Переход адмирала в «нейтральное» положение не утихомирил закипающие страсти. Прибывший в Новороссийск большевистский представитель Морского комиссариата Федор Раскольников был настроен решительно: русский флот в акватории Черного моря — собственность красных, и в случае, если германцы будут настаивать на передаче им судов, большевики не остановятся перед затоплением флота. Противодействовать Раскольникову было некому. Адмирал Покровский «умыл руки». Старшие офицеры флота негодовали. Сама мысль о передаче флота германцам, равно как и о его потоплении, казалась им верхом кощунства. Однако Раскольников, связанный обязательствами перед «центральной» властью, если и не горел желанием отдавать флот противнику, то отказаться от плана уничтожения кораблей не желал. Зная настроения в среде морских офицеров, он опасался усиления Белого движения на море. Кроме того, ему был хорошо памятен увод адмиралом Щастным флота из-под носа у германцев в Кронштадт в марте того же года. Та блистательная операция напугала правительство Ленина — Троцкого до такой степени, что смелый и решительный адмирал был расстрелян. Расстрелян, видимо, за то, что сохранил России ее корабли.

Идею Раскольникова о затоплении флота поддерживал и либеральный командир миноносца «Керчь» старший лейтенант Владимир Андреевич Кукель. Он настойчиво проводил мысль о том, что стоит погубить флот в пику германцам, сделав это накануне истечения их ультиматума о возврате кораблей. Ему возражал старший по званию и многоопытный капитан 1-го ранга Александр Иванович Тихменев, командующий в то время Черноморским флотом. Тихменев ссылался на боевое настроение команд, их готовность предпринять длительный морской переход для того, чтобы спасти честь русского флота. Видя, что его оппонент все более проникается большевистским духом под влиянием общения с мичманом Раскольниковым, Александр Иванович не стал дожидаться гибели всего флота, уведя в Севастополь в ночь на 18 июня дредноут «Император Александр III» и миноносцы «Жуткий», «Дерзкий», «Беспокойный», «Жаркий», «Поспешный» вместе с транспортом «Троян». А утром хватившиеся исчезнувших кораблей красный комиссар Раскольников и его новый помощник старший лейтенант Кукель отдали приказ в срочном порядке начать топить корабли Черноморского флота, остававшиеся на рейде. На дно пошел дредноут «Императрица Екатерина II». Его судьбу разделили и восемь эсминцев — «Капитан-лейтенант Баранов», «Керчь», «Сметливый», «Стремительный», «Фидониси», «Гаджи-бей», «Пронзительный», «Калиакрия» и «Лейтенант Шестаков».

В августе 1918 года, когда Добровольческая армия заняла Новороссийск, ее командование приняло решение о воссоздании русского флота. Комендантом порта был назначен капитан 2-го ранга Потемкин, который сразу же позаботился о том, чтобы собрать под своим началом лучших офицеров флота, различными путями пробравшихся на Юг России. Среди тех, кого он смог сразу же привлечь к работе, оказалось много офицеров Балтийского флота, а также те из них, кто начинал борьбу с большевиками на судах Донской флотилии. На этом фоне резко отрицательно выделялись те морские офицеры, которые служили в Севастополе или прибыли туда на кораблях под руководством Тихменева. Некоторые из этих людей предпочли под разными предлогами не участвовать в белой борьбе, открыто игнорируя призыв Потемкина вернуться в Новороссийск и встать в ряды Белого флота. Впрочем, оставаясь на севастопольском рейде, команды ряда судов подняли на них Андреевские флаги в знак протеста против притязаний германцев на русский флот. В конце ноября 1918 года на смену немцам, вынужденным оставить территорию Украины из-за разгоревшихся революционных событий в Германии, прибыли англичане и французы, союзники России в Первой мировой войне. Радость русских оказалась преждевременной. Английское командование потребовало поднять британские военные флаги и отправило на русские корабли свои команды.

Прибытие союзников по Антанте в русские территориальные воды не оправдало надежд на получение Добровольческим командованием сколько-нибудь значимой помощи по организации национального флота, и даже наоборот — начало мешать усилиям флотского командования по формированию полноценных военно-морских соединений на Черном и Азовском морях. «Союзникам» претила сама мысль о том, что в зоне стратегических интересов их правительств может возникнуть независимая российская эскадра, способная повлиять на их амбициозные планы контроля над акваториями южных морей бывшей Российской империи. Особенную щепетильность здесь проявлял британский парламент, отдававший приказания морским силам Его Величества бдительно предупреждать попытки русских возродить флот в «непосредственной близости» от тщательно оберегаемой монополии контроля Босфора и Дарданелл. Вскоре после прибытия союзников в Севастополь они не только подняли свои флаги на всех исправных миноносцах, таким образом де факто зачисляя их в состав британской эскадры, но и физически захватили немногие русские корабли.

Представители стран Антанты и иных иностранных сил поспешили разделить между собой имевшиеся российские суда. Миноносцы «Дерзкий» и «Счастливый» были взяты англичанами, «Беспокойный» и «Капитан Сакен» оказались в руках французов, как и Р-1 и Р-2. Итальянский флаг поднял «Зоркий», а греки получили «Звонкий». Склады порта подверглись буквально разграблению, и команды кораблей всех наций-союзников тащили оттуда без всякого разрешения все, что находили для себя полезным; в особенности в этом отличились греки с броненосца «Лемнос».

Следом за тем всем русским судам было предписано покинуть Севастополь и двигаться под британскими флагами в турецкий порт Измир. Растерянные командиры и команды были вынуждены подчиниться, ибо приказ исходил от объединенного командования союзных армий. Верные союзническому долгу, корабли легли на курс, уходя вдаль от родных берегов.

А в Новороссийске тем временем продолжалась работа по формированию кадров Белого флота. Попытки создать какие-либо морские силы, непосредственно подчиненные Добровольческой армии, были предприняты еще при занятии Ейска кубанскими казаками генерала Виктора Леонидовича Покровского 25 июля 1918 года. В порту ими был обнаружен неисправный крейсер, принадлежащий некогда пограничной страже под названием «Ястреб», а также несколько катеров и малых буксиров. Капитан 2-го ранга Григорий Федотович Дудкин был назначен командиром этого порта. Григорий Федотович хорошо знал Черноморские порты, будучи еще до октябрьского переворота постоянным членом Комиссии по наблюдению за постройкой кораблей в Черном море по подводной части. Он лично инспектировал ход работ по постройке новых подводных лодок на верфи в Николаеве. Морской штаб при Добровольческой армии немедленно подготовил распоряжение откомандировать в помощь к Дудкину в Ейск несколько морских офицеров. Позже последовало новое назначение. Начальником охраны побережья Азовского моря от Ростова на юг был определен капитан 1-го ранга Николай Николаевич Дмитриев. 2 августа 1918 года два буксира, укомплектованные морскими офицерами, вышли из Ейска, попутно высадив в Приморско-Ахтарской десант казаков. Кубанцы освободили от большевиков все морское побережье, вплоть до Таманского полуострова, где в то время хозяйничали германцы.

Выход Добровольческой армии к морю не принес каких-либо положительных результатов, ибо все уцелевшие после потопления флота в Новороссийске корабли и коммерческие пароходы все равно находились у германцев. В Новороссийском порту остались лишь несколько малых судов, для выхода которых в море Добровольческому морскому штабу требовалось разрешение германского командования, с которым Главнокомандующий А. И. Деникин отказался иметь какие-либо сношения. И все же, несмотря на это, в Новороссийске было образовано Управление Военного порта, и туда стали прибывать морские офицеры, гардемарины и кадеты Морского корпуса. Командиром порта стал капитан 2-го ранга Владимир Николаевич Потемкин. Главной задачей командира порта стало оборудование морскими орудиями бронепоездов и подбор для них соответствующих морских команд. По его собственной инициативе сам Потемкин был впоследствии назначен командиром бронепоезда «Князь Пожарский», а на его место уже в январе 1919 года пришел контр-адмирал Александр Михайлович Клыков, после командовавший портом в Евпатории, а затем ставший начальником 3-го отряда судов Черноморского флота. При ставке Главнокомандующего в Екатеринодаре было организовано морское управление, временным начальником которого был поставлен капитан 1-го ранга Виктор Иванович Лебедев, а с декабря его заменил более опытный штабист вице-адмирал Александр Михайлович Герасимов, вышедший на эту должность из отставки, полученной в 1917 году. Помощником у него стал Лебедев.