Форма присяги, принятая в Москве, до уничтожения веча не была известна в Новгороде. Уж очень текст ее был раболепным, непривычным для вольных людей, какими считали себя новгородцы. Присягнувший по-московски обязывался, в случае нужды, действовать против Новгорода и доносить великому князю о всяком сопротивлении ему или недоброжелательстве.

Тут же на вече народ до смерти забил Василия и Захара. Новгородские власти продержали великокняжеских послов в Новгороде 6 недель и потом дали им такой ответ: «Бьем челом господам своим великим князьям, а государями их не зовем; суд вашим наместникам по старине, на Городище; а у нас суда вашего княжеского не будет, и тиунам вашим у нас не быть; дворища Ярославова не дадим вам. Как мы с вами на Коростыне мир кончили и крест целовали, так на том докончании и хотим с вами жить; а с теми, что поступали без нашего ведома, ты, государь, сам разведайся: как хочешь, так их и казни; но и мы тоже, где которого поймаем, там и казним; а вам, своим господам, бьем челом, чтоб держали нас по старине, по крестному целованию».

Так как лето 1471 г. было как никогда сухое, то Иван III ожидал осени. 23 ноября Иван с войском был уже у Сытина в 30 верстах от Новгорода. Здесь к нему явились владыка Феофил с посадником и житными людьми и стали бить челом: «Господин государь князь великий Иван Васильевич всея России! Ты положил гнев свой на отчину свою, на Великий Новгород, меч твой и огонь ходят по Новгородской земле, кровь христианская льется, смилуйся над отчиною своею, меч уйми, огонь утоли, чтобы кровь христианская не лилась: господин государь, пожалуй! Да положил ты опалу на бояр новгородских и на Москву свел их в свой первый приезд: смилуйся, отпусти их в свою отчину в Новгород Великий».

Великий князь ничего послам не ответил, но отобедать их пригласил. Тогда на следующий день новгородские послы пошли к брату Ивана III Андрею Меньшому, принесли подарки и попросили, чтобы он замолвил слово великому князю за Новгород. Потом послы пошли к Ивану III с просьбой, чтобы велел с боярами поговорить. Великий князь выслал к ним троих бояр «на говорку». Послы предложили им такие условия: чтобы великий князь ездил в Новгород на четвертый год и брал по 1000 рублей; велел бы суд судить своему наместнику и посаднику в городе, а с чем они не справятся, то великий князь бы тогда судил, когда сам приедет на четвертый год, но в Москву бы не вызывал. Чтобы великий князь не велел своим наместникам судить владычных и посадничьих судов, чтобы великокняжеские подданные в своих тяжбах с новгородцами судились бы перед наместником и посадником, а не на Городище. Вместо ответа Иван III велел своим воеводам подойти к Новгороду, занять Городище и пригородные монастыри.

27 ноября московское войско стало у стен города. 4 декабря в московский стан явились владыка Феофил с посадниками и житными людьми и били челом, чтобы государь пожаловал, указал своей отчине, как бог положит ему на сердце свою отчину жаловать. Ответ был прежний: «Захочет наша отчина бить нам челом, и она знает, как бить челом». Послы вернулись в Новгород, а на следующий день прибыли к Ивану с повинной, что действительно Новгород посылал в Москву Назара и Захара называть великого князя государем. «Если так, — велел ответить им Иван, — если ты, владыка, и вся наша отчина, Великий Новгород, сказались перед нами виноватыми и спрашиваете, как нашему государству быть в нашей отчине, Новгороде, то объявляем, что хотим такого же государства и в Новгороде, какое в Москве».

7 декабря при очередном визите послов Иван III пояснил, чего он хочет: «Государство наше таково, вечевому колоколу в Новгороде не быть; посаднику не быть, а государство все нам держать; волостями, селами нам владеть, как владеем в Низовой земле, чтоб было на чем нам быть в нашей отчине, а которые земли наши за вами, и вы их нам отдайте; вывода не бойтесь, в боярские вотчине не вступаемся, а суду быть по старине, как в земле суд стоит». Новгородцы вынуждены были согласиться.

Затем к новгородцам обратились московские бояре: «Великий князь велел вам сказать: Великий Новгород должен дать нам волости и села, без того нам нельзя держать государства своего в Великом Новгороде». Новгород предложил боярам две волости: Луки Великие и Ржеву Пустую, но великий князь не согласился. Тогда предложили десять волостей, и тут Иван III отказался. Новгородцы предложили самому князю назначить, сколь ему надо волостей. Иван не растерялся и назначил половину волостей владычных и монастырских и все новоторжские, чьи бы они ни были.

Затем начались переговоры о дани. Сначала великий князь хотел брать по полугривне с обжи. Новгородскую обжу составлял один человек, пашущий на одной лошади. Три обжи составляли соху, пашущий на трех лошадях и сам-третей составляли также соху.

20 января 1478 г. Иван III назначил своими наместниками в городе Ивана и Ярослава Васильевичей Оболенских. Перед отъездом великий князь велел схватить купеческого старосту Марка Панфильева, боярыню Марфу Борецкую с внуком Василием Федоровым, еще пятерых знатных новгородцев, и отвезти их в Москву, а имения их Иван прибрал себе. Также были изъяты все договоры, когда-либо заключенные новгородцами с литовскими князьями.

17 февраля Иван выехал из Новгорода и 5 марта прибыл в Москву. За ним привезли в Москву вечевой колокол и подняли на колокольню на кремлевской площади.

После этого новгородцам показалось, что великий князь оставил их в покое. Но, увы, 26 октября 1479 г. Иван III вновь двинулся на Новгород якобы «с миром», благо, никаких поводов к войне новгородцы не давали. Однако, подойдя к Новгороду, Иван велел открыть артиллерийский огонь (командовал «пушечным нарядом» Аристотель Фиорованти). С момента приезда в Москву в 1475 г. Аристотель выполнял обязанности генерал-фельдцейхмейстера, говоря языком XVIII — начала XX века. Аристотель проектировал пушки, лил и ковал их, учил стрелять из пушек и управлять огнем орудий в бою.

После нескольких дней бомбардировки городские ворота открылись и оттуда вышли владыка и духовенство, несшие кресты и иконы, а следом — посадник, тысяцкий, старосты пяти концов, бояре и множество народа. Все пали ниц перед великим князем и взмолились о пощаде и прощении. Иван III сказал им: «Я, ваш государь, даю всем невинным в этом зле мир; ничего не бойтесь». Тем не менее, заняв город, Иван велел схватить свыше пятидесяти новгородцев и подверг их страшным пыткам. «Тут только великий князь узнал об участии владыки в заговоре и о сношениях братьев своих с новгородцами».

Наш великий историк писал это вполне серьезно. Как Иван III, так и его «свирепый внук» Иван IV очень мало думали о логике своих обвинений. В 1569 г. Иван Грозный обвинит жителей Новгорода в том, что они де «Новгород и Псков отдати литовскому королю, а царя и великого князя Ивана Васильевича всея Русии хотели злым умышлением извести, а на государство посадити князя Володимира Ондреевича».

Ларчик открывался просто — Ивану III и его внуку нужны были деньги и очень много денег, а заодно и подготовить материал для расправы над родными братьями. В частности, Иван III мечтал залезть во владычную (архиепископскую) казну. Разумеется, трусливый Феофил ни в чем не был замешан.

Выявленные под пытками обвинения дали повод арестовать Феофила. Он был отослан в заточение в московский Чудов монастырь, все богатства архиепископа взяты в Москву. Вместо Феофила по воле Ивана III митрополит Геронтий поставил московского протопопа Симеона, переименованного при посвящении в Сергия. Сергий надменно вел себя с новгородцами и третировал местное духовенство. Вскоре Сергия начали мучить видения. К нему сначала во сне, а потом уже и наяву стали приходить давно усопшие новгородские владыки (архиепископы). «Зачем, безумец, — говорили они — зачем дерзнул ты приняти поставление святительства нашего, на место поруганного, неправедно сверженного и еще живого владыки? Не по правилам ты осмелился сесть на мученический престол! Оставь его!». Сергий вначале крепился, но затем в его поведении появились странности. То он «выйдет из кельи без мантии, то сядет под храмом Св. Софии или у Евфимиевской паперти и глядит бессмысленно». Кончилось дело тем, что Сергий вообще потерял дар речи. Московские власти официально заявили, что новгородцы отняли у него ум волшебством.