По отношению к новым союзникам в руководстве восстанием единства не было. ЧНС после определенных колебаний и под давлением коммунистов отказался от дальнейших переговоров с «власовцами» и от их помощи, понимая, что такой «союз» мог бы быть негативно воспринят советским руководством и командованием.

Прибывшие в штаб С.К. Буняченко посланцы от ЧНС привезли благодарственное письмо генералу А.А. Власову за оказанную помощь и сообщили решение Совета отказаться от услуг его армии. С.К. Буняченко готов был действовать против немцев и отдельно от ЧНС. Теперь он просил чехов передать по радио его меморандум, разъясняющий, почему он оказался в РОА, почему пришел на помощь Праге и теперь будет продолжать воевать против нацистов. Представители ЧНС отказались выполнить это требование.

Поняв, что американские войска не собираются наступать к Праге и в нее войдут части Красной армии, дивизия С.К. Буняченко вечером 7 мая стала покидать сражавшийся город, уходя теперь на запад, к американцам. Не вняли власовцы и просьбам повстанцев оставить им оружие. Впрочем, часть бойцов дивизии осталась в Праге и продолжала борьбу. Несомненно, что среди власовцев были люди, искренне желавшие сражаться с нацистами и тем самым получить прощение Родины. Всего в боях за город, по некоторым данным, погибло около 300 власовцев. С отходом на запад их основных сил немцы снова стали хозяевами положения в Праге.

1-й Украинский фронт наносил удар на Прагу с севера через Рудные горы. Ранним утром 6 мая разведка установила, что сплошной обороны противник создать не успел. Во второй половине дня стрелковые дивизии 13-й и 3-й армий совместно с соединениями 3-й и 4-й гвардейских танковых армий нанесли мощный и внезапный удар по самым слабым местам в обороне немцев. 5-я гвардейская армия сумела завершить подготовку к наступлению только к вечеру, когда основные силы фронта уже прорвали оборону и, несмотря на сильные дожди, затруднявшие движение по размокшим дорогам, продвинулись более чем на 20 км.

6 мая войска генерал-фельдмаршала Шернера начали общий отход из Чехословакии. В этот же день прекратил сопротивление блокированный еще с середины февраля 40-тысячный гарнизон города-крепости Бреслау; он сдался, убедившись в бесплодности дальнейшей борьбы в тылу советских войск. Маршал И.С. Конев приказал всем армиям немедленно преследовать противника. 7 мая наступление войск 1-го Украинского фронта развернулось в полосе более 400 км.

К исходу дня главная ударная группировка фронта вышла к северным отрогам Рудных гор. Особого успеха добилась 13-я армия генерала Н.П. Пухова. Действуя совместно с 4-й гвардейской танковой армией, она значительно вырвалась вперед. 5-я гвардейская и 3-я гвардейская танковая армии генералов А.С. Жадова и П.С. Рыбалко, завязав бои за Дрезден, отстали.

7 мая наступление на Прагу начал и 2-й Украинский фронт. Его 7-я гвардейская армия под командованием генерала М.С. Шумилова сразу же продвинулась на 12 км. Используя ее успех, командующий фронтом маршал Р.Я. Малиновский на следующий день ввел в сражение 6-ю гвардейскую танковую армию генерала А.Г. Кравченко, которая устремилась к столице Чехословакии.

Во второй половине дня 7 мая Шернер получил по радио приказ генерал-фельдмаршала В. Кейтеля о капитуляции немецких войск на всех фронтах, но до подчиненных его не довел. Позже, находясь в советском плену, Шернер оправдывался: «…приказ о капитуляции мною в мои войска передан не был, так как я полагал, что он невыполним… Нами был выработан по этапам план отхода войск группы армий „Центр“». Фельдмаршал просто-напросто лукавил. Приказ он отдал, но в нем говорилось, будто слухи о капитуляции распространяет англо-американская и советская пропаганда. Шернер заверял войска, что «война против Советского Союза будет продолжаться». По существу, подобная позиция — это даже не своеволие фельдмаршала, а реальное отражение официальной точки зрения нового руководства Германии.

7 мая для повстанцев в Праге был самым тяжелым днем. Именно тогда в штаб генерала К. Кутлвашра прибыли американские офицеры, которые сообщили о немецкой капитуляции и советовали прекратить бои в Праге.

Ночью стало известно о том, что начальник гарнизона немецких войск в Праге генерал Р. Туссэн готов вступить в переговоры с руководством восстания о капитуляции. Они начались 8 мая в 10 часов в здании, где размещался штаб ЧНС. В 16.00 представителями Национального совета, с одной стороны, а с другой — генералом Туссэном был подписан акт о капитуляции немецкого гарнизона. Согласно протоколу, немецкие войска могли свободно отойти на запад, оставив тяжелое вооружение на выходе из Праги, а остальное сложив перед американской демаркационной линией. Это дало возможность части нацистских сил избежать советского плена. Соглашаясь с такими условиями, мало похожими на капитуляцию противника, восставшие попросту стремились быстрее избавиться от оккупантов и избежать кровопролития.

8 и 9 мая стали решающими днями наступления советских войск к Праге. Войска правого крыла 1-го Украинского фронта преодолели сопротивление противника на перевалах через Рудные горы. На рассвете 9 мая передовые части 3-й и 4-й гвардейских танковых армий ворвались в Прагу. Днем с востока в город вступили передовые части 60-й и 38-й армий 4-го Украинского фронта. В течение нескольких часов город был очищен от остатков немецких войск.

Основные силы группы армий «Центр» были окружены и к исходу 11 мая сдались в плен. Советские войска вышли в районы Хемница, Пльзеня и Ческе-Будеевице и установили контакт с союзниками. На следующий день они встретились в Карлови Вари и южнее Пльзеня в Клатови.

Выдвигаясь в район Клатови, разведка 25-го танкового корпуса генерала Е.И. Фоминых установила, что на запад отходит дивизия РОА С.К. Буняченко, вместе с которой находился и генерал А.А. Власов. Для его захвата Е.И. Фоминых выделил группу во главе с капитаном М.И. Якушевым. Как докладывал в Москву начальник политуправления 1-го Украинского фронта генерал Ф.В. Яшечкин, 12 мая танкистами 25-го танкового корпуса был захвачен генерал А.А. Власов. При нем были найдены американский паспорт на его имя, старый партбилет и копия его приказа войскам сложить оружие и сдаться в плен Красной армии. По показаниям самого А.А. Власова, «он намеревался пробраться на территорию, занятую нашими союзниками».

Подошедшая к занимаемому американцами рубежу дивизия С.К. Буняченко не была принята командованием союзников. Он сорвал с себя погоны немецкого генерал-майора и распустил личный состав. Некоторые офицеры и солдаты тут же застрелились, другие безучастно опустились на обочину дороги, третьи направились на восток, навстречу советским войскам. А.А. Власова и его сподручных в Москве ждали суд и виселица. За 13 и 14 мая, говорилось в вышеупомянутом донесении, в районе города Пльзень «до 20 тысяч власовцев сложили оружие, сдались к нам в плен». Их дорога вела в ГУЛАГ.

В результате боевых действий в Пражской операции в плен было взято около 860 тыс. солдат и офицеров, захвачено 9,5 тыс. орудий и минометов, 1,8 тыс. танков и штурмовых орудий, более тысячи боевых самолетов. Потери советских, румынских, польских и чехословацких войск составили 12 тыс. человек, а 40,5 тыс. солдат и офицеров получили ранения. Кроме того, было потеряно 373 танка и самоходные артиллерийские установки, тысяча орудий и минометов, 80 боевых самолетов.