— Каждому своё место предрасположено! — бранит он настырного контролёра. — А я для того и поставлен, чтобы думать за всех!

Работая ночами, пишет Зотов новые книги. В 1728 году создаёт он «Регламент адмиралтейского нижнего суда» — свод законов повседневной деятельности Адмиралтейств-коллегии. В 1729 году Зотов уезжает на время в Москву, где занимается приведением в порядок центральных учреждений коллегии, одновременно составляя многие законоположения по их деятельности. По возвращении в Санкт-Петербург переводит с голландского «Светильник морской» — морскую лоцию от Ревеля до Англии и Белого моря, пишет первый в России учебник морской тактики — «Книгу о погоне за неприятелем».

А Россия уже переживала тёмное время царствования Анны Иоанновны. Шла беспрестанная борьба за власть: армию прибрал к рукам фельдмаршал Миних, флот оставил за собой вице-канцлер Остерман. Что за беда, коль в делах морских Остерман был полнейший неуч и на палубу боевого корабля ни разу не ступал. Главное — имел за собой реальную силу, чтобы чувствовать себя уверенно в это время произвола и интриг.

Под крылом Остермана начало расти влияние наиболее реакционной части высшего флотского командования, составившей так называемую «английскую партию». «Англичане» требовали пересмотра основных положений Петра I по флоту, отмены Морского устава, созданного Зотовым, и принятия английского. Во главе новоявленных реформаторов стояли вице-адмирал Головин, адмиралы Сиверс и Гордон. Однако «англичане» в своих планах скорого переустройства петровского флота просчитались. В противодействие им стихийно возникла «русская партия» во главе с Соймоновым, Зотовым, Берингом. Неофициальное руководство партией взял на себя Наум Сенявин. «Русские» отстаивали самостоятельный путь развития отечественного флота, следование заветам Петра. Причём если «английскую партию» составляли в большинстве своём старые адмиралы, то «русскую» — прежде всего молодые капитаны кораблей и рядовые офицеры.

Несмотря на все старания и интриги Остермана, «русская партия» во главе с боевыми адмиралами и капитанами была чрезвычайно популярна на флоте. Особую же опасность для «англичан» представлял Зотов, знающий как свои пять пальцев всю тайную кухню Адмиралтейств-коллегии. Один из историков следующим образом описал значение Зотова: «Среди русских было, однако, одно лицо, имевшее… все данные, чтобы выступить в прениях могучим противником реформаторов, — лицо, давшее некогда повод Петру Великому провозглашать здравицы… за успехи его в науках… получившее почётную известность: как вполне образованного моряка, боевого офицера, соучастника Сенявина в первой морской победе русских, тщательного служаки, знатока морской тактики и организации иностранных флотов, сотрудника Петра по составлению Морского регламента и устава… смелого и речистого человека, не затруднявшегося входить со своими представлениями к Петру, иногда резко несогласными со взглядами государя. Среди „русской партии“ был капитан Конон Никитич Зотов…»

Однако без поддержки сверху «русская партия» была обречена на поражение. Используя административную власть, «англичане» исподволь повели расправу со своими наиболее опасными врагами. Прежде и легче всего избавились от Витуса Беринга, которого срочным образом спровадили во Вторую Камчатскую экспедицию. В ней Беринг совершит много открытий, впервые донесёт русский флаг до берегов Америки, но в Россию уже не вернётся. Могилой ему станет скалистый остров (названный впоследствии его именем) в далёком, продуваемом северными ветрами проливе (тоже получившем позже его имя). После Беринга «англичане» взялись за контр-адмирала Соймонова. Вскоре бравый моряк был взят под арест как конфидент заговорщика князя Вяземского и судим. Контр-адмирала били плетьми, ему рвали ноздри, а потом отправили по этапу в Сибирь. Одновременно началась травля Наума Сенявина, которого адмирал Сиверс буквально выживал с флота, придираясь к каждой мелочи. Заседания коллегии превратились для Сенявина в сущий ад. Не уступая ни в чём, он дрался как лев, но был один.

Протоколы заседаний доносят до нас драматизм происходившего: «…То он (Сенявин) принуждён будет в коллегию не ездить, понеже он вице-адмиралом служит 33 года и такой обиды не имел, а адмирал и вице-президент (Сиверс) объявил, что и он в России служит близ 26 лет, а дураком не бывал, и на то вице-адмирал Сенявин говорил, от кого он так признан?» Затравив Сенявина, сгноив Соймонова и избавившись от Беринга, «англичане» принялись за Конона Зотова. Уверенные в полной безнаказанности, они теперь действовали нагло, не утруждая себя особыми ухищрениями. Обвинение, выдвинутое против него, было дико по своей нелепости. Зотова, долгие годы стоявшего на страже законности и охраны казённого добра, обвинили… в воровстве. Удар был настолько внезапен и ошеломляющ, что Конон Никитич пребывал в полнейшем отчаянии от свалившегося на его голову позора. В чём же могли обвинить его? Ведь всего лишь несколькими годами ранее он писал одному из своих друзей: «…Ни движимого, ни недвижимого у меня нет; нечего отнять и нет, как потеснить в усадьбах, ибо по государевой милости испомещен на морях!» Обвинение было до нелепости смешное: будто взял Зотов для себя без указа коллегии Адмиралтейской взаимно девять бочек извести. Заметьте — взял взаимно, т.е. в долг, чтобы потом вернуть.

«Дело Зотова» очень быстро стало известно самому широкому кругу морских офицеров, но реакция на него получилась обратная той, на которую рассчитывали обвинители: среди моряков поднялся ропот, люди не верили в нечестность первого «охотника» Российского флота На кораблях в кают-компаниях открыто называли это дело сиверсовской стряпнёй.

Сам же Сиверс торжествовал: вот когда он рассчитался с дерзким контролёром! Но Зотов не сдавался и наотрез отказывался признать себя виновным, требуя повторного расследования своего дела. Повторного расследования вице-президент Адмиралтейств-коллегии побоялся, и обвинение против Зотова пришлось снять. Но дело было сделано. Конон Никитич не мог долго работать в такой обстановке. Отныне единственным его утешением стали книги.

В 1741 году Зотову по настойчивым требованиям Сенявина дали должность генерал-экипажмейстера и чин контр-адмирала. Конон Никитич отнёсся к повышению равнодушно: кроме мундира и оклада, для него ничего не изменилось.

Зотов работал как одержимый. Одна за другой выходят из-под его пера книги: «Новые сигналы», «Пополнение к знанию зеймана», новый учебник тактики «Об экзерцициях военного флота»…

Весной 1742 года Конон Никитич тяжело заболел и вынужден был уехать в Ораниенбаум. В октябре 1742 года его не стало. Погребли контр-адмирала на местном кладбище.

О личной жизни Конона Зотова нам известно весьма немного. О его супруге сведений практически нет. Известно, что он, якобы, имел дочь Анну (1735 года рождения). Известно, что после смерти Зотова его вдова была вовлечена в уголовный процесс по случаю подлога дитяти и пострижена. Из этого следует, что, вполне возможно, дочь Конона Анна была ему не родная. Для чего вдове Зотова понадобилось совершать подлог с ребёнком, в точности не известно, скорее всего, за этим стояли меркантильные интересы — доля в наследстве или пенсия.