Александрийская школа представляла не согласную с этим точку зрения и настаивала более на божественности Слова воплощенного и глубоком слиянии двух его сущностей. На соборе в Эфесе в 431 году святой Кирилл Александрийский провозгласил, что «в единой сути слиты два естества – в едином воплощенном естестве соединился Бог – Слово с плотью в самой утробе родилось от плоти, усвоив себе плоть, с которой родилось… Таким образом мы исповедуем Христа единым и Господом не так, как бы мы поклонялись Слову и вместе с тем поклонялись еще какому-то человеку, но поклоняемся единому и тому же…»

Последователь Кирилла Евтихий представлял себе это единение таким образом, что две ипостаси Христа как бы смешались в Христе и человеческое поглотилось божественным. Евтихий отрицал, что тело Спасителя нашего состояло из той же плоти, что и наше, а это, в свою очередь, поднимало вопрос, было ли человеческое в Христе истинно человеческим. То есть он утверждал, что под влиянием божественной природы общечеловеческая плоть Христа изменилась и стала не единосущна с человеческой.

На беглый взгляд получалось, что халкидонская формулировка становилась на сторону Нестория, а не александрийской школы. Так полагали сами несториане и ликовали. Вместо того чтобы принести мир, Халкидонский собор усугубил антагонизм между разномыслящими теологическими фракциями и привел к расколу восточной церкви, в том числе отложению сирийской якобитской церкви от ортодоксальной. Тщетно пытались императоры умиротворить халкидонских оппонентов. В 482 году был сформулирован поддержанный императором Зеноном примирительный хенотикон («связующее звено»), который объявлял истинным и человеческое, и божественное естество Христа и предавал анафеме и несториан и евтихиан, а также осуждал тех, кто в Халкидоне или на ином соборе мыслил отлично от никейского кредо в формулировке, принятой в окончательном константинопольском выражении. Император Анастасий (491–518 гг.) даже принял открыто промонофизитскую религиозную политику, которая, впрочем, была отвергнута впоследствии при императорах Юстине и Юстиниане.

Таковы в кратком изложении основные проблемы, будоражившие восточное христианство в 490 году, когда патриархом Армении стал Бабкен из Отмауса. Сирийские монофизиты, оставшиеся верными доктринам, провозглашенным в Эфесе, жестоко страдали от притеснений несториан и обратились за поддержкой к армянам. Как было всем известно, армяне оставались скрупулезно преданными антинесторианским принципам святого Сахака и резко противились любому компромиссу в вопросах религиозной доктрины. Несториане опирались на авторитет Халкидонского собора, бывшего делом рук императора Маркиана, который буквально не допустил к себе депутацию армян, явившихся к нему накануне битвы при Аварайре за помощью против персидских гонений. Кроме того, преемниками Маркиана Халкидонский собор был дезавуирован, а указами Василия, Зенона и Анастасия халкидонское определение догматов веры было официально отвергнуто.

В таких обстоятельствах можно было легко себе представить, каким будет отношение ко всему этому армянских прелатов. Синод епископов армянских, грузинских и кавказоалбанских собрался в Двине в 506 году под председательством патриарха Бабкена и официально провозгласил принятие символа веры Эфесского собора (431 г.), принял определения хенотикона Зенона и отверг все, что отдавало несторианством, в том числе решения Халкидонского собора. Для армянской литургии была принята следующая формула трисагиона (трех-святия): «Святый Боже, святый и могущий, святый и бессмертный, за нас распятый».

Все это не означало, что армянская церковь подписалась под крайними монофизитскими взглядами, выраженными Евтихием. Более того, имя Евтихия официально предавалось анафеме наряду с именами Ария, Македона и самого Нестория. Это решение было принято на втором соборе в Двине в 554 году, где председательствовал патриарх Нерсес из Багреванда, вновь напавший на решения Халкидонского собора и провозгласивший разрыв связей между армянской церковью и Константинопольским патриархатом. Армянская церковь не видела причин для того, чтобы «подчиняться прихотям константинопольского патриархата, который постарался в Халкидоне узурпировать превосходство и власть над прочими епархиями и укрепить основания планов своих посредством церковной власти».

Армяне закрепили свой разрыв с греческой ортодоксальной церковью введением национальной системы летосчисления, действующей с 552 года и до наших дней. Грузины, последовавшие за армянами в антихал-кидонский лагерь, позднее отошли от союза с ними. В 607 году грузинский католикос Кирион жестоко поспорил с армянским патриархом Абрахамом и вновь вернулся в Греческое ортодоксальное сообщество церквей, в результате чего был отлучен армянами на третьем Двинском соборе, проходившем в 608–609 годах. Причины этого отложения Грузии частично носили политический характер и привели к значительным трениям между Грузией и Арменией, полностью не изжитым до сегодняшнего дня.

V и VI века в Армении могут похвалиться богатой религиозной и литературной активностью и продолжающимися политическими волнениями. Византийская империя при Юстиниане (527–565 гг.) и Мауриции (582–602 гг.) вступила в период новой экспансии. Эти императоры вели целый ряд войн с Персией ради расширения своего влияния в Армении. Одним из ведущих военачальников Юстиниана был армянин, евнух Нарсес (478–573 гг.), который, будучи привезен ребенком в Константинополь, дошел сначала до должности чиновника, верховного камергера, а затем стал одним из трех хартулариев, хранителей архивов императорского двора. В 532 году в Константинополе разразилось восстание, известное под названием «Ника» (по кличу восставших «Ника!», означавшему «Побеждай!»). В течение нескольких часов трон Юстиниана, казалось, был обречен. Однако затем император спасся, частично благодаря мужеству супруги, Феодоры, а частично благодаря своевременной щедрости Нарсеса, который выбрался из столицы и путем огромных денежных выплат заручился верностью партии «синих». Позднее, в 552 году, Нарсес победил вождя остготов Тотилу (Бадуилу), с поражением которого угасли последние надежды готского королевства в Италии.

Император Мауриций был, по общему мнению, простым армянским крестьянином, который пришел в Константинополь пешком и трудом своим дошел до высот власти. В селении Ошакан, неподалеку от усыпальницы святого Месропа Маштоца, стоит каменный обелиск Мауриция, по преданию, отмечающий его усыпальницу.

Однако отношение и Юстиниана и Мауриция к армянским христианам было не многим лучше персидского. В 528 году Юстиниан покорил оставшиеся армянские княжества, находившиеся в сфере влияния Византии, и в 536 году преобразовал их в провинции: Первую Армению (бывшее царство Армянское) и Четвертую

Армению (бывшие княжества, или «генты»). Мирный договор 591 года между Византией и Ираном отодвигает границу Византии на линию, проходившую примерно между озерами Ван и Севан, причем город Двин остается на уменьшившейся иранской части.

В этот период многие армяне начинают перебираться в Византийскую империю, и как беженцы, и как искатели приключений. В 571 году, после неудачного восстания против персов, множество представителей армянской знати во главе с князем Варданом Мамиконяном и вкупе с Католикосом всех армян, а также некоторыми епископами бегут в Константинополь. Вардан и его дружина вступили в византийское войско; остальные осели в Пергаме, где с VII века существовала армянская колония. Из той же колонии, к которой присоединился Вардан, вышел впоследствии Филиппик, занимавший византийский трон с 711-го по 713 год.