Но командующий турецкими силами сераскер Мустафа-паша не стал забираться в горы, а сначала приступил к осаде изолированного в бухте форта Сент-Эльмо, расположенного у входа в бухту. Он господствовал над двумя узкими заливами и представлял угрозу османскому флоту. После захвата этого форта можно было бы ввести свою эскадру в бухту и приблизиться к основным укреплениям у Борго. Но Пиале-паша не согласился ни с командующим, ни с Драгутом, а предложил свой план действий. Он считал, что хотя форт Сент-Эльмо мешает ближе подойти к городу, но если начать атаку сразу же на Борго, то после его падения оборона форта утратит смысл и его защитники все равно капитулируют. Поэтому адмирал предлагал не отвлекаться на осаду форта, чтобы не тратить сил и средств, а сразу же приступить к осаде и штурму главного укрепления. Ведь сколько пороха и людей придется угробить на взятие Сент-Эльмо, а времени на осаду Борго может уже не остаться. Управиться надо было до холодов. Да и вообще осада Мальты представлялась более опасным делом. Укрепления на Мальте были не слабее родосских, но сам остров находился совсем рядом с Сицилией, где в любой момент мог быть собран испано-имперский флот и двинуться на помощь мальтийским рыцарям. Поэтому с захватом Мальты следовало торопиться.

В итоге Мустафа-паша, как формально старший по должности и по возрасту, настоял на том, что начать надо с осады и последующего штурма форта Сент-Эльмо. 23 мая началась его бомбардировка.

Но вскоре турки глубоко увязли в осаде форта. Однако уже потраченные на нее людские и материальные ресурсы побуждали постараться довести ее до конца. Необходимо было во что бы то ни стало взять этот проклятый форт, а потом и весь остров. Сулейман приказал обязательно добиться победы. Сераскер, равно как и Драгут с Пиале-пашой, знали, что поражение может стоить им головы.

Драгут прибыл на Мальту 2 июня и принял на себя руководство осадой форта Сент-Эльмо. А уже 22 июня, когда он руководил атаками через наведенные мосты к проломам в укреплениях форта, ему в голову попал обломок камня, и он умер от раны через два дня. По другой версии, в голову Драгуту попало ядро, причем «дружественное», турецкое, и сразило его наповал. Пиале-паша был ранен железным осколком, но рана оказалась несмертельной.

23 июня форт Сент-Эльмо наконец пал, когда у оборонявших его рыцарей не хватило сил закрыть все бреши. Понимая, что защитники форта способны продержаться лишь ограниченное время, магистр за пару дней до падения послал к ним под покровом ночи трех гонцов-рыцарей – англичанина, итальянца и француза. Когда они вернулись, то двое сказали магистру, что форт обречен и падет в ближайшие часы. Третий же настаивал, что защитники форта еще продержатся.

Великий магистр тогда решил, что все рыцари должны держаться и умереть на своих местах, поклявшись друг другу, что не сдадутся. А защитники форта Сент-Эльмо должны держаться до последнего, чтобы выиграть хотя бы лишний день.

Ворвавшиеся 23 июня в Сент-Эльмо турки обнаружили лишь 60 раненых воинов из гарнизона в 600 человек, сидевших на табуретках с мечами в руках. Турки не пощадили их, озлобленные длительным сопротивлением. Взбешенные также большими потерями, османские воины раздели трупы рыцарей, вырезали на них кресты и сбросили их в воды залива. Форт продержался месяц. Турки при его осаде потеряли 8 тыс. человек. По преданию, Мустафа-паша, глядя на руины форта Сент-Эльмо, произнес: «Если такой маленький сын так дорого обошелся нам, то какую цену мы должны заплатить за отца?»

Всем пленным, кроме девяти, турки немедленно отрубили головы, а тела прибили к деревянным крестам и пустили вплавь через вход в гавань к форту Сант-Анджело. В ответ на это ла Валетт распорядился немедленно казнить всех турецких пленных, затем их головами зарядили пушки и выстрелили по руинам форта Святого Эльма. После этого обе стороны пленных больше не брали.

В конце июня на Мальте причалила галера с 1000 солдат и 24 добровольцами-рыцарями из Сицилии. Небольшой отряд пробился ночью через боевые порядки турок и явился к де ла Валетту в Борго. Прибывшие сообщили магистру, что папа Пий IV уже выделил деньги на операцию по деблокаде Мальты, что испанцы обещали прислать флот, а в Мессине собрались добровольцы. Но вице-король Испании в Сицилии боится выходить в море без сопровождения военной эскадры, более мощной, чем турецкая. Вице-король обещал отправиться к Мальте «в один из июльских дней».

Семьдесят три дня крепость де ла Валетта выдерживала артиллерийскую бомбардировку. С высот позади города орудия стреляли прямой наводкой по улицам. Строители прокладывали пути подхода к стенам крепости. На острове, целиком состоявшем из известняка, подкопы были невозможны. Оставалось только пытаться разрушить стены крепости, а потом пускать солдат по открытой местности на штурм проломов, не считаясь с огромными потерями. Ведь невозможно было даже вырыть окопы, подходящие к стенам крепости. Как писал Ноллес, «бомбардировки производились с четырнадцати позиций. По городу били семьдесят больших орудий, включая три особенно мощных василиска. Турки окружили город линиями бастионов, фашин и искусственно возведенных возвышенностей, с которых день и ночь беспрерывно обстреливали городские кварталы и замки Сент-Мишель и Сант-Анджело. Они разрушили стены города и другие фортификационные сооружения, а жилые дома довели до такого ужасного состояния, что внутри них вряд ли осталась хоть одна живая душа».

Военные строители Мустафы-паши провели дорогу к одному из оставшихся фортов. Хасан, сын Барбароссы, унаследовавший от отца титул бейлербея Алжира, предложил перетащить галеры по суше в бухту позади фортов и атаковать их с моря. Однако эта операция привела к полной потере экипажей галер. Суда были потоплены или оставлены дрейфовать, а их команды были перебиты огнем из фортов и цитадели.

Салих Раис, сын капитана, помогавшего в свое время Барбароссе, ночью совершил внезапный налет с небольшим отрядом на один из бастионов. Но пять его защитников успели проснуться и отбить атаку до подхода подкрепления.

Турецкие боевые пловцы, прихватив с собой острые топоры из дамасской стали, попытались подобраться к цепи, перекрывавшей вход во внутреннюю бухту, и перерубить ее. Однако их встретили мальтийские пловцы с ножами в зубах и всех перебили.

Поскольку рыть подкопы не было возможности, Мустафа-паша приказал у стены одного из бастионов выдолбить шахту для закладки пороха. Но взрыв лишь слегка повредил стену. Немедленная атака турок на этом участке была сорвана защитниками бастиона, устроившими засаду. Бурение шурфов производило много шума, и их нельзя было сделать незаметно.

7 августа состоялся генеральный штурм, который длился девять часов, но тем не менее был отбит. И все же Мустафа-паша, не считаясь с потерями, предпринимал штурмы один за одним, зная, что каждый бой понемногу изматывает рыцарей и наносит им потери, которые невозможно восполнить.

В конце августа в турецком лагере распространилась дизентерия. Тогда же была произведена серия взрывов, повредивших стены крепости, и сераскер в золоченых доспехах сам возглавил штурмующие колонны. Однако атакующие не смогли пробиться через проломы. Мустафа-паша с янычарами был отброшен в воронку от взорванного боезаряда. Там им пришлось до наступления темноты отбивать вылазки рыцарей. Только ночью остатки атакующих отползли к своим позициям.