Следует особо отметить работы бывшего начальника Центрального штаба партизанского движения П.К. Пономаренко, в которых обстоятельно исследуются и освещаются многие вопросы организации и ведения вооруженной борьбы партизан. Например, о роли военнослужащих в партизанском движении, об их вкладе во всенародную борьбу, развернувшуюся во вражеском тылу. Бывший начальник ЦШПД признает, что советские воины, по различным причинам оказавшиеся на оккупированной территории, «сыграли большую роль в развитии всенародной войны в тылу врага». Автор приводит убедительные факты, обобщенные цифры, подтверждающие этот вывод[37]. Заслуживает особого внимания его последняя монография, где автор впервые упомянул о противоречиях по развертыванию партизанского движения между ним и руководством НКВД в лице Л.П. Берия.[38]

В начале 1990-х гг. произошли глубокие изменения в обществе. Вместе с ними произошли изменения в исторической науке, тенденция деидеологизации историографии, стали доступными ранее закрытые документы и материалы.

Начиная с 1991 г., в связи с рассекречиванием огромного массива документов, хранящихся в РГАСПИ, ГАРФ, РГВА, региональных партийных архивах, работы исследователей стали основываться на новых, не вводившихся ранее в научный оборот документальных материалах, что дало возможность подойти к проблеме более реалистично, определить роль и место органов госбезопасности СССР в развертывании партизанского движения, показать недостатки борьбы в тылу немецко-фашистских оккупантов.

Определенного внимания заслуживает одна из последних работ В.Н. Андрианова, в которой доказывается необходимость и неизбежность привлечения сотрудников органов государственной безопасности к развертыванию партизанской борьбы, обосновывается их роль в разведывательно-диверсионной, боевой и контрразведывательной деятельности в тылу гитлеровских оккупантов в годы Великой Отечественной войны.[39]

В 1991 году вышла совместная монография ветеранов Отдельной мотострелковой бригады особого назначения (ОМСБОН) НКВД СССР А.И. Зевелева, Ф.Л. Курлата, А.С. Казицкого[40]. Авторы впервые на основе богатого архивного материала проанализировали деятельность бригады, действующей как на фронтах Великой Отечественной войны, так и в тылу противника. Ценность этого исследования заключается в том, что в нем помимо архивных документов приведены личные воспоминания авторов, воевавших на оккупированной советской территории.

Вопросы партизанской борьбы на оккупированной советской территории затрагиваются в монографиях, подготовленных сотрудниками Центра военной истории ИРИ РАН. Любопытная информация о создании Центрального штаба партизанского движения содержится в работе Г.А. Куманева «Рядом со Сталиным»[41]. Автор, основываясь на беседах с бывшим начальником ЦШПД П.К. Пономаренко, показал сложности отношений между лидерами государства по вопросам организации партизанского движения. Интересный фактический и аналитический материал по некоторым направлениям изучаемой проблемы представлен в работах В.Н. Земскова и В.А. Пережогина.[42]

Интересные примеры агентурно-оперативной деятельности чекистов в партизанских формированиях можно почерпнуть из труда В.В. Коровина, где одна глава посвящена деятельности органов госбезопасности в тылу врага[43]. Исходя из анализа оперативной обстановки дается характеристика разведывательной и контрразведывательной деятельности оперативно-чекистских групп, действовавших на оккупированной территории Белоруссии, Украины и в западных областях РСФСР. Описываются ранее неизвестные факты боевой деятельности сотрудников органов госбезопасности, действовавших на территории, контролируемой противником.

Нельзя не отметить работы известного специалиста по диверсиям в тылу противника И.Г. Старинова[44]. Им впервые в отечественной историографии поднята проблема подготовки органов государственной безопасности СССР к партизанской борьбе накануне Великой Отечественной войны. Интересен его взгляд на операцию «Рельсовая война», который идет вразрез с мнением большинства известных специалистов по истории партизанского движения[45]. Автор считает неправильным решение руководства страны отдать приказ о взрыве только рельсов. По его мнению, для большей эффективности нужно было прежде всего подрывать поезда.

С этой точкой зрения согласен В.И. Боярский, который одним из первых в своих трудах показал и обосновал роль органов государственной безопасности СССР в организации борьбы в гитлеровском тылу, особенно в первые месяцы войны[46]. Представляет определенный интерес одна из последних работ этого историка. В ней проведен анализ партизанской борьбы различных народов в XIX–XX веках. Сделан вывод о том, что успех партизанской борьбы зависит от привлечения к ней профессионалов.[47]