Одним из непосредственных результатов оперативной разработки Попова стало неожиданное назначение 10 декабря 1958 г. указом Президиума Верховного Совета СССР генерала армии И. А. Серова начальником Главного разведывательного управления, что объяснялось как «необходимость укрепления руководства ГРУ».

Заместитель начальника ПГУ КГБ СССР В. А. Кирпиченко вспоминал, что «в связи с уходом Серова с поста председателя никто в КГБ особых сожалений не высказывал…».

25 декабря 1958 г. новым председателем КГБ при СМ СССР был назначен Александр Николаевич Шелепин. Ему было 39 лет, что, безусловно, не является недостатком, но только в том случае, если возраст сочетается с личными интеллектуальными и организаторскими достоинствами, профессиональным и жизненным опытом. А Шелепин вряд ли обладал этим необходимым для утверждения авторитета руководителя набором качеств: до этого дня он 14 лет он проработал на различных аппаратных должностях в комсомоле, в том числе с 1943 г. — секретарем Центрального комитета Всесоюзного Ленинского коммунистического Союза молодежи, с 1952 г. — первым секретарем ЦК ВЛКСМ. И лишь полгода — с апреля по декабрь 1958 г. — он занимал должность заведующего отделом ЦК КПСС по союзным республикам.

Его жизненный опыт и особенности служебной карьеры предполагали в большей мере не проявление самостоятельности мышления и действий, инициативы и творчества, а лишь умение организовывать исполнение полученных указаний. Но это и учитывалось Хрущевым при выборе кандидатуры руководителя органов госбезопасности, на посту которого он хотел иметь функционера, безропотно выполняющего любые партийные решения.

Что и определило «стиль» работы нового председателя, даже не стремившегося глубоко вникать в суть важнейшей функции государственного управления. Так что вряд ли можно говорить об обоснованной целесообразности подобного кадрового решения, однако оно создавало иллюзию полного «партийного контроля» над «госбезопасностью».

В день назначения А. Н. Шелепина Председателем КГБ при СМ СССР 25 декабря 1958 г. произошло еще одно событие, имевшее важнейшее значение для функционирования этого ведомства: Верховным Советом СССР были приняты Основы уголовного законодательства и Основы уголовного судопроизводства Союза ССР и союзных республик.

Первый из названных документов, призванный стать основой для разработки уголовных и уголовно-процессуальных кодексов союзных республик СССР, вводил понятие и систему особо опасных и иных государственных преступлений. Статья 28 Основ уголовного судопроизводства СССР определяла подследственность уголовных дел по особо опасным и иным государственным преступлениям следователям и следственным подразделениям КГБ СССР. Непосредственно компетенция КГБ в сфере правоприменения определялась уголовными и уголовно-процессуальными кодексами союзных республик СССР (новые Уголовные кодексы были введены в действие с 1 января 1961 г.). В Российской Федерации подследственность возбуждаемых уголовных дел определялась статьей 126 УПК РСФСР 1960 г. В соответствии с этой статьей к компетенции (подследственности) органов КГБ были отнесены 18 составов преступлений, предусмотренных Уголовным кодексом РСФСР. В том числе измена Родине (статья 64 УК РСФСР), шпионаж (ст. 65), террористический акт (статьи 66 и 67), диверсия (ст. 68), антисоветская агитация и пропаганда (ст. 70), организационная антисоветская деятельность (ст. 72), вредительство (ст. 73), разглашение государственной тайны (ст. 75) и утрата документов, содержащих государственную тайну (ст. 76), контрабанда (ст. 78) массовые беспорядки (ст. 79), незаконный переход государственной границы (ст. 83), незаконные валютные операции (ст. 88). И еще по 15 составам преступлений была предусмотрена альтернативная подследственность совместно с органами прокуратуры.

Еще одной чрезвычайно важной новацией для деятельности органов государственной безопасности стало утверждение 9 января 1959 г. Советом министров и ЦК КПСС Положения о Комитете государственной безопасности при Совете Министров СССР и его органах на местах, ставшее основным нормативно-правовым документом до принятия 16 мая 1991 г. закона «Об органах государственной безопасности СССР».

Данное Положение, в частности, гласило:

«1. Комитет государственной безопасности при Совете Министров СССР и его органы на местах являются политическими органами, осуществляющими мероприятия Центрального Комитета партии и Правительства по защите Социалистического государства от посягательств со стороны внешних и внутренних врагов, а также по охране государственной границы СССР. Они призваны бдительно следить за тайными происками врагов советской страны, разоблачать их замыслы, пресекать преступную деятельность империалистических разведок против Советского государства….

3. Комитет государственной безопасности работает под непосредственным руководством и контролем Центрального Комитета КПСС.

Комитет госбезопасности при СМ СССР несет ответственность за обеспечение государственной безопасности в стране и систематически отчитывается о всей проводимой им работе перед ЦК КПСС и Советом Министров СССР, а местные органы КГБ — соответственно перед ЦК компартий союзных республик, крайкомами, обкомами, горкомами, райкомами партии и Комитетом госбезопасности при Совете Министров СССР.

…5. Комитет государственной безопасности возглавляет председатель, который утверждается ЦК КПСС и назначается Президиумом Верховного Совета СССР. Заместители председателя Комитета утверждаются ЦК КПСС и назначаются Советом Министров Союза ССР.

6. Председатель Комитета, заместители председателя в пределах своей компетенции издают приказы и инструкции на основании и во исполнение действующих законов, постановлений ЦК КПСС и Совета Министров СССР…

7. На Комитет государственной безопасности при Совете Министров СССР и его местные органы возлагаются:

а) разведывательная работа в капиталистических странах;

б) борьба со шпионской, диверсионной, террористической и иной подрывной деятельностью иностранных разведывательных органов, зарубежных антисоветских центров и с их агентурой внутри страны;

в) борьба с вражеской деятельностью антисоветских и националистических элементов внутри СССР;

г) контрразведывательная работа в Советской Армии, ВМФ, ГВФ, в пограничных войсках и войсках МВД с целью предупреждения проникновения в их ряды агентуры иностранных разведок и иных вражеских элементов;

д) контрразведывательная работа на специальных объектах, особо важных объектах промышленности и на транспорте;

е) охрана государственных границ Союза ССР;

ж) охрана руководителей Партии и Правительства;

з) организация и обеспечение Правительственной связи;

и) организация радиоконтрразведывательной работы и учет необходимых данных о действующих на территории страны ведомственных радиостанций;

к) разработка мобилизационных планов по развертыванию органов госбезопасности и войсковых частей Комитета и выполнение других поручений ЦК КПСС и Правительства Союза ССР…».