Третья редакция романа, начатая во второй половине 1936 или в 1937 году, первоначально называлась «Князь тьмы», но уже во второй половине 1937 года появилось хорошо известное теперь заглавие «Мастер и Маргарита». В мае-июне 1938 года фабульно завершенный текст впервые был перепечатан. Авторская правка машинописи началась 19 сентября 1938 года и продолжалась с перерывами почти до самой смерти писателя.

Фабульно «Мастер и Маргарита» — вещь завершенная. Остались лишь некоторые мелкие несоответствия вроде того, что в главе 13 утверждается, что Мастер гладко выбрит, а в главе 24 он предстает перед нами с бородой, причем достаточно длинной, раз ее не бреют, а только подстригают. Кроме того, из-за неоконченной правки, часть из которой сохранялась только в памяти Е.С.Булгаковой, а также вследствие утраты одной из тетрадей, куда она заносила последние булгаковские исправления и дополнения, остается принципиальная неопределенность текста, от которой каждый из публикаторов вынужден избавляться по-своему. Различные фабульные нестыковки и спорные текстологические моменты каждый из текстологов вынужден решать по-своему, творчески, поскольку руководствоваться какими-то однозначными формальными критериями в случае с «закатным» булгаковским романом в принципе невозможно. Поэтому в принципе невозможно установить какой-то канонический вариант текста «Мастера и Маргариты». Будет столько вариантов, сколько будет текстологов, готовящих роман к изданию.

15 июня 1938 года, перед завершением перепечатки текста «Мастера и Маргариты», Булгаков писал жене:

«Передо мною 327 машинописных страниц (около 22 глав). Если буду здоров, скоро переписка закончится. Останется самое важное — корректура авторская, большая, сложная, внимательная, возможно с перепиской некоторых страниц.

„Что будет?“ — ты спрашиваешь. Не знаю. Вероятно, ты уложишь его в бюро или в шкаф, где лежат убитые мои пьесы, и иногда будешь вспоминать о нем. Впрочем, мы не знаем нашего будущего.

Свой суд над этой вещью я уже совершил, и если мне удастся еще немного приподнять конец, я буду считать, что вещь заслуживает корректуры и того, чтобы быть уложенной в тьму ящика.

Теперь меня интересует твой суд, а буду ли я знать суд читателей, никому не известно.

Моя уважаемая переписчица (О.С.Бокшанская. — Б.С.) очень помогла мне в том, чтобы мое суждение о вещи было самым строгим. На протяжении 327 страниц она улыбнулась один раз на странице 245-й („Славное море…“) (имеется в виду эпизод со служащими Зрелищной комиссии, беспрерывно поющими хором под управлением Коровьева-Фагота „Славное море священный Байкал…“. — Б.С.). Почему это именно ее насмешило, не знаю. Не уверен в том, что ей удастся разыскать какую-то главную линию в романе, но зато уверен в том, что полное неодобрение этой вещи с ее стороны обеспечено. Что и получило выражение в загадочной фразе: „Этот роман — твое частное дело“(?!). Вероятно, этим она хотела сказать, что она не виновата… Я стал плохо себя чувствовать, и если будет так, как, например, сегодня и вчера, то вряд ли состоится мой выезд (в Лебедянь. — Б.С.). Я не хотел тебе об этом писать, но нельзя не писать… Эх, Кука, тебе издалека не видно, что с твоим мужем сделал после страшной литературной жизни последний закатный роман».

Вероятно, Булгаков, врач по образованию, уже тогда чувствовал какие-то симптомы роковой болезни — нефросклероза, сгубившей его отца. Потому и говорил Михаил Афанасьевич о «закатном романе». И не случайно на одной из страниц рукописи была сделана драматическая заметка: «Дописать, прежде чем умереть!»

Елена Сергеевна так описывала последние месяцы работы смертельно больного мужа над романом:

«Очень плохо было то, что врачи, лучшие врачи Москвы, которых я вызвала к нему, его совершенно не щадили. Обычно они ему говорили: „Ну что ж, Михаил Афанасьевич, вы врач, вы сами знаете, что это неизлечимо“. Это жестоко; наверно, так нельзя говорить больному. Когда они уходили, мне приходилось много часов уговаривать его, чтобы он поверил мне, а не им. Заставить поверить в то, что он будет жить, что он переживет эту страшную болезнь, пересилит ее. Он начинал опять надеяться. Во время болезни он мне диктовал и исправлял „Мастера и Маргариту“, вещь, которую он любил больше всех других своих вещей. Писал он ее двенадцать лет. И последние исправления, которые он мне диктовал, внесены в экземпляр, который находится в Ленинской библиотеке. По этим поправкам и дополнениям видно, что его ум и талант нисколько не ослабевали. Это были блестящие дополнения к тому, что было написано раньше.

Когда в конце болезни он уже почти потерял речь, у него выходили иногда только концы или начала слов».

Трагическая судьба Мастера, обреченного на скорое завершение своей земной жизни, мучительная смерть на кресте Иешуа Га-Ноцри выглядят не так тяжело и беспросветно для читателя в сочетании с по-настоящему искрометным юмором московских сцен, с гротескными образами Бегемота, Коровьева-Фагота, Азазелло и Геллы. Но главным для Булгакова была заключенная в романе оригинальная синтетическая философская концепция и острая политическая сатира, скрытая от глаз цензуры и недоброжелательных читателей, но понятная людям, действительно близким Булгакову.

Писатель не исключал, что политические намеки, содержавшиеся в романе, как и в повестях «Роковые яйца» и «Собачье сердце», принесут ему неприятности. Некоторые наиболее политически прозрачные места романа Булгаков уничтожил еще на ранних стадиях работы. Например, 12 октября 1933 года Е.С.Булгакова отметила, что после получения известия об аресте его друга драматурга Николая Робертовича Эрдмана и пародиста Владимира Захаровича Масса «за какие-то сатирические басни» «Миша нахмурился» и ночью «сжег часть своего романа». Однако и в последней редакции романа осталось достаточно острых и опасных для автора мест.

Первое чтение романа для близких друзей состоялось в три приема: 27 апреля, 2 и 14 мая 1939 года. Присутствовали А.М.Файко с женой, П.А.Марков и В.Я.Виленкин, О.С.Бокшанская с Е.В.Калужским, П.В.Вильямс с женой и Е.С.Булгакова с сыном Женей. Елена Сергеевна передает настроение слушателей в записи, сделанной по завершении чтений на следующий день, 15 мая:

«Последние главы слушали почему-то закоченев. Все их испугало. Паша (П.А.Марков. — Я С.) в коридоре меня испуганно уверял, что ни в коем случае подавать нельзя — ужасные последствия могут быть… Звонил и заходил Файко — говорит, что роман пленителен и тревожащ. Что хочет много спрашивать, говорить о нем».

Такой опытный издательский работник, как бывший редактор альманаха «Недра» Н.С.Ангарский, был твердо убежден в нецензурности романа. Как записала Елена Сергеевна 3 мая 1938 года, когда Булгаков прочитал ему первые три главы, Ангарский сразу определил: «А это напечатать нельзя».

Жанровая уникальность не позволяет как-то однозначно определить булгаковский роман. Очень хорошо это подметил американский литературовед М.Крепс в своей книге «Булгаков и Пастернак как романисты: Анализ романов „Мастер и Маргарита“ и „Доктор Живаго“»:

«Роман Булгакова для русской литературы действительно в высшей степени новаторский, а потому и нелегко дающийся в руки. Только критик приближается к нему со старой стандартной системой мер, как оказывается, что кое-что так, а кое-что совсем не так Платье менипповой сатиры при примеривании хорошо закрывает одни места, но оставляет оголенными другие, пропповские критерии волшебной сказки приложимы лишь к отдельным, по удельному весу весьма скромным, событиям, оставляя почти весь роман и его основных героев за бортом. Фантастика наталкивается на сугубый реализм, миф на скрупулезную историческую достоверность, теософия на демонизм, романтика на клоунаду».