О дальнейшей роли 9-го корпуса в битве под Ваграмом ясности не существует. Судя по всему, пишет Хёйер, он был отведен в ближайший тыл к деревне Раасдорф и отражал атаки противника на линии, принадлежавшей Массена, а его позиции у Адерклаа занял Макдональд.

К вечеру, когда кровавое побоище закончилось победой французов, корпус находился в дер. Леопольдау. Хёйер пишет, что Наполеон, не обвиняя прямо Бернадота в неудачном участии 9-го корпуса в Ваграмском сражении, тем не менее дал волю своему неудовольствию его слабым вкладом в победу.

8 июля Бернадот, огорчённый неудачным участием саксонцев в Ваграмском сражении, издал приказ, в котором в высокопарных и не совсем точных выражениях похвалил саксонцев за их вклад в общую победу и за храбрость в боях 5 и 6 июля. Это был как бы ответ на все несправедливости и унижения, которые он, как командующий корпусом, претерпел за последние дни от императора и начальника Генштаба. Перед саксонскими генералами маршал выразил пожелание, чтобы приказ был опубликован в газетах, что они с удовольствием сделали.

Реакция Наполеона последовала не сразу. 9 июля Бернадот занимался участью многочисленных раненых в корпусе, а на следующий день от Бертье пришло уведомление о том, что 9-й корпус подлежит расформированию. Остатки корпуса формировались в дивизию, которая при командире Рейнье поступала в распоряжение короля Италии Евгения. Это был настоящий удар по самолюбию и Бернадота, и его саксонских подчинённых. Хёйер пишет, что роспуску корпуса предшествовала подача его командующим рапорта об отставке, но сам Бернадот в своих мемуарах пишет на этот счёт весьма невнятно. Скорее всего, заключает историк, решение императора по этому поводу было для него полной неожиданностью. Бертье, кажется, предлагал Бернадоту новое назначение, но тот от него отказался.

Уехал ли маршал из Вены в Париж по своей воле или был удалён из армии по приказу Наполеона, тоже не ясно. Но история с приказом от 8 июля получила своё продолжение. Французские газеты перепечатали немецкие публикации, и скоро Наполеон узнал о содержании приказа. Рассерженный император написал военному министру А.-Ж.-Г. Кларку (1765–1818): "Если представится возможность увидеть князя Понте-Корво, покажите ему моё недовольство смешным приказом, который он распространил во всех газетах… Ваграм… взял Удино, князь Понте-Корво взять его не смог. Также мало соответствует истине, что саксонцы 5 июля прорвали центр вражеских позиций. Ни один ружейный выстрел не прозвучал с их стороны… Князь Понте-Корво… конченый человек, который гонится за деньгами, удовольствиями и величием, которые он не хочет окупить ни опасностями, ни трудностями войны". Император почему-то забыл, что Бернадот был в Ваграме под пулями, что его саксонцы дважды занимали Ваграм и дважды были вынуждены отступить под напором превосходящего противника.

Этим письмом император не ограничился. В бюллетене армии от 30 июля он объявил о том, что победа под Ваграмом полностью принадлежит маршалу Удино, а в изданном исключительно для маршалов приказе от 5 августа устами Бертье утверждал: "…Приказ князя Понте-Корво, способный посредственным частям дать повод к ложным претензиям, противоречит правде, политике и национальной чести. Победа Его Величества основана исключительно на успехах оружия французских, а не каких-то иностранных частей. Его Величество желает, чтобы это свидетельство недовольства послужило примером для других маршалов, дабы они не приписывали себе славы, которая принадлежит другим". Под "другими" император, естественно, имел в виду Бернадота. Кроме того, в приказе буквально говорилось, что только Его Величество имеет право судить о степени славы каждого солдата и офицера.

Но не пройдёт и двух дней, как императору понадобится этот самый "посредственный" маршал для спасения империи от новой опасности. А пока он отдал приказ Савари и Даву не спускать с Понте-Корво глаз. Наполеон занервничал: в армии и Париже уже прошёл слух о подготовке против него нового заговора, который якобы возглавлял генерал Ренн. В Париже оставшийся на "хозяйстве" Фуше восстановил Национальную гвардию. Зачем? Там в столице, в отсутствие Наполеона, Понте-Корво быстро "снюхается" с первым хитрецом и пройдохой империи, а это чрезвычайно опасно.

После долгих колебаний Наполеон назначил Бернадота командующим армией в Бельгии для отражения десанта англичан.

…15 августа 1809 года Понте-Корво прибыл к месту службы в Антверпен. Ищейки Савари и свояк Кларка отправились вслед за своим объектом наблюдения. Мало того: император отправил в Антверпен своего адъютанта Рейлля с поручением докладывать обо всех "телодвижениях" строптивого маршала. Пристальное внимание все шпионы уделили и некоему майору Жулиану, сотруднику штаба главнокомандующего и близкому доверенному лицу Фуше. В миссию майора входило сообщить Понте-Корво о тяжёлом "заболевании" императора в Вене и о якобы последовавшем от него распоряжении взять на себя верховное главнокомандование французской армией. Сообщение об этом должно было быть растиражировано в приказах по антверпенскому гарнизону. После этого Понте-Корво должен был соединиться с Национальной гвардией и пойти маршем на Париж. Там его уже будет ждать Фуше, который к этому времени должен будет подготовить почву для переворота.

Ф. Венкер-Вильдберг пишет, что Понте-Корво принял этот план Фуше с большой опаской и осторожностью. Маршал якобы поставил Фуше условие: он присоединится к заговору, если нации на самом деле будет угрожать опасность. Неужели в таком случае он не осознавал, что "создать угрозу для нации" или придумать её для Фуше не представляло большой сложности? Или это была отговорка, резервирующая запасную позицию?

Новый командующий быстро и в полной мере развернул свои организаторские и командирские способности, в короткий срок навёл в бельгийском контингенте порядок и дисциплину и взял ход событий под свой полный контроль. Эрл Чэтэм, располагавший 40 тысячами, оказался не на высоте порученного ему дела. Он долго медлил и развивать первоначальный успех армии так и не решился. А потом в рядах англичан начались повальные болезни, т. н. польдерская лихорадка тысячами косила английских солдат, и за короткое время в корпусе англичан заболели 14 тысяч человек, из которых 3 тысячи умерли. 21 сентября англичане сели на корабли и уплыли домой. Вторжение английской армии на материк не состоялось, и Понте-Корво по этому поводу 30 августа 1809 года издал ещё один приказ, поставив такое развитие событий исключительно в заслугу себе. Урок, полученный месяц назад, не пошёл строптивому беарнцу впрок, и Наполеон снова дал волю своему недовольству.

Адъютант Рейлль регулярно докладывал Наполеону в Вену о том, что происходило на отрезке между Парижем и Антверпеном. Опасения Наполеона относительно непомерного честолюбия оскорблённого ваграмовским эпизодом маршала вроде полностью оправдывались. Не хватало только, чтобы заговорщики вступили в контакт с англичанами! Наполеон решил, что игру с огнём нужно было прекращать немедленно. Уже 11 сентября, когда стало ясно, что вторжение англичан в Бельгию не состоится, он отдал приказ об отрешении Понте-Корво от командования 26-тысячной антверпенской группировкой. Весь контингент, которым командовал Понте-Корво, присоединили к фламандской армии, которую поставили под начало прибывшего в спешном порядке из Германии герцога Истрии, т. е. маршала Бессьера.