Борьба сильного государства, которое нужно присоединить ко всей империи. Дорога на север имела две преграды; «восстановление», проведенное Иннокентием III, охватило проход Анкона и герцогство Сполето, таким образом, было невозможно подойти к равнине По, минуя королевские земли. В Ломбардии Милан, центр сопротивления Фридриху II, со своими союзниками мог перекрыть доступ в Альпы. Внук Барбароссы ненавидел миланцев, унизивших его, когда он был лишь «дитем Апулии»; возможно, это ощущение помешало ему быть понятым в Италии так, как в Германии. Однако коммуны были столь же опасны, как и германский феодализм, и за спинами городов уже вырисовывалась грозная тень Курии, их естественной поддержки.

Главной целью Фридриха было избавиться от этого грозного противника.

Проходили крестовые войны. Папский престол не сразу всерьез воспринял призыв в Ахене. Император во главе крестовых походов — это их не совсем устраивало, но когда пятый поход позорно провалился, они напомнили Фридриху его обещание. Несколько раз он потребовал перенести назначенную дату начала. В 1225 г. он получил отсрочку до 1227 г. Не победив своих врагов, он лишь констатировал их упрямство, он не мог созвать собрание, как в 1226 г. в Кремоне. Милан выступил соперником, так как дороги были перекрыты людьми из восстановленной лиги Ломбардии.

Фридрих понял, что нужно сменить приоритеты: в первую очередь крестовые походы, потом Ломбардия. Он готовился отплыть к Святой Земле во время, назначенное папой, когда в порту Бриндизи, полном людей, вспыхнула эпидемия холеры. Армия поредела; ландграф Тюрингии, муж будущей святой Елизаветы, тоже стал жертвой чумы. Как начинать в таких условиях?! Григорий IX тоже не был готов: сроки не соблюдались, нужно исполнять предусмотренные меры наказания; отлучение от церкви обрушилось на Фридриха. Кардинал Уголин, защитник Франциска Ассизского, предупредил воспитанника Иннокентия III: став Григорием IX, в императоре он видел только врага. Считая, что отлучение было в основе политическим актом, Фридрих поступил так, как бы не был вне христианства. Через год после катастрофы в Бриндизи он отправился в поход в сопровождении магистра тевтонского ордена, своего советника. В отлучении он добился большего успеха дипломатией, чем крестовые походы, освященные Святым престолом; они не получили желанного оружия. Султан Аль-Камиль вернул христианам Иерусалим и Вифлеем, соединенные с берегом коридором. 18 марта 1229 г. Фридрих II, женившийся четырьмя годами раньше на дочери Иоанна де Бриенна, короля Иерусалима, короновался в базилике Гроба Господня. В манифесте на этой церемонии он назвал чудом освобождение Святых Мест, творением небесных сил. Итак, император был просто инструментом Бога. Но наступило время возвращения: Григорий IX усилил отлучение, ссылаясь на выступление Фридриха на епископальных выборах в Сицилии. Войска понтифика начали покорение королевства, правитель которого был крестоносцем, но лишенным церковного причастия. Едва вернувшись, император изгнал солдат папы. Герман фон Зальца добился соглашений в 1230 г. в Сан-Джиминиано: папа снял отлучение, со своей стороны Фридрих пообещал больше не вмешиваться в выборы епископов (в сицилийском королевстве было 150 епископов), он также заявил, что отказывается от претензий на земли, которые вернул себе Иннокентий III.

В Германии жалобы тех, кого угнетала политика Генриха (VII), стали все настойчивее. Мы уже видели, как Фридрих навел тогда там порядок. Решив эту проблему, он снова вернулся к Ломбардской лиге. Во время своей первой попытки в 1225 г. он представил свою миссию более высокой и ясной.

Его роль на Святой Земле, с одной стороны, и принципы, изложенные в Liber augustalis, с другой, убедили его в своей исключительной власти, данной Провидением. Император все больше обращал свой взор на античный Рим; новый Цезарь хотел возродить славу Вечного города. Поскольку он был наместником Бога, неповиновение означало оскорбление его величия, то есть ересь. Народная партия, где было много еретиков, обвиняла в своих владениях рыцарей, называя их гибеллинами. Фридрих усилил законодательство империи, направленное против них, и в 1224 г. ратифицировал его, чтобы угодить папе. В 1236 г. он объявил войну ломбардским коммунам и через год разбил их войска у города Контенуова. Для короля это не было первым успехом, он отказался вести переговоры с Миланом и подготовил ход, чтобы полностью разбить мятежников. Фридрих призвал всех королей христианского мира помочь ему: дух свободы мог заразить весь Запад, если его не задушить вовремя. Были собраны войска империи, Франции, Англии, Кастилии и Венгрии; на сторону сарацинов Апулии стали даже греки, на помощь пришел Аль-Камиль. Фридрих, отпраздновал победу под Кортенуова настоящим триумфом на римский манер, и кароччо, со штандартом побежденных заняла место в Капитолии. Но король недооценил своих противников. Миланцы отказались капитулировать безоговорочно, оно воевали против пестрых, а не храбрых войск, собранных для борьбы с ними.

Когда Фридрих женил своего внебрачного сына Энцио на самой богатой наследнице Сардинии, Григорий IX увидел в этом намерение забрать у Святого престола остров, который был его вотчиной. Союз с Ломбардской лигой был необходим, неважно, что в нем полно еретиков: победить ересь было делом специалистов, нищенствующих монахов, а не Фридриха. Он опять был предан анафеме. Император больше не боролся с мятежниками, его политика вела к противостоянию духовенства и империи. Действующие лица были теми же, что и в эпоху Барбароссы: Ломбардия была на стороне папы. Битвы были очень жестокими, как под стенами Брешии. Григорий IX изрек проклятие, Фридрих считался порождением ада, от которого нужно избавить мир. Король осудил стремление понтифика к власти, противоречащее Евангелию. В своей проповеди в городе Пиза он восхвалял свою мессианскую роль Спасителя и объявил место своего рождения, город Иези, новым Вифлеемом. Когда Григорий в 1241 году созвал церковный собор, чтобы торжественно проклясть императора, Фридрих захватил прелатов, которые отправлялись в Рим морем.

В 1243 году после смерти Григория IX Священная коллегия разделилась, долго не признавая Иннокентия IV гибеллином по происхождению. Фридрих сначала решил, что найдена основа к взаимопониманию. Он ошибся, теократия еще не имела более решительного представителя, чем этот папа. Переговоры, рекомендованные святым Людовиком антагонистам, привели только к возобновлению отлучения. Иннокентий IV извлек урок из неудачного 1241 г., созвал собор в Лионе в 1245 г., где зачитал декрет о смещении Фридриха II. Однако ожидаемого эффекта не произошло. В Германии только архиепископы вышли из партии императора, ландграф Тюрингии Генрих Расп согласился с ролью антикороля, но сын Фридриха Конрад восстал против него. Вильгельм Голландский, избранный в 1247 г. после смерти ландграфа, успеха не добился, они были «королями священников», творениями прелатов. Фридрих имел высокое мнение о своей миссии, чтобы обращать внимание на персонажей, которым отводил второстепенную роль.

В Центральной Италии он организовал административную схему по сицилийской модели: высшие чиновники, генеральные викарии были в основном выходцами из Апулии. В стороне этого гигантского объединения остались только города — вотчины и остатки наследства святого Петра. Короли, которые не осудили смещение императора, порекомендовали двум сторонам провести переговоры; Франция, где суверен был в плену у мусульман, желала установить мир и положить конец разделу христианства. Но в 1248 г. подул иной ветер. Под стенами Пармы победа едва не ускользнула из рук Фридриха. Через год Пьетро делла Винья предал его, а любимый сын Энцио был захвачен болонцами. В Германии, как и в Италии, позиции императора начинали ослабевать. Воля того, кого некоторые считали «удивлением мира» была нерушима, он был еще силен и имел шансы победить, но 13 декабря 1250 г. император умер от банального энтерита; ему еще не исполнилось 56 лет. Уход Фридриха вызвал крах. Конрад IV, наследный сын, в 1252 г. уехал из Германии в Италию и через два года умер; его сводный брат Манфред в 1258 г. был провозглашен королем Сицилии. В 1266 г. Карл Анжуйский, брат Людовика Святого, победил его в городе Беневенто и захватил Сицилию, которую папа уступил ему в качестве феода. Конрадино, сын Конрада IV, неудержимо бросился в авантюру, исход которой был предсказуем: Карл разбил его в Тальякоццо, и 29 октября 1268 г. он положил свою белокурую голову прекрасного принца на плаху в Неаполе. Наконец, папский престол мог вздохнуть спокойно: «змеиная порода» Гогенштауфенов была уничтожена.