Лесток принимал деятельное участие в лечении и других членов императорской фамилии. Так, под его руководством придворные врачи Санхец и Бургав «пользовали и выпользовали» заболевшую молодую цесаревну — будущую императрицу Екатерину II, причём лечение состояло «во всегдашнем употреблении наилучших лекарств и частых пусканий крови».

В декабре 1744 г. в Хотилове, на полпути между Москвой и Петербургом, заболел оспой царевич Пётр Фёдорович. К нему срочно прибыла императрица Елизавета Петровна, которой сопутствовали Лесток и Санхец. С больным уже находился лейб-медик Бургав. Болезнь, благополучно закончившаяся, «к утешению неизречённой радости всей империи», как писали тогда в газетах, весьма невыгодно изменила внешность будущего императора, оставив на лице его оспины.

Среди историков медицины существовало да и сейчас ещё существует мнение о том, что Лесток был-де «плохой медик», что он «слабо разбирался в медицине». Неожиданное опровержение подобной точки зрения содержится в работе известного специалиста по библиотековедению П.И. Хотеева «Книга в России в середине XVIII века. Частные книжные собрания» (Л., 1989). Из них — 115 книг по медицине. Больше всего было руководств по хирургии, а также фармакологические справочники, травники, описания чахотки, цинги, чумы, лихорадок, пособия по кровопусканию, по уходу за детьми, по лечению венерических болезней и огнестрельных ран. По мнению П.И. Хотеева, медицинский раздел библиотеки характеризует её владельца как врача, уделявшего внимание лишь практике и мало интересующегося теоретическими проблемами медицины. Он пишет: «На 9/10 медицинский раздел его библиотеки состоял из работ авторов XVII века и более ранних времён. Вероятнее всего, библиотека перешла Лестоку в наследство от отца, который был хирургом. Ясно, что серьёзная исследовательская работа вовсе не интересовала Лестока. Более того, она была ему просто-напросто не по силам: ему недоставало теоретической подготовки, университетского образования. И тем не менее, — утверждает П.И. Хотеев, — нельзя, на наш взгляд, согласиться с мнением известного историка медицины Я. Чистовича, который вообще ставит под сомнение компетентность Лестока во врачебном деле. Данные о библиотеке Лестока никак не позволяют считать его посредственным врачом: человек, имевший сто с лишним книг по своей специальности, не мог быть дилетантом или шарлатаном. Значительная по объёму подборка медицинской литературы вполне отражала уровень профессиональной подготовки Лестока и соответствовала интересам и нуждам хирурга».

Назначенный начальником Медицинской канцелярии, Лесток намеревался пристально заняться вверенной ему медицинской частью России, не вмешиваясь по возможности ни в серьёзную политику, ни тем более в придворные интриги. Однако обстоятельства складывались таким образом, что Лесток стал одним из самых приближённых к императрице лиц, обладавшим большим влиянием на государственные дела. Дело в том, что Лесток почти безвыходно жил во дворце, всюду сопровождал императрицу, пользовался правом беззапретного входа во всякое время в её опочивальню, где по случаю частых колик, которыми страдала императрица, оставался иногда целые недели.

Это обстоятельство не могло не вызывать зависти у других придворных. Вице-канцлер Бестужев, основной недруг Лестока, жаловался, например, саксонскому резиденту Пецольду: «Когда государыня чувствует себя не совсем здоровой, то он как медик имеет возможность говорить с нею по целым часам, тогда как министры иной раз в течение недели тщетно добиваются случая быть с ней хоть четверть часа».

Некоторую роль в охлаждении Елизаветы Петровны к Лестоку мог сыграть и доктор Герман Каау-Бургав, племянник знаменитого Германа Бургава. Приехав в Россию по рекомендации лейб-медика Рибейро Санхеца в 1740 г., он постепенно оттеснил Лестока, занятого административными делами, от врачевания императрицы.

Нельзя сказать, что Лесток не понимал опасности своего положения, не предчувствовал грозившей ему беды. Опасаясь интриг и козней завистников, он считал, что гораздо удобнее убраться из России подобру-поздорову. Он писал императрице: «Боюсь, государыня, что моё возвышение наживёт мне врагов, которые, очернив меня в глазах Вашего Величества, устроят, может быть, мою ссылку». Как в воду глядел!

Императрица, к несчастью для Лестока, не отпустила его от себя, чем не преминули воспользоваться его враги. Оклеветав Лестока, они добились разрешения на его арест, и 17 ноября 1748 г. Лесток был заключён в Петропавловскую крепость, будучи лишённым всех чинов, званий и должностей, а также и всего имущества. Через несколько дней была арестована и тоже посажена в крепость его третья жена, фрейлина двора Мария Аврора Менгден.

Снова предоставим слово М.Д. Хмырову: «Лесток, отрицавший все свои вины, упорно томил себя голодом, поддерживаясь единственно зельтерской водой. С соизволения императрицы его стали допрашивать с пристрастием. После 11-дневной голодовки он был приведён к пытке — бывший первый лейб-медик Высочайшего двора, генерал-директор Медицинской канцелярии в России, умный, образованный и пожилой человек, придворный, избалованный жизнью, достатком, почестями, этот Illustris et Magnificus (сиятельный и благородный. — лат.), как было написано в почётном дипломе на графство Римской империи, пожалованном ему Карлом VII 27 апреля 1744 г., висел теперь вздёрнутым к потолку, с вывороченными назад руками, удушаемый дымом курившегося под дыбой костра. Это продолжалось полчаса. Лесток выдержал эту первую пытку, не обвинил себя ни в чём и имел ещё силу дойти без посторонней помощи до своего каземата. Там его заставили принять несколько пищи (…). В 1749 г. Лесток с тем же мужеством выдержал вторую дыбу, страшно ругал Бестужева, говорил, что страдает единственно по его злобе, и не признавал себя преступником. Однако раны, не зажившие после второго допроса, отбили охоту подвергнуться новым испытаниям, и Лесток сказал всё, что от него хотели, явился виновным».

Приговор Тайной канцелярии был суровым: «Нещадное наказание кнутом и ссылка в Сибирь в отдалённые города, а именно в Охотск, где содержать до кончины живота его под крепким караулом». Однако Елизавета Петровна, ощущая, видимо, свою неправоту, смягчила жестокость приговора, и Лесток был лишь сослан — сперва в Углич, а затем в Великий Устюг в Архангельской губернии (ныне Вологодской области). При этом ему разрешили взять с собой книги и инструменты. Тогда же была дарована свобода его жене, которая — за 70 лет до декабристок — разделила судьбу своего мужа, отправившись за ним в ссылку.

25 декабря 1761 г., в день кончины Елизаветы Петровны, новый император Пётр III отправил в Великий Устюг курьера с известием о помиловании. Лесток, одетый в крестьянскую одежду, больной и несчастный, появился в Петербурге в феврале 1762 г. Указом от 9 марта 1762 г. он был восстановлен во всех своих чинах и званиях. Император также повелел возвратить Лестоку всё его имущество, которое было конфисковано, а попросту — разграблено его недругами. Лесток принялся обходить дома своих прежних противников, стараясь возвратить похищенное у него серебро, картины и драгоценности, — деталь, характеризующая простоту нравов придворной жизни России в середине XVIII в.

Екатерина II, взошедшая на престол в том же 1762 г., пожаловала Лестоку пожизненную пенсию в 7 тыс. рублей и 30 гаков земли в Лифляндии. Умер Лесток в Петербурге 12 июня 1767 г. на руках своей верной жены, которая перевезла его прах в родовой склеп Менгденов в Церликау.