Тотальная чистка местного руководства касалась не только Абхазии. В 1937–1938 годах руководители автономных республик и их окружение уничтожались практически поголовно. В октябре – ноябре 1937 года прошел судебный процесс над тринадцатью бывшими руководящими работниками Чувашии. В Татарстане тогда же арестовали всех членов и кандидатов в члены бюро обкома партии и почти всех сотрудников аппарата, за исключением нескольких технических работников, почти всех секретарей городских и сельских райкомов. 7 октября 1937 года в Грозном был созван расширенный пленум Чечено-Ингушского областного комитета. На этом пленуме был отдан приказ об аресте всех чеченцев и ингушей, являющихся членами Чечено-Ингушского обкома. Они были арестованы тут же, в зале пленума. В Грузии было уничтожено практически все руководство Аджарии и Южной Осетии. Так что судьба партийной элиты Абхазии была предрешена.

Ордера на аресты ближайших родственников Нестора – Михаила и Василия Лакоба, Меджита Джих-оглы были выданы уже 8 апреля 1937 года, еще до знаменитого оперативного приказа № 00447, одобренного Политбюро 31 июля, с которого принято вести отсчет Большого террора. Возможно, Лаврентий Берия действовал в Абхазии согласно собственной политической имперской доктрине. Он считал, что в Грузии может быть только один руководитель и подчиняющаяся ему беспрекословно властная вертикаль. Всякого рода автономии, имевшие особый статус, мешали его абсолютной власти в республике.

Степан Мамулов, в 1937 году третий секретарь Тбилисского горкома КП(б) Грузии, показывал в 1953 году на следствии:

Я наблюдал, что Берия и Лакоба внешне соблюдали хорошие отношения, а после смерти Лакобы Берия на бюро ЦК стал прямо заявлять, что в Абхазию нужно больше посылать работников мингрельцев, так как в Абхазии абхазцев мало и чуть ли не меньшинство. Ранее этого Берия не заявлял.

То же показал и А. М. Дедян:

Я хочу отметить, что Н. Лакоба правильно проводил национальную политику в Абхазии. В период его деятельности в СНК Абхазии его заместителями были греки, армяне, мингрельцы. Но после «лакобовского процесса» в 1937 г. стала проводиться со стороны Берии такая политика, что армянин, русский, грек не могли найти работу в Абхазии. Все ответственные посты стали заниматься только грузинами, мингрельцами.

20 июля 1937 года Берия писал Сталину о преступной деятельности Н. Лакобы на основе выбитых на следствии показаний:

Н. Лакоба рассказывал Г. Мгалоблишвили о том, что им ведется активная подрывная диверсионно-вредительская работа в сельском хозяйстве Абхазии в целях свержения советской власти и создания «самостоятельной» Абхазии под протекторатом Англии или Турции.

Лакоба рассчитывал, что в случае провала организации он уйдет в Турцию, где у него приготовлено убежище среди проживающих там лазов и абхазцев…

Считаю необходимым также арестовать и после следствия выслать за пределы Закавказья жену и мать Н. Лакоба, которые тесно были связаны с группой ныне арестованных членов к.р. группы Н. Лакобы и ведут себя очень подозрительно.

30 июля 1937 года состоялся VIII съезд ЦИК Абхазии, который принял новую конституцию автономии. Ее принимал уже на три четверти обновленный состав: тридцать депутатов из сорока одного были арестованы или умерли. 15 августа 1937 в газете «Советская Абхазия» вышла статья М. Делбы «Беспощадно бороться с врагами народа», в которой Нестор Лакоба изобличается как «крупный авантюрист и классовый враг», а также «троцкистский пигмей» и «поганенький, замаскированный троцкистский гад». Лакобе ставилось в вину и руководство «кулацким восстанием» 1930 года, и троцкизм, и особенно абхазский национализм. За национализм досталось и наркому просвещения Зантарии:

Питая животную ненависть к грузинскому народу, к грузинской культуре, разнузданный пошляк Зантария, будучи в течение 5-ти лет наркомпросом Абхазии, особенно пытался дезорганизовать учебу и организацию грузинских школ. Но настало время, партия разоблачила мерзавца Зантарию – этого душевно и физически разложившегося дегенерата.

Также одну за другой печатает разоблачительные статьи центральная «Заря Востока». Накануне большого абхазского процесса, 6 октября, публикуется материал «Буржуазные националисты в абхазском государственном издательстве». Главная вина этих националистов в том, что на абхазский язык не был переведен классический труд Лаврентия Берии «К вопросу об истории большевистских организаций в Закавказье». Также не хватает учебников на армянском языке и нет положения о выборах в Верховный Совет на греческом.

9 октября выходит статья «Выкорчевать до конца буржуазное националистическое отребье». Здесь клеймится уже упомянутый наркомпрос Зантария и его подчиненные, которые «держат в детских домах сыновей помещиков, князей и кулаков». Грубые ошибки совершают журналисты газеты «Советская Абхазия», даже Ботанический сад возглавляют очевидные националисты.

28 октября 1937 года в Сухумском театре начинается открытый процесс по делу тринадцати обвиняемых: В. Ладария (секретарь Абхазского обкома), М. Чалмаз (нарком земледелия), М. Лакоба (управляющий трестом «Абхазтабак»), К. Инал-Ипа (директор курорта в Гаграх), В. Лакоба (управляющий трестом «Абхазнефть»), Д. Джингелия (председатель райисполкома в Гаграх), А. Энгелов (представитель Абхазии в Тбилиси), С. Туркия (управделами ЦК), П. Сейсян (райздрав в Гаграх), М. Кишмария (председатель сельсовета), С. Эбжноу (замдиректор совхоза), X. Чанба (председатель колхоза), К. Ахуба (беспартийный).

Десятеро обвиняемых – абхазы, трое других – представители основных национальностей республики – армянин, грузин, грек. Все они обвинялись в том, что входили в «диверсионно-террористическую группу обер-бандита Н. Лакобы, готовившего покушение на вождя народов Сталина и на его верного соратника тов. Берию». Согласно обвинению, деятельность преступной группы началась с организации выступления в Лыхнах в 1931 году, о котором мы уже писали. Берия тогда помог выгородить Лакобу, спустить дело на тормозах, и шесть лет никто о нем не вспоминал. Теперь следствие обвинило бывшего руководителя Абхазии во всех грехах. Ко всему прочему тут были и встречи с Троцким в середине 1920-х, связь с троцкистским подпольем через Виссариона Ломинадзе.

Данными следствия установлены конфиденциальные встречи с Ломинадзе в Сухуми, совместная «встреча Нового года» в Москве.

Также подсудимым вменялось в вину участие в право-троцкистском центре Георгия Пятакова и Леонида Серебрякова, связи с правыми, бухаринцами (Лившиц, Маталобишвили, Матикашвили, Меладзе, Кулхатлейшвили).

Кроме того, обвиняемые планировали «отторжение Абхазской АССР от Грузинской ССР и Союза ССР путем вооруженного заговора, захвата советской власти и создание особого типа государства под протекторатом капиталистических государств». Нестор Лакоба был объявлен шпионом некоего неназванного государства. Деятельность группы, разумеется, выражалась во вредительстве. Сознательно тормозилось развитие колхозов, заводов и особенно выращивание чая.

Сухумский процесс проходил при живом участии Берии. Он потребовал завершить его до ноябрьских праздников. По словам Станислава Лакобы, историка и родственника Нестора Лакобы, еще за неделю до начала суда первые десять подсудимых в списке были выделены красным карандашом. Напротив стояла резолюция: «Расстрелять. Л. Берия». Накануне процесса в служебном вагоне на станции Келасури Берия принимал ответственных за проведение этого показательного выступления: наркома внутренних дел Абхазии Г. Пачулию, председателя Верховного суда Т. Антию, прокурора Абхазии В. Шонию и общественного обвинителя М. Делбу.