По требованию потёмкинцев командир миноноски лейтенант П.М. Клодт фон Юргенсбург развернул её кормой к броненосцу, а затем на лодке отправился на „Потёмкин“. Восставшие предложили ему перейти на их сторону и исполнять обязанности старшего офицера. Но он отказался. Тогда с него сняли погоны и отвели под арест в кают-компанию „Потёмкина“.

После этого с броненосца на миноноску перешли два машиниста, два кочегара, рулевой и ещё около десяти вооружённых винтовками матросов. Караул арестовал офицеров и вернулся на броненосец. Но потёмкинские машинисты, кочегары и рулевой в дальнейшем почти постоянно находились на борту миноноски, заменив соответствующих специалистов. Вероятно, потёмкинцы не доверяли команде миноноски и поэтому держали на ней своих людей, которые не только стояли вахты и наблюдали за настроением команды, но также вели революционную агитацию».

После этого Матюшенко велел собрать «авторитетов», чтобы выслушать их предложения о дальнейших действиях. Некоторые предлагали тут же взорвать броненосец, другие — уходить в иностранный порт, третьи — идти с повинной в Севастополь. Затем слово взял сам Матюшенко и объявил, что броненосец пойдёт в Одессу, где его уже ждут восставшие рабочие. После этого на верхней палубе был собран митинг, где Матюшенко снова объявил о походе в Одессу, там же для руководства всеми делами была избрана корабельная комиссия, возглавил которую, разумеется, сам же Матюшенко.

Спустя пять часов после начала восстания «Потёмкин», бросив на произвол судьбы так и не законченные установкой щиты, снялся с якоря и взял курс на Одессу. На этом переходе мятежники выбрали из своей среды комиссию, которая должна была управлять всеми судовыми делами и корабельной кассой.

Из общего числа офицеров во время мятежа на корабле матросы убили семерых: командира броненосца капитана 1-го ранга Голикова, старшего офицера капитана 2-го ранга Гиляровского, лейтенантов Григорьева, Неупокоева, Тона, прапорщика Ливинцева и судового врача Смирнова.

Разумеется, идеализировать морской офицерский корпус России было бы совершенно неправильно. В отношении офицеров к матросам в определённой мере сказывалась и кастовость Морского корпуса, куда брали прежде всего сыновей офицеров и дворян. Как и в любом другом флоте (в том числе и советском), в российском императорском флоте тоже встречались различные люди. Попадались гордые и холодные аристократы, не видящие матросов в упор, были настоящие мужланы, которые если и не били матроса кулаком в лицо, то унижали его бранью и презрительными кличками, были вообще никчёмные и бездарные личности. Но ни те, ни другие, ни третьи не определяли офицерского корпуса в целом, так как основу его составляли преданные флоту и Отечеству люди, понимавшие матросов и видевшие в них прежде всего защитников Отечества и своих боевых товарищей. Таких настоящих флотских офицеров было подавляющее большинство. Много их было и на «Потёмкине». Отметим сразу, что личное отношение матросов к тем или иным офицерам на «Потёмкине» никакого отношения на развитие событий на броненосце не имело. Всё было предрешено заранее, и даже если бы на месте одних офицеров броненосца оказались другие, пусть даже самые демократичные и либеральные, это ничего бы не изменило.

Начиная разговор о зверской расправе над офицерами «Потёмкина», необходимо отдельно сказать о командире «Потёмкина» Евгении Николаевиче Голикове. По понятным причинам в советское время никогда ничего хорошего о нём не говорили. И не зря! Дело в том, что никаким «держимордой» командир «Потёмкина» не был, а наоборот, являлся одним из храбрейших боевых офицеров российского флота. Официальный историк С. Найда о расправе с Голиковым говорит скороговоркой, дескать, командир был убит во время самого восстания. Это неправда! Голикова убили позднее, когда никакой надобности в этом не было! Почему убили? По двум причинам. Во-первых, убирали главного свидетеля, а, во-вторых, надо было повязать команду кровью.

Имя командира броненосца «Потёмкин» Евгения Николаевича Голикова оболгано историей. А ведь это был один из выдающихся офицеров своей эпохи! Уже юным мичманом Евгений Голиков отважно сражался с турками на Дунае в 1877–1878 годах, вначале на минных катерах, которые бесстрашно ходили в атаку на турецкие броненосцы, а потом на мониторе «Систово». В 1880–1881 годах он принял предложение капитана 2-го ранга Макарова участвовать с ним в экспедиции в Среднюю Азию. Во время похода Голиков командовал ракетной установкой. Вместе с другими участниками экспедиции он мужественно переносил все тяжести похода по безжизненной пустыне и продемонстрировал отвагу при штурме неприступного Геок-Тепе. После окончания Ахалтекинской экспедиции, завершившейся взятием Геок-Тепе и присоединением Ахалтекинского оазиса к России, генерал М.Д. Скобелев, покидая Красноводск, издал следующий приказ: «Расформирование морской батареи и возвращение господ офицеров к своим частям по случаю окончания военных действий даёт мне случай вновь высказать по долгу службы господам офицерам и молодцам матросам то искреннее уважение, которое внушили они боевым товарищам… В обстановке, для них совершенно чуждой, моряки ещё раз доказали, как в незабвенные дни Севастополя и турецкой войны, что им по плечу всё славное, доблестное, молодецкое. Участвуя во всех крупных делах экспедиции, морская батарея показала себя на высоте доблестных преданий нашего флота и кровью закрепила за собой свою заслуженную славу. От глубины всего сердца и убеждения благодарю флигель-адъютанта капитана 2-го ранга Макарова, командира батареи лейтенанта Шемана, мичманов Голикова и Майера. Молодцам матросам ещё раз спасибо: они доблестно исполнили долг присяги и службы и гордо могут смотреть в глаза товарищам». За участие в Ахалтекинском походе молодой офицер был удостоен Анны 4-й степени «за храбрость», а за штурм Геок-Тепе орденом святого Владимира 4-й степени с мечами и бантом — для мичмана награда очень и очень высокая!

Затем Голиков служил в гвардейском экипаже и несколько лет был флаг-офицером в плаваниях на императорских яхтах. Интеллигентный, грамотный и умный лейтенант пришёлся по душе императору Александру Третьему, и тот всегда с удовольствием брал его с собой в море. Именно тогда будущий командир «Потёмкина» достаточно близко познакомился и с будущим императором Николаем, который относился к флаг-офицеру с большим уважением и запросто называл его Женей. В 1883 году Голиков был на коронации Александра Третьего в Москве, что являлось большим доверием со стороны царствующей семьи. Однако придворная служба не удовлетворяла боевого офицера, и в 1885 году он переводится на Черноморский флот старшим офицером на канонерскую лодку «Уралец». А затем началось многолетнее командование Голикова различными кораблями и судами: транспорт «Псезуапе» и шхуна «Гонец», броненосец береговой обороны «Новгород» и судно «Эриклик», канонерская лодка «Уралец» и транспорт «Березань». При этом Голиков являлся признанным знатоком парусного спорта и в 1888 году стал инициатором создания яхт-клуба в Николаеве.

В 1903 году Голиков получил назначение на достраивающийся эскадренный броненосец «Князь Потёмкин-Таврический». С началом Русско-японской войны вице-адмирал Макаров запросил морское министерство прислать Голикова к нему в Порт-Артур (кроме Голикова, он просил прислать к нему капитана 1-го ранга Миклуху и нескольких других офицеров, которых лично знал по боевым делам в турецкую войну). Однако капитан 1-го ранга Голиков был оставлен на Чёрном море. Дело в том, что никто тогда ещё не знал, как пойдёт война, и в министерстве имелся план посылки на Дальний Восток отряда Черноморских кораблей, в том числе и «Потёмкина». Когда же этот поход был отменён, Голикову был поручен скорейший ввод сильнейшего броненосца Черноморского флота в боевой состав, чем, собственно, летом 1905 года он и занимался.