На проводы Смоленской Богоматери, состоявшиеся 18 января, были приглашены все члены великокняжеской семьи, духовенство, бояре и «весь народ славного града Москвы». Мария со свекровью присутствовали только на литургии в Благовещенском соборе и со слезами последний раз помолились у святого образа. Василий II с духовенством и боярами проводили смолян с вновь обретенной святыней до Дорогомилова.

Когда Мария окончательно повзрослела, она стала настоящей супругой Ивана III. Ведь ей полагалось родить наследника великих князей Московских. Собираясь в поход на Новгород 19 января 1456 г., Василий II, видимо, по этой причине не взял с собой старшего сына. Иван должен был охранять Москву и защищать в ней мать Марию Ярославну и свою молодую супругу Марию Борисовну.

Поход на Новгород оказался удачным. Новгородцы поклялись великому князю, что не будут принимать у себя его врагов, и заплатили 10 тысяч рублей серебром за прежние вины.

Новые отношения между Марией и супругом также дали положительный результат — 15 февраля 1458 г. княгиня родила сына, которого, как и отца, назвали Иваном. Ведь ему предстояло унаследовать трон своих предков — великих князей Московских, ведущих начало от Ивана Калиты.

Можно предположить, что с появлением у Марии сына, ее положение при московском дворе существенно упрочилось. Хотя старшей великой княгиней все еще оставалась Мария Ярославна, но и младшей стали служить молодые и знатные боярыни. Постепенно вокруг нее сформировался свой двор, большую часть которого, видимо, составляли прибывшие с ней из Твери знатные женщины. Ведь местные боярыни входили во двор великой княгини Марии Ярославны.

Иван Васильевич также стал занимать все более важное место в управлении страной. Во время частых отлучек отца он проводил заседания Боярской думы, осуществлял судебную деятельность и отправлял полки на защиту границ в случае надобности. У него уже давно было свое окружение, состоящее из молодых представителей знати. Им предстояло стать его опорой при самостоятельном правлении.

В феврале 1461 г. Мария Борисовна с печалью узнала о кончине отца Бориса Александровича. На тверской престол сел ее юный брат Михаил, лет семи, опекаемый матерью Анастасией.

В дела Тверского княжества Василий II пока не стал вмешиваться, поскольку у его юного правителя была взрослая опекунша мать. Иная ситуация сложилась в Рязанском княжестве. Когда в 1457 г. умер великий князь Рязанский Иван Федорович, вслед за супругой, то их юный сын Василий был взят в Москву, а в Рязани стали править московские наместники. Произошло это потому, что опекать юного княжича было некому на родине, московский же князь был его родственником по линии матери.

В 1461 г. произошло новое печальное событие — 31 марта умер митрополит Иона, которого все очень уважали и любили. Организацией похорон пришлось заниматься Ивану Васильевичу, поскольку Василий II находился в это время во Владимире. Он же распорядился о том, чтобы высшие духовные чины собрались в Москву для избрания нового главы Русской церкви. Им уже весной стал ростовский архиепископ Феодосии.

Еще более печальное событие случилось 27 марта 1462 г. — умер «от сухотной болезни» сам великий князь Василий И. На момент кончины отца Иван III был полностью готов к тому, чтобы править самостоятельно. В этом отношении у него был достаточно большой опыт. К тому же и по возрасту, и по семейному положению он уже давно считался зрелым человеком.

Мария Борисовна хотя и скорбела по поводу кончины свекра, но, несомненно, радовалась тому, что вместе с мужем оказалась на московском престоле. Все функции великой княгини теперь перешли именно к ней, а у Марии Ярославны осталась лишь почетная роль вдовы. Правда, Иван III никогда не пренебрегал советами матери и даже включил ее в состав Боярской думы.

С этого времени двор Тверянки окончательно сформировался. В него вошли жены всех видных бояр и князей, и среди них она имела право выбрать фавориток. В ее ведение были отданы и земли, традиционно выделяемые на содержание великих княгинь. Они находились в районе Коломны, Юрьева-Польского и около Москвы.

Но молодая великая княгиня, вероятно, не чувствовала себя абсолютно счастливой. Ведь, кроме одного сына, детей у нее больше не было. Их отсутствие нельзя было объяснить частыми отлучками мужа — он почти все время находился в Москве. Не мешало и здоровье — оба супруга были молоды и полны сил. Причина, видимо, была в их близком родстве, на которое в то время особого внимания не обращали. Но даже по достаточно лояльному в этом вопросе церковному законодательству их брак не был законным, поскольку троюродным родственникам запрещалось друг с другом жениться. Исключение делалось только по настоятельной просьбе родителей молодых. Видимо, великие князья Борис Александрович и Василий II его получили от высшего духовенства.

Следует отметить, что с нарушением этого законодательства был заключен и брак рязанского князя Василия Ивановича с московской княжной Анной Васильевной в 1464 г. Молодые также состояли друг с другом в троюродном родстве. Правда, в их семье появилось даже несколько детей.

Можно предположить, что, желая иметь многочисленное потомство, Мария Борисовна сначала лишь ездила по храмам и монастырям, где делала щедрые вклады и молилась у чудотворных икон о даровании ей счастья нового материнства. Когда все это не помогло, она по совету жены дьяка Алексея Полуектова Натальи решила обратиться к знахарке. Эта ворожея, видимо, была хорошо известна своими снадобьями среди жен дьяков и подьячих.

Наталья сама не рискнула идти к «бабе» и отправила к ней свою знакомую — жену казенного подьячего Боровлева. Та узнала, что для проведения обряда «на зачатие» нужно принести пояс великой княгини. В источниках не указано, сама ли Мария Борисовна дала Татьяне свой пояс или она взяла его без спроса. Известен лишь итог — надев пояс, супруга Ивана III скончалась в 3 часа ночи 22 апреля 1467 г. Ей было не больше 25 лет.

Сейчас трудно определить, почему побывавший у колдуньи пояс вызвал такую скорую смерть великой княгини. Возможно, он был пропитан каким-то сильнодействующим отравляющим веществом. Вероятнее всего, это был водный раствор солей мышьяка, хорошо известного в то время. Испаряясь, это вещество привело великую княгиню к смерти.

В ночь гибели Марии Борисовны Ивана III не было в Москве. Он находился в Коломне по делам. Отравители, видимо, полагали, что в отсутствие великого князя их злодеяние не обнаружится. Ведь в то время не умели определять причину смерти людей и хоронили их без каких-либо расследований.

Похороны полагалось организовать на следующий день, т.е. уже 23 апреля великую княгиню должны были предать земле. Но из-за отсутствия Ивана III и зная его крутой нрав, бояре не решились этого сделать. Они лишь установили гроб с телом княгини в храме Вознесенского монастыря и прикрыли его красивым покровом. Однако уже на следующий день выяснилось, что покров мал и не прикрывает раздувшееся тело. Тогда все поняли, что Мария Борисовна умерла не своей смертью, а была отравлена. В то время уже знали, что увеличивающееся в объеме тело умершего свидетельствовало о наличии в нем яда.