Опыт первой эксплуатации в воинских частях уже в середине 1947 г. вынудил внести ряд мелких изменений в конструкцию и оборудование истребителя: немного увеличили угол открытия заслонки маслорадиатора, ввели карданную подвеску выхлопных патрубков, усилили крепление звеньеотводов, поставили новый кран разжижения масла бензином (с 8-й серии). С той же серии для улучшения температурного режима двигателя сочли необходимым укоротить выхлопные патрубки. На машинах более раннего выпуска прямо в строевых полках патрубки снимали с самолётов и попросту обрезали ножовкой. Вносились также изменения, связанные с технологией сборки машины. Например, с 7-й серии ликвидировали разъём половин стабилизатора на две части.

Серийный Ла-9 на заводских испытаниях в Горьком, начало 1947 г.

Ла-9 на контрольных испытаниях в НИИ ВВС, 1947 г.

В том же году выпуск новых истребителей стали осваивать на заводе № 99 в Улан-Удэ. Первый самолёт, собранный в Улан-Удэ из узлов горьковского изготовления, поднялся в воздух 9 июля 1947 г. Структура заводских номеров построенных машин была аналогична горьковским: вторая пара цифр — «99», по номеру предприятия.

Ла-9 постоянно совершенствовался. Только за 1948 г. в его конструкцию ввели 197 изменений. В мае на 14-й серии усилили крепление зализа крыла, поставив заклёпки с меньшим шагом. На части машин стали монтировать второй кислородный баллон ёмкостью 4 л и штуцер для зарядки баллонов без снятия их с истребителя. Одновременно произвели замену стрелкового прицела. Вместо устаревшего прицела ПКИ-1, стоявшего на ранних сериях, стали ставить АСП-1Н (заводское обозначение «97-П»), разработанный в ОКБ-16. Он представлял собой копию английского прицела Mk.IID, использовавшегося на истребителях, поставлявшихся в СССР в годы войны. Замена прицелов осуществлялась и на машинах предыдущих серий в различных мастерских и непосредственно в полках по чертежам, рассылавшимся с завода.

Ла-9 выпуска 1946 г. на заводских испытаниях в Горьком.

Серийный Ла-9 в НИИ ВВС.

До самолёта № 48211458 все Ла-9 комплектовались американскими фотокинопулемётами «Фэйрчайлд», смонтированными в носке крыла у стыка центроплана и правой консоли. Но запасы их, хранившиеся на складах со времён ленд-лиза, вскоре были исчерпаны. Пришлось перейти на советский фотокинопулемёт С-13, ставившийся в обтекателе над козырьком кабины. Замену проводили и в воинских частях, при этом гнездо в крыле от старого объектива закрывали заглушкой. В августе того же года на 20-й серии ввели новый, более надёжно работавший на высоких скоростях механизм аварийного сбрасывания подвижной части фонаря. Подобной доработки специалисты НИИ ВВС требовали ещё по результатам контрольных испытаний, прошедших в сентябре 1946 г. На всех поздних сериях Ла-9 (начиная с 13-й) аккумулятор стоял в радиоотсеке за кабиной пилота и монтировался через люк в левом борту; ранее же он находился в кабине.

Некоторые нововведения, опробованные на отдельных самолётах, в серию так и не внедрили. На один истребитель установили электрический автомат переключения скоростей нагнетателя АПСН-44, который использовали уже на появившемся позже Ла-11. Весной 1949 г. на Ла-9 прошёл испытания и был рекомендован к установке на серийные машины прибор АППС-ЦАГИ, предназначенный для предупреждения выхода на большие перегрузки и сваливания в штопор. Но никаких сведений о его монтаже на заводах нет.

Авария Ла-9 при облёте на заводе № 99 в Улан-Удэ, 27 марта 1948 г.

Во время облёта новых машин на предприятиях иногда имели место и весьма неприятные происшествия. Только в течение 1948 г. при облёте произошли четыре поломки шасси. Во всех случаях в момент посадки складывалась одна из основных стоек. Отмечались и другие дефекты, но утверждать, что Ла-9 страдал какими-то существенными «врождёнными» конструктивными пороками, нельзя. Иногда причиной аварии являлось обычное головотяпство. Так, у лётчика Г. С. Большакова при стрельбе из пушек оторвались лопасти воздушного винта. К счастью, пилот сумел посадить машину, лишённую тяги. Последовавшее расследование показало, что моторный завод по ошибке прислал двигатель с другим передаточным числом редуктора, которое не соответствовало регулировке синхронизатора.

Крепление фотокинопулемёта «Фэйрчайлд» на правой стойке шасси; обтекатель снят.

На заводе № 21 производство Ла-9 к концу года свернули, а в Улан-Удэ оно продолжалось до конца 1949 г. Параллельно с боевыми истребителями здесь строили самолёты двухместного учебно-тренировочного варианта.

В 1951 г. часть Ла-9, ещё находившихся в строю, подверглась модернизации. На них установили светотехническое оборудование для полётов в тёмное время суток и мягкие бензобаки.

Учебно-тренировочный истребитель, получивший первоначально обозначение «140», а затем Ла-9В («вывозной»), отличался двухместной кабиной с дублированными приборами как пилотажно-навигационными, так и контроля винтомоторной группы, сдвоенным управлением самолётом и двигателем, а также неубирающимся костыльным колесом. Количество бензобаков сократили до трёх, сохранили одну пушку НС-23 с боезапасом 100 патронов. Зато дополнительно установили оборудование для ночных полётов, оснастили переднюю кабину шторками для обучения полёту по приборам, смонтировали фотоустановку для плановой съёмки, переговорное устройство и приспособление для буксировки конуса.

Самолёт «140» (Ла-9В) на испытаниях, май 1947 г.

Вооружение Лa-9В состояло из одной пушки НС-23 по левому борту.

Маслорадиатор Ла-9В.