В 1585 году самурайский клан Симадзу, находившийся под сильным христианским влиянием, расширил свои владения на острове Кюсю за счёт захвата земель, принадлежавших союзникам Хидэёси. Требование признать клан Симадзу вассалом клана Тоётоми было отклонено, что стало поводом к интервенции. Военную интервенцию ускорило поражение войск союзников Хидэёси с Кюсю и Сикоку, которое было нанесено им отрядами самураев клана Симадзу из области Сацума в битве на реке Хэцугикава в 1586 году.

В 1587 году Хидэёси во главе двухсоттысячного войска лично отправился в поход на остров Кюсю. Самураи клана Симадзу, несмотря на всю свою отвагу и на выдающееся боевое мастерство, не смогли противостоять армии «дайдзё-дайцзина», превосходящей их силы в десять раз, и сдались противнику.

Таким образом, вся Западная Япония оказалась под контролем Хидэёси Тоётоми. На завоёванных землях он в 1587 году запретил проповедь христианской веры (что означало открытый разрыв с политикой Нобунаги Оды, ревностного исповедника и покровителя христианства).

Уже к 1588 году Хидэёси был столь силен, что смог назначить своих наместников даже в самые отдаленные провинции Страны Восходящего Солнца и добиться отданного им всему населению (кроме самураев, служащих своим господам-сюзеренам) приказ сдать все имеющееся у них оружие.

С 1589 года Хидэёси Тоётоми обдумывал план уничтожения крупнейшего властителя области Канто (ныне поглощенной территорией столицы Японии – города Токио) – рода Го-Ходзё. Поводом к войне стал захват вассалами клана Го-Ходзё последнего из замков, принадлежавших самурайским кланам Санада и Судзуки, союзникам Тоётоми. В 1590 году Хидэёси осадил главную неприятельскую цитадель – сильно укреплённый и окружённый со всех сторон водными преградами замок Одавару – вознамерившись взять её не штурмом, а измором, чтобы избежать ненужных потерь в живой силе.

Во время осады «дайдзё-дайдзин» повелел всем владетельным князьям Восточной Японии явиться к нему в ставку с изъявлением покорности, чтобы доказать свою лояльность Божественному Тэнно (а в действительности – его главному министру, крепко державшему по-прежнему бессильного Императора в своих руках). Почти все «боевые холопы» области Тохоку во главе со своими «даймё» прибыли на поклон в ставку «вышедшего в люди» крестьянского (?) сына и признали свою зависимость от него.

После трёх месяцев осады войсками Хидэёси, наконец, пала грозная, сильно укреплённая неприятельская крепость, которую в своё время не смогли взять даже такие видные полководцы Страны Восходящего Солнца, как храбрые «даймё» Сингэн Такэда и Кэнсин Уэсуги. Предводитель рода Го-Ходзё совершил «сэппуку» вместе со своими сыновьями. К 1590 году Тоётоми Хидэёси фактически стал единоличным правителем всех островов Японского архипелага.

Разбив последнего опасного внутреннего врага, Хидэёси объединил под Императорской (а фактически – под своей собственной) властью все земли державы Ямато. Благодаря его стараниям завершился очередной столетний период междоусобных войн, раздиравших на части Страну Восходящего Солнца. Новый правитель Японии передал титул Имперского регента-«кампаку» своему племяннику Хидэцугу Тоётоми, сам же «удовольствовался» званием «тайко» («регента в отставке»), превратившись в своего рода «серого кардинала» при всецело зависимом от него племяннике-«регенте». Это «понижение в должности» было Хидэёси даже выгодно, поскольку отводило от него недовольство непопулярными мерами, которые «регент» проводил в жизнь по указаниям своего пребывавшего как бы на заднем плане дяди-«кукловода».

В области экономики Хидэёси Тоётоми продолжил курс своего предшественника Нобунаги Оды, главным принципом которого была свобода торговли. Он даже собирался провести денежную реформу, начав чеканку первой в истории Страны Восходящего Солнца японской золотой монеты. Хидэёси также составил общеяпонский земельный кадастр и закрепил землю за крестьянами, обрабатывавшими её. Его политика изъятия оружия (включая даже косы, серпы, вилы и ножи) у гражданского населения (то есть фактически – у всех японцев, кроме «боевых холопов») – так называемая «охота за мечами» – в немалой степени способствовало не только возникновению ниндзя («воинов-теней», использовавших нетрадиционные виды оружия, в первую очередь – орудия крестьянского труда), но и формированию в средневековой Японии классового общества, которое отныне было разделено на администраторов – представителей воинского сословия (самураев) и гражданских подданных (крестьян, горожан и торговцев). Отныне крестьянский сын (вроде самого Хидэёси) или сын ремесленника (скажем, кузнеца, как сын друга детства Хидэёси – «тайсё» Киямаса Като) при всём желании не мог вступить в ряды самурайского сословия и дослужиться до высоких военных или административных чинов.

Для содержания постоянной двухсоттысячной армии и широко разветвлённого бюрократического аппарата Хидэёси обложил крестьянство высоким натуральным налогом, составлявшим две трети урожая. Вместе с тем, окончание периода междоусобных феодальных войн привело к экономической стабилизации: площади обрабатываемых земель возросли на семьдесят процентов, а годовой сбор риса в Стране Восходящего Солнца достиг трех с половиной миллионов тонн. С целью экономии риса крестьянам было запрещено изготовление из него крепкого пива-саке.

К числу наиболее известных внутриполитических мероприятий, осуществленных в годы правления Хидэёси Тоётоми, относится закон об изгнании из Японии христианских миссионеров (преимущественно иезуитов) и массовые убийства японцев-христиан на острове Кюсю в 1587, 1589 гг. и в последующие годы. Традиционная японская историография трактует эти меры в контексте якобы проводившейся Хидэёси борьбы с «намбандзин», как пионерами «европейского колониализма» в Японии. Возможно, Хидэёси был недоволен деятельностью на священной земле Ямато португальских работорговцев, во все большем количестве скупавших японских рабов.

Со временем работорговля приобрела такой размах, что даже у португальских рабов в Макао (Аомынь) на территории Китая появились собственные японские рабы. Следует заметить, что иезуитские миссионеры были недовольны этой деятельностью своих соотечественников и в 1571 году убедили короля Португалии положить конец порабощению японцев, хотя португальские колонисты сопротивлялись этому решению и игнорировали запрет. В итоге, Тоётоми Хидэёси в 1587 году запретил продавать японцев в рабство, хотя эта практика сохранялась еще в течение некоторого времени и после обнародования запрета.

Формальным поводом для запрета проповеди и исповедания христианства в Стране Восходящего Солнца послужил отказ католической Португалии (весьма укрепившей свои позиции на японской земле при Нобунаге Оде, в том числе и вследствие обращения в христианство немалого числа сынов Ямато – вплоть до многих представителей самых знатных самурайских родов) предоставить Хидэёси Тоётоми помощь в постройке современного флота по португальскому образцу для завоевания японцами Восточной Азии (начиная с Кореи и Китая). К тому же Португалия с 1581 года входила в состав гораздо более могущественной католической колониальной державы – Испании, огромный флот которой безраздельно господствовал в описываемое время на морях обоих земных полушарий. С точки зрения Тоётоми, Испания (над владениями которой в описываемое время «никогда не заходило солнце») представляла несравненно большую опасность для независимости Страны Восходящего Солнца, чем отдельно взятая Португалия.