Позже ультиматум был частично дезавуирован как имеющий своим адресатом не всех жителей Грозного, а только боевиков. 13 января Путин санкционировал запрет на въезд и выезд из Чечни мужчин в возрасте старше десяти и моложе шестидесяти лет. Распоряжение о запрете было подписано генералом Виктором Казанцевым, но уже 15 января отменено из-за протестов общественности. 21 января на заседании коллегии МВД Путин предупредил о возросшей опасности новой волны террористических актов чеченских сепаратистов в российских городах.

20 декабря, в "день чекиста", Путин восстановил памятную плиту в честь бывшего председателя КГБ Юрия Андропова на стене здания ФСБ в Москве. В тот же день вечером, выступая с речью на банкете для сотрудников спецслужб Путин сказал: "Я хочу доложить, что группа сотрудников ФСБ, направленная в командировку для работы под прикрытием в правительство, на первом этапе со своими задачами справляется". Известная московская газета процитировала еще и такие слова Путина, сказанные в тот день: "Внедрение в преступную группировку произошло успешно. Шутка".

Милитаристско-чекистская направленность политики Путина, тем не менее становилась все более и более очевидной. 31 декабря Путин подписал правительственное распоряжение о восстановлении начальной военной подготовки в школах. В феврале 2000 г. подписал указ о призыве резервистов на военные сборы, а затем о восстановлении особых отделов в армии - политические отделы, ставящие своей целью следить за идеологической благонадежностью военных, причем не только офицеров, но и солдат. Особые отделы в армии (своеобразное армейское КГБ) были распущены после распада Советского Союза, так как считались пережитком советской власти. Теперь же эта тайная полиция в воинских частях была вновь восстановлена.

Это были тревожные сигналы, говорящие о том, что на месте Ельцина может оказаться человек со взглядами офицера КГБ советских времен, милитарист, видящий, как и его советские предшественники, главных своих врагов в Соединенных Штатах и Объединенной Европе. Но в те месяцы многие были склонны рассматривать действия нового премьер-министра как популистские шаги, ставившие своей целью умиротворить национализм определенных кругов избирателей.

После завершения многодневного штурма Грозного 6 февраля он объявил, что "взят последний оплот террористов - Заводской район Грозного, - и над одним из административных зданий был водружен российский флаг. Так что можно сказать, что операция по освобождению Грозного закончилась". Очевидно, Путин торопился завершить "маленькую победоносную войну" до мартовских президентских выборов. (Через четыре года, в феврале 2004 г., он уже не будет делать вид, что "маленькая война" завершилась, а победу на выборах будет обеспечивать совсем иным способом.)

Тем не менее в сентябре-октябре 1999 г. в относительно короткий срок российская армия заняла примерно 80% территории Чечни. Операции сопровождались большими потерями и риторикой о необходимости предотвратить дальнейший распад Российской Федерации, о возвращении Чечни под контроль федерального центра. В целом российское общественное мнение, напуганное сентябрьскими терактами в России, поддержало политику Путина в чеченском вопросе и даже грубое заявление Путина о намерении "мочить террористов в сортире" сыграло ему на пользу. После начала военной кампании в Чечне рейтинг Путина благодаря глобальной поддержке контролируемого Березовским первого канала российского телевидения (ОРТ) стал неизменно расти. К началу предвыборной кампании от неизвестного "Who is Mr. Putin?" он стал кандидатом с популярностью, доходящей до 50%.

19 декабря 1999 г. на выборах в Государственную думу третьего созыва блок "Единство" ("Медведь") получил 23,32% голосов в общегосударственном многомандатном округе - второе место после коммунистов (24,29%). Блок "Отечество - Вся Россия" (ОВР) Евгения Примакова и Юрия Лужкова получил 13,33%. "Союз правых сил" - 8,52%, "Блок Жириновского" - 5,98%, "Яблоко" - 5,93%. Тогда же основной конкурент Путина на предстоящих президентских выборах Евгений Примаков заявил об отказе состязаться за президентское кресло. Те, кто планировал еще больше укрепить позиции Путина как претендента на престол, решили сделать его формальным наследником.

Таким образом, парламентские выборы прошли удачно для Путина. МЕжрегиональное ДВижение "ЕДинство" (сокращенно "Медведь"), созданное незадолго до выборов благодаря инициативе и энергии Бориса Березовского, разработавшего и идеологию, и символику новой партии, неожиданно для всех уступила коммунистам по партийным спискам менее одного процента голосов, и, с учетом одномандатных голосов парламента, стала самой крупной партийной фракцией. Даже более важным было то, что свои голоса "Медведь" отобрал у основного конкурента Путина на президентских выборах - Примакова и Лужкова, составивших партийный блок "Отечество - Вся Россия", но получивших на выборах чуть больше 13% вместо ожидаемых 30-40. Произошло это потому, что подконтрольный Березовскому вещавший на всю страну первый канал российского телевидения всеми силами поддерживал "Единство" и Путина, забыв про честность и объективность.

Значительную поддержку избирателей получил "Союз правых сил", возглавляемый Сергеем Кириенко и заявивший о поддержке кандидатуры Путина на пост президента под лозунгом: "Путина - в президенты! Кириенко - в Государственную думу! Молодых надо!". Коммунистическая оппозиция, напротив, лишилась относительного большинства в Думе.

31 декабря 1999 г. президент Ельцин в своем предновогоднем обращении преподнес россиянам новогодний подарок и заявил об уходе в отставку с поста президента и назначении Путина и. о. президента до проведения досрочных выборов (назначенных на 26 марта). За это в соответствии с предварительной договоренностью между Ельциным и Путиным, в начале января 2000 г. Путин издал указ об иммунитете первого президента России и членов его семьи от любых судебных и административных преследований.

В январе в новой Думе были созданы две фракции поддержки и. о. президента - "Единство" (лидеры - Борис Грызлов, Франц Клинцевич) и "Народный депутат" (Геннадий Райков). Две другие центристские номенклатурно-олигархические фракции - "Регионы России" (Олег Морозов) и "Отечество - Вся Россия" (Евгений Примаков, Вячеслав Володин) также декларировали лояльность Путину. В этих четырех центристских пропутинских фракциях состояло более половины депутатов Государственной думы. В период существования Думы 3-го созыва твердое пропрезидентское большинство составляло в ней от 230 до 235 депутатов, почти всегда голосующих в соответствии с командами заместителя руководителя администрации президента Владислава Суркова "по пейджеру". Помимо поддерживающего и. о. президента думского центра практически столь же лояльной стала ЛДПР Владимира Жириновского и большая часть фракции "Союз правых сил" (лидеры - С. Кириенко, затем - Борис Немцов и Ирина Хакамада).

Имея твердую поддержку центра, администрация президента без труда проводила через Думу необходимое правительству текущее законодательство, требующее абсолютного большинства в 226 голосов. В случае необходимости проведения конституционных законов, требующих квалифицированного большинства (300 голосов), администрация опиралась либо на либерально-центристское "правопутинское" конституционное большинство (центр, ЛДПР, СПС, "Яблоко"), либо на державническое "левопутинское" большинство (центр, ЛДПР, КПРФ, прокоммунистическая Агропромышленная группа Николая Харитонова).