Вскоре, 24 ноября, Троцкий подписывает новый приказ по войскам Южного фронта за № 65, который содержал следующие меры по борьбе с дезертирством и отступлением частей фронта:

«1. Всякий негодяй, который будет подговаривать к отступлению, дезертирству, невыполнению боевого приказа, будет расстрелян.

Всякий солдат Красной Армии, который самовольно покинет боевой пост, будет расстрелян.

Всякий солдат, который бросит винтовку или продаст часть обмундирования, будет расстрелян.

Во всей прифронтовой полосе распределены заградительные отряды для ловли дезертиров (выделено нами. — Авт.). Всякий солдат, который попытается оказать этим отрядам сопротивление, должен быть расстрелян на месте.

Все местные советы и комитет бедноты обязуются со своей стороны принимать все меры к ловле дезертиров, дважды в сутки устраивая облавы: в 8 часов утра и в 8 часов вечера. Пойманных доставлять в штаб ближайшей части или в ближайший военный комиссариат.

За укрывательство дезертиров виновные подлежат расстрелу.

Дома, в которых будут открыты дезертиры, будут подвергнуты сожжению».

25 ноября Л.Д. Троцкий сообщает председателю СНК РСФСР В.И. Ленину и председателю ВЦИКЯ.М. Свердлову, что на воронежском участке Южного фронта произведены первые расстрелы дезертиров, которые произвели впечатление. ЦК РКП (б) поддержал Троцкого, приняв 26 ноября постановление о необходимости развернуть в ближайшие недели «наивысшую энергию наступления на всех фронтах, прежде всего на Южном». Центральный Комитет партии большевиков требовал «железной рукой заставить командный состав, высший и низший, выполнять боевые приказы ценою каких угодно средств», не «останавливаться ни перед какими жертвами для достижения тех высоких задач, которые сейчас возложены на Красную Армию, в особенности на Южном фронте». В постановлении говорилось: «Красный террор сейчас обязательнее, чем где бы то ни было и когда бы то ни было, на Южном фронте — не только против прямых изменников и саботажников, но и против всех трусов, шкурников, попустителей и укрывателей. Ни одно преступление против дисциплины и революционного воинского духа не должно оставаться безнаказанным. Все части Красной Армии должны понять, что дело идет о жизни и смерти рабочего класса, и потому никаких послаблений не будет. Командный состав должен быть поставлен перед единственным выбором: победа или смерть. Центральный Комитет вменяет в обязанность всем членам партии установить на фронте подлинную революционную диктатуру, отвечающую размерам опасности, угрожающей социалистическому отечеству».

Войска Южного фронта, получив подкрепление, перешли 23 ноября в контрнаступление. Оно вначале развивалось успешно, но затем части Донской армии стали оказывать все более упорное сопротивление. В результате замедлилось продвижение войск Южного фронта на Камышинском и Арчединском направлениях, в некоторых армиях, в том числе в 8-й, массовое явление приобрело дезертирство. Для борьбы с дезертирами ставка делалась на заградительные отряды. Л.Д. Троцкий 18 декабря телеграфировал командованию Южного фронта: «Как обстоит дело с заградительными отрядами? Необходимо иметь, хотя бы в зародышевом состоянии, сеть заградительных отрядов (выделено нами. — Авт.) и точно разработать порядок их укомплектования и развертывания».

19 декабря 1918 г. на заседании Реввоенсовета Республики был рассмотрен вопрос об усилении борьбы с дезертирством и принято решение создать временный орган (комиссию) с самыми широкими полномочиями в составе представителей Всероссийского Главного штаба (Всероглавштаб), Всероссийского бюро военных комиссаров (Всеробюровоенком) и наркомата внутренних дел. В постановлении РВСР отмечалось: «… 8. Одной из форм наказания для дезертиров является направление их в особые опороченные части (разработать положение об опороченных частях)…».

В соответствии с предложениями Реввоенсовета Республики Совет рабоче-крестьянской обороны (СРКО) принял 25 декабря постановление «О дезертирстве». Оно предусматривало создание Центральной временной комиссии по борьбе с дезертирством, в которую вошли представители Всероглав-штаба, Всеробюровоенкома и наркомата внутренних дел.

На местах 3 марта 1919 г. были созданы губернские комиссии по борьбе с дезертирством. Были введены меры наказания за дезертирство: от условного лишения свободы вплоть до расстрела; конфискация имущества дезертиров, лишение их земельного надела или его части.

Л.Д. Троцкий тем временем продолжал наводить порядок на Южном фронте. В своем приказе № 160 по 10-й армии от 8 января 1919 г. он писал: «Требую беспощадной расправы с дезертирами и шкурниками, которые парализуют волю 10-й армии. Не сомневаюсь, что лучшие части 10-й армии сомкнутся и вместе с другими армиями Южного фронта задушат, наконец, красновскую гадину. Никакой пощады дезертирам и шкурникам. За невыполнение приказа, бессмысленную трусость в первую голову отвечают командиры и комиссары».

Меры, принятые председателем Реввоенсовета Республики, принесли свои плоды. В войсках Южного фронта удалось навести порядок и значительно повысить дисциплину и организованность. Они активизировали свои действия и перехватили инициативу из рук противника. Однако войскам фронта не удалось закрепить свой успех из-за того, что в его тылу началось восстание казаков. Оно было спровоцировано Организационным бюро ЦК РКП (б), созданным 16 января 1919 г. в составе трех членов ЦК Я.М. Свердлова, H.H. Крестинского и М.Ф. Владимирского. На своем заседании, состоявшемся 24 января, они приняли текст циркулярного письма ЦК об отношении к казакам. В письме требовалось «провести массовый террор (подчеркнуто в документе. — Авт.) против богатых казаков» и «беспощадный массовый террор по отношению ко всем вообще казакам, принимавшим какое-либо прямое или косвенное участие в борьбе с Советской властью». Претворение в жизнь решения Оргбюро ЦК РКП (б) привело к восстанию Мигулинской, Вешенской, Казанской и ряда других станиц. Для его подавления Донское бюро РКП (б) во главе с С.И. Сырцовым, Донской ревком и командование Южного фронта предписывали реввоенсоветам армий широко применять заградительные отряды. В ночь с 10 на 11 марта, когда началось восстание в станице Казанской, для борьбы с повстанцами исполком станицы использовал два заградительных отряда. В ходе ожесточенного боя оба отряда, понеся огромные потери, отступили.

Репрессии, обрушившиеся на казаков, вызвали тревогу у некоторых политических и военных работников. Поэтому ЦК РКП (б) был вынужден 16 марта признать: «Ввиду явного раскола между северным и южным казачеством на Дону и поскольку северное казачество может содействовать нам, мы приостанавливаем применение мер против казачества и не препятствуем их расслоению». Однако местные, партийные, советские и военные власти и прежде всего Донское бюро РКП (б) во главе с С.И. Сырцовым и Донской ревком фактически игнорировали решение ЦК и продолжили политику «расказачивания». Для подавления восстания по распоряжению командующего Южным фронтом были сформированы экспедиционные войска под командованием бывшего прапорщика П.Е. Княгницкого. В район восстания перебрасывалась часть резерва Главкома бывшего полковника И.И. Вацетиса.

Несмотря на принятые меры, экспедиционные части, испытывавшие недостаток в силах и средствах, не смогли справиться с восставшими казаками. К тому же войска Вооруженных Сил Юга России генерала А.И. Деникина нанесли серию мощных ударов по войскам Южного фронта, что сказалось на их действиях по ликвидации восстания на Дону. Положение на Южном фронте еще больше усугубилось в связи с отказом начальника 6-й Украинской стрелковой дивизии бывшего штабс-капитана H.A. Григорьева отправиться из Елисаветграда для оказания помощи Венгерской Советской Республике. При опоре на местное население H.A. Григорьев 7 мая поднял мятеж, захватил Черкассы, Умань, Кременчуг, Екатеринослав, Херсон, Николаев и другие города.