были уничтожены на земле. Гитлеровцы трубили на весь мир, что советская авиация разгромлена. В конце июля был совершен первый вражеский налет на Москву. У наркома Военно-морского флота возникла дерзкая идея — совершить ответный налет на Берлин. Н. Г. Кузнецов вместе с адмиралом В. А. Алафузовым разрабатывает план нанесения авиацией Балтийского флота бомбовых ударов по столице рейха. Аэродром острова Эзель в Прибалтике еще удерживали наши войска, хотя он уже находился в тылу противника. Налет предполагалось совершить на самолетах ДБ-3.

К подготовке воздушной операции были привлечены командующий ВВС ВМФ С. Ф. Жаворонков, командир полка полковник Е. Н. Преображенский, штурман полка П. И. Хохлов. Когда расчеты были подготовлены, адмирал Кузнецов доложил И. В. Сталину о своей инициативе. Ставка одобрила план действий военных моряков. Нарком ВМФ лично организовывал операцию, контролировал ее проведение и отвечал перед Ставкой за ее успех или неудачу. 8 августа 1941 года 15 тяжелогруженых советских бомбардировщиков с аэродрома Кагул острова Эзель взлетели в воздух и взяли курс на Берлин. Адмирал Н. Г. Кузнецов описал в своих мемуарах эту уникальную операцию: «Смелость и разумный риск, основанный на точном расчете, оправдали себя. Немцы не ожидали такой дерзости. Во время подхода наших самолетов к цели они сигналами с земли запрашивали: что за машины, куда летят? Считая, что сбились с пути свои, летчикам предлагали сесть на один из ближайших аэродромов. Загипнотизированные геббельсовской пропагандой, дежурные наблюдательных постов не допускали даже мысли, что над их головой могут появиться советские самолеты. Полчища фашистов рвались в те дни к Ленинграду, к Москве. В Берлине считали, что близка заветная цель, а в это время русские летчики на высоте 7 тысяч метров шли на столицу третьего рейха…»