Поскольку в решении императорского совещания особо подчеркивалось требование «скрытно» завершить военную подготовку к нападению на СССР, были приняты меры по обеспечению секретности проводимой мобилизации. Она осуществлялась под видом учебных сборов для приписного состава и именовалась «внеочередным призывом». Термин «мобилизация» во всех документах и инструкциях был заменен на «внеочередные формирования». Были строго запрещены всякие проводы в армию и другие принятые в Японии в эти случаях церемонии.

22 июля с нарушением графика лишь на двое суток началась концентрация войск у советской границы. Однако скрыть масштабы секретной мобилизации было невозможно. Ведь во время переброски и сосредоточения войск по плану только через пункты на территории Кореи в день пропускалось до 10 тыс. солдат и офицеров, 3,5 тыс. лошадей. Внимательно следившие за ходом мобилизации германский посол Отт и военный атташе посольства Альфред Кречмер 25 июля 1941 г. сообщили в Берлин, что уже призвано 900 тыс. резервистов в возрасте от 24 до 45 лет. Отмечалось, что в японскую армию призываются лица, владеющие русским языком.

Об этом же сообщал в Москву Зорге. 30 июля он телеграфировал в центр: «Источники Инвест и Интерн (Ётоку Мияги) сказали, что в порядке новой мобилизации в Японии будет призвано более чем 200 000 человек. Таким образом, к середине августа месяца в Японии будет под ружьем около 2 миллионов человек. Начиная со второй половины августа, Япония может начать войну, но только в том случае, если Красная Армия фактически потерпит поражение от немцев, в результате чего оборонительная способность на Дальнем Востоке будет ослаблена. Такова точка зрения группировки Коноэ, но как долго намерен выжидать японский генштаб, это трудно сейчас сказать.

Источник Инвест убежден, что если Красная Армия остановит немцев перед Москвой, в этом случае японцы не выступят».

В Маньчжурию прибывали многочисленные приданные части и подразделения. По плану мобилизации первой и второй очереди, в сформированные три фронта (восточный, северный и западный) направлялись 629 приданных частей и подразделений, общее число которых соответствовало численности 20 дивизий. Кроме того, военное министерство планировало дальнейшее усиление войск в Маньчжурии еще пятью дивизиями. Значительная часть войск перебрасывалась с китайско-японского фронта. В результате Квантунская армия была удвоена и насчитывала 700 тысяч человек. После проведения второй очереди мобилизации по приказу № 102 от 16 июля 1941 г. на территории Маньчжурии и Кореи было сосредоточено 850 тыс. солдат и офицеров японской армии.

Для участия в войне против СССР директивой ставки № 519 от 24 июля была сформирована так называемая Квантунская армия обороны, выполнявшая роль резерва. В боевую готовность были приведены части 7-й дивизии на Хоккайдо, смешанной бригады на Южном Сахалине, а также воинские формирования на Курильских островах. Как было установлено на Токийском процессе, летом 1941 г. для нападения на СССР верховное командование создало группировку войск, общая численность которой составила около 1 млн военнослужащих.

В 1941 г. значительно увеличилось число выделенных для войны против СССР танков, самолетов, выросло количество артиллерии, кавалерии, инженерных, железнодорожных и тыловых частей. В Квантунской армии и в Корее были созданы запасы боеприпасов, горючего и продовольствия, необходимые для ведения военных действий в течение 2–3 месяцев.

По плану «Кантокуэн», в войне против СССР должны были участвовать войска марионеточных армий Маньчжоу-Го и Внутренней Монголии. Армия Маньчжоу-Го была создана после оккупации Маньчжурии. Все руководство этой армией осуществлялось штабом Квантунской армии. Непосредственное управление было возложено на многочисленных японских военных советников. С целью использования людских ресурсов Маньчжурии в подготовке к войне против СССР японцы накапливали здесь военно-обученные резервы. В 1940 г. в Маньчжоу-Го был введен закон о воинской повинности. В армии были сформированы однотипные по родам войск соединения и специальные части, вооруженные японскими образцами оружия, проведены мероприятия по повышению боеспособности путем укомплектования этих соединений и частей японскими офицерами и прояпонски настроенными офицерами из местных китайцев. «Все мероприятия по укреплению маньчжурской армии, а также дислокация ее на определенных операционных направлениях свидетельствовали о намерении штаба Квантунской армии использовать эту армию в войне против СССР», — указывалось в материалах Токийского процесса.

Армия оккупированной японцами Внутренней Монголии предназначалась для вторжения в составе японских войск в Монгольскую Народную Республику. По плану «Кантокуэн» предусматривалось «создание обстановки, при которой произошло бы добровольное объединение Внешней Монголии с Внутренней Монголией».

Не были забыты и бежавшие из Советской России белоэмигранты. В составленном в штабе Квантунской армии «Плане подготовки белоэмигрантской молодежи в местах специального поселения» указывалось, что такая подготовка сводится к укреплению антикоммунистического и антисоветского духа, что позволяло бы иметь надежные кадры для проведения диверсионной работы против СССР. С 1938 г. в Маньчжурии существовали сформированные по приказу командования Квантунской армии части белогвардейцев, предназначенные для участия в войне в составе японских войск. В их задачу входило разрушение железных дорог и других коммуникаций, нанесение ударов по базам снабжения в тылу советских войск, ведение разведки, диверсий, антисоветской пропаганды. После принятия плана «Кантокуэн» приказом командующего Квантунской армией из белоэмигрантов были сформированы специальные части для совершения диверсионных актов на советской территории.

Объединить белогвардейские войска в Маньчжурии должен был атаман Г.М. Семенов, который зарекомендовал себя как «активный борец против большевизма». По некоторым данным, во время событий на Халхин-Голе белогвардейские войска во главе с Семеновым находились в составе японских войск и насчитывали 16 тысяч всадников.

На Токийском процессе один из составителей плана войны с СССР генерал Томинага Кёдзи показал: «Наш план внезапного нападения на СССР предусматривал более широкое, чем до войны, использование русских белогвардейцев в качестве агентов для разведки против Красной Армии в пользу Японии. Русские белоэмигранты должны были состоять переводчиками и проводниками при штабах и соединениях японской армии. И, наконец, они должны были привлекаться к составлению листовок антисоветского пораженческого содержания…» Белогвардейцы использовались и на командных постах в марионеточных армиях.

Действия сухопутных сил планировалось поддержать военно-морским флотом Японии. В его задачу входило обеспечение высадки десантов на Камчатке и Северном Сахалине, уничтожение кораблей Тихоокеанского флота, разгром во взаимодействии с сухопутными силами советской авиации на уссурийском направлении, захват Владивостока и других районов Приморья. 25 июля, получив санкцию императора, военно-морское командование отдало приказ о создании специально для войны против СССР 5-го флота.

Главные силы японской авиации предполагалось использовать на восточном направлении, с тем чтобы подавить советские войска в Приморье и способствовать развитию наступления наземных войск.