20 июня 1937 г. Буниатзаде арестовали в Тбилиси и препроводили в Баку.

Следствие по его делу вёл Борщев, являвшийся в то время начальником 3 отдела АзНКВД. Протоколы допросов, в которых Буниатзаде признавал себя виновным в совершении тяжких преступлений, направлялись Багирову, и он читал их.

19 ноября 1937 г. Борщев утвердил постановление о перепредъявлении обвинения Буниатзаде. Вот некоторые выдержки из этого постановления: «Буниатзаде Дадаш, являясь руководителем центра к/р националистической, повстанческой, террористической, диверсионно-вредительской организации, на протяжении ряда лет проводил развернутую вербовочную работу среди руководящих работников АзССР, через коих насаждал повстанческие кадры в районах Азербайджана; принимал непосредственное участие в организации намечавшихся терактов против руководителей партии и правительства;, проводил активную вредительскую подрывную работу по сельскому хозяйству Азербайджана; входил в состав центра к/р организации правых в Азербайджане; поддерживал шпионскую связь с иноразведками». Обвинение, как видим, стандартное, страшное, однако не подтверждённое объективными доказательствами.

Борщев пять раз непосредственно участвовал в допросах Буниатзаде. На процессе он подтвердил, что показания о враждебной деятельности от Буниатзаде были получены в результате его жестокого избиения. Установлено, что Борщев избивал Буниатзаде и руками, и резиновой дубинкой. До того, как Буниатзаде признал себя виновным, его в течение трёх дней нещадно избивали. В фальсификации дела по обвинению Буниатзаде также участвовал Григорян.

Багирова постоянно информировали о ходе следствия по делу Буниатзаде.

21 апреля 1938 г. Военной коллегией Верховного Суда СССР Буниатзаде был признан виновным в том, что он с 1930 г. являлся одним из руководителей антисоветской националистической диверсионно-террористической организации, существовавшей, в Азербайджане, осуществлял вредительство в народном хозяйстве, подготавливал террористические акты в отношении Берии, Багирова и Сумбатова, являлся агентом иностранных разведок. За эти, никогда не совершавшиеся Буниатзаде преступления, его приговорили к расстрелу. В суде Буниатзаде не признал себя виновным. Но это уже не имело никакого значения, и приговор был приведен в исполнение.

Багиров имел самое непосредственное отношение к расправе с другим председателем СНК Азербайджана — Усейном Рахмановым. Багиров в суде показал, что Рахманов был арестован по его инициативе. Он «посылал телеграмму Сталину, в которой просил санкцию на арест У. Рахманова», — заявил в суде Багиров. Этот факт ещё раз подтверждает вывод о том, что к уничтожению видных участников революционного движения, крупных деятелей партийных и советских органов причастен сам «отец народов» -Сталин. Ведь без его ведома никто не посмел бы арестовать таких руководителей как Буниатзаде, Рахманов и другие, уже упоминавшиеся и те, о ком ещё будет рассказано.

Как установлено, Рахманов вместе с Багировым поехал в Москву. Там он заболел, и его положили в больницу, где он и был арестован 2 октября 1937 г. Потом его этапировали в Баку. В допросах Рахманова Багиров участвовал лично, причём он не только допрашивал обвиняемого, но и избивал его. В конечном итоге Рахманова принудили оговорить себя. Оговорили Рахманова, как и себя самих, Гамид Султанов, Везиров, Фарадж-заде, Джуварлинский.

Дело Рахманова рассматривалось 21 апреля 1938 г. Военной коллегией Верховного Суда СССР. Суд был скорый и несправедливый. Его признали виновным в том, что являлся членом центра антисоветской националистической диверсионно-террористической организации, якобы существовавшей в Азербайджане. В 1933–1937 гг. систематически проводил вредительскую работу, направленную на затяжку строительства станкостроительного, гвоздевого заводов и химической фабрики. Участвовал в создании повстанческих ячеек для вооружённой борьбы с Советской властью и насильственного отторжения Азербайджана от СССР. Рахманов был приговорён к расстрелу. Багиров в суде дал утвердительный ответ на вопрос, считает ли он себя ответственным за уничтожение Рахманова.

Большое внимание суд уделил исследованию обстоятельств ареста и уничтожения активного участника революционного движения в Закавказье Левона Исаевича Мирзояна. Родился, он в 1896 г., с 1917 г. — член партии большевиков. В 1925–1929 гг. был секретарём ЦК КП/б/ Азербайджана, с 1933 г. — первый секретарь Казахского крайкома ВКП/б/, с 1937 г. — первый секретарь ЦК КП/б/ Казахстана. С 1934 г. являлся членом ЦК ВКП/б/. Член ЦИК СССР, депутат Верховного Совета СССР первого созыва.

Багиров пояснил в суде, что после отъезда из Баку С.М. Кирова в Ленинград, у него с Мирзояном «начались трения, совместной работы не получалось». В то время Мирзоян был секретарём ЦК ЦК КП/б/ Азербайджана, а Багиров — заместителем председателя СНК Азербайджана. «С моей стороны, — заявил Багиров, были резкие выступления в адрес Мирзояна».

Маркарян подтвердил, что Багиров ненавидел Мирзояна и «везде его дискредитировал».

Следует отметить, что Мирзоян имел непосредственное отношение к освобождению Багирова с поста председателя АзОГПУ в 1927 г.

Мирзояна арестовали 22 мая 1938 г. 26 февраля 1939 г. Военная коллегия Верховного Суда СССР, рассмотрев дело Мирзояна, признала его виновным в том, что он в 1926–1927 гг. совместно с право-троцкистскими и националистическими элементами организовал в Баку антисоветскую группу, которую и возглавлял. В 1930–1932 гг., работая на Урале, развернул большую подрывную работу в промышленности и в сельском хозяйстве, вербовал в антисоветскую организацию новых её участников. В 1933–1938 гг., будучи секретарём Казахского крайкома, а затем первым секретарём ЦК КП/б/ Казахстана, по заданию Рыкова и Бухарина установил связь с руководителями буржуазно-националистической организации и совместно с ними занимался формированием контрреволюционной повстанческой организации для вооружённого свержения существующего в СССР строя. Мирзоян был приговорён к расстрелу, и в тот же день приговор был приведен в исполнение. Была арестована, а затем и расстреляна его жена.

Подлую роль сыграл Багиров в трагической судьбе секретаря ЦК ВЛКСМ, члена ЦК ВКП/б/, депутата Верховного Совета СССР и члена его Президиума А.В. Косарева.

В один из дней 1937 г. на даче Косарева во время ужина хозяин в присутствии Багирова произнёс тост: «За настоящее партийное руководство в Закавказье, которого сейчас там нет». Багиров промолчал. Спустя некоторое время, как показала в суде М.В. Нанейшвили — жена Косарева и дочь известного революционера В.И. Нанейшвили, Косарев узнал, что Багиров сообщил Берии об этом тосте. Берия, который в то время был первым секретарём ЦК Компартии Грузии, высказал неудовольствие тем, что Косарев не считает его настоящим партийным руководителем. После перевода Берии в Москву он 28 ноября 1938 г. вместе с другими работниками НКВД СССР явился на квартиру к Косареву, арестовал его и его жену. 28 ноября 1938 г. был арестован и В.И. Нанейшвили. Ещё раньше был арестован, и 3 июня 1937 г. осужден Военной коллегией Верховного Суда СССР секретарь Копольского райкома КП/б/ Белоруссии П.В. Нанейшвили (сын В.И. Нанейшвили) к 10 годам тюремного заключения за то, что он якобы являлся участником контрреволюционной троцкистско-зиновьевской террористической организации, а в 1929 г. в Москве создал террористическую группу для совершения террористических актов в отношении руководителей ВКН/б/ и Советского правительства.