Решив продолжить военное образование, в 1925 году Эрнст Шахт оканчивает Серпуховскую высшую военную авиашколу воздушного боя, стрельбы и бомбометания.

С ноября 1925 по апрель 1926 года летчик Шахт проходит службу в 1-й легкобомбардировочной эскадрилье, расквартированной в Липецке. По совместительству он работает в летной школе, где в то время обучаются немецкие летчики. Зарекомендовав себя как способный пилот, вскоре был назначен на должность старшего летчика. В 1926 году коммунисты части принимают Э. Шахта в ряды ВКП(б).

Через некоторое время Э. Шахт получает направление в 35-й отдельный авиаотряд, который вскоре перевели в Среднеазиатский военный округ, в Ташкент.

В аттестации 1927 года наряду с такими важными чертами характера, как отзывчивость, сердечность, общительность, особенно подчеркиваются его командирские качества: «Выдержанный, дисциплинированный командир. Выдвижение на должность командира звена считаю нецелесообразным, так как продолжительное время тов. Шахт фактически нес в отряде обязанности командира звена и зарекомендовал себя с самой лучшей стороны. Вполне достоин и заслуживает выдвижения во внеочередном порядке на должность командира отряда»{3}.

За участие в боевых действиях против басмачей Э. Шахт неоднократно отмечался командованием. 28 февраля 1928 года Приказом командующего войсками округа за № 49 «За выдающуюся работу в боевых условиях» Комиссией наград при РВС СССР он был награжден револьвером «Маузер» за № 355813 с надписью «Стойкому защитнику пролетарской революции».

26 ноября 1930 года за подвиги, совершенные при отражении нападений басмачей, и их последующую ликвидацию Э.Г. Шахт был награжден орденом Красного Знамени.

Повышая свое воинское мастерство и образование, в 1931 году Эрнст Шахт окончил курсы усовершенствования командного состава при Военно-воздушной академии Генерального штаба. С ноября 1932 года он продолжает службу в должности командира резервного авиаотряда, обслуживающего Управление ВВС РККА, являясь постоянным пилотом начальника ВВС РККА Я.И. Алксниса.

25 мая 1936 года за выдающиеся успехи в овладении авиационной техникой и умелое руководство боевой и политической подготовкой вверенного соединения майор Э.Г. Шахт был награжден орденом Ленина.

С сентября 1936 по февраль 1937 года майор Э.Г. Шахт участвовал в национально-революционной войне в Испании. Первоначально на аэродроме Алькала-де-Энарес он обучает молодых республиканских летчиков технике пилотирования и нанесению бомбовых ударов. Летать приходилось на устаревших и тихоходных самолетах «Бреге-19», «Ньюпор», «Потез-54».

В октябре 1936 года в Картахену прибыл пароход «Старый большевик». На нем были доставлены первые советские скоростные бомбардировщики (СБ). За короткий срок были произведена сборка и облет новой техники на аэродроме Альбасете. В результате в конце октября 1936 года в войсках республиканской Испании появилась 1-я бомбардировочная эскадрилья скоростных бомбардировщиков (СБ) под командованием Э.Г. Шахта.

В день, когда последний из доставленных из СССР самолетов был собран и приведен в боевую готовность, над аэродромом появился фашистский разведчик. Испанское командование отнеслось к данному факту спокойно, полагая, что наступающий вечер не позволит авиации противника что-либо предпринять. Однако Шахт так не считал. Он сразу же отбыл в штаб республиканских ВВС и добился срочного перебазирования эскадрильи на полевой аэродром Томельосо.

На следующий день стало известно, что с наступлением темноты аэродром Альбасете был подвергнут массированной бомбардировке. Благодаря решительным действиям Эрнста Генриховича удалось сберечь новую технику и людей от неминуемой гибели.

28 октября 1936 года эскадрилья под командованием Э. Шахта совершила первый боевой вылет на бомбардировку франкистских позиций. Бомбардировщики СБ совершили налет на аэродром в Талавере в 160 километрах западнее Мадрида. В результате было уничтожено 15 самолетов мятежников. Поднятые по тревоге истребители не смогли догнать бомбардировщики СБ.

Несмотря на большой опыт, руководить подразделением Эрнсту Генриховичу было нелегко. Рассказывает писатель М.П. Сухачев: «От природы скромный, даже застенчивый, он с трудом познавал русский язык и, несмотря на то, что прожил в СССР четырнадцать лет, говорил с сильным акцентом. Это становилось особенно заметным, когда Шахт волновался. Путая русские слова с немецкими, он спешил скорее произнести всю фразу, как правило, заканчивал ее на немецком языке. Сознавая за собой этот недостаток, Шахт хотел иметь такого помощника, который бы схватывал его мысль, развивал ее, облекая в необходимую словесную форму. В Прокофьеве он видел того человека, в котором нуждался: уравновешенного, делового. Шахту даже нравилось, что Гавриил такой же, как он, немногословный. Постепенно он переложил вопросы организации боевых действий эскадрильи на Прокофьева, оставив за собой право их контроля и вождения группы»{4}.

Участвуя в национально-революционной войне испанского народа, Эрнст Генрихович проявил себя как один из выдающихся авиационных командиров и новаторов в деле применения бомбардировочной авиации. Рассчитав, что бомбардировщик СБ даже с полной нагрузкой может уйти от любого вражеского самолета, Шахт предложил использовать эти скоростные качества и совершать налеты на вражеские аэродромы без сопровождения истребителей. Это являлось революционным новшеством в авиации того времени.

В первых же полетах выявился ряд существенных недостатков СБ, которые пришлось устранять на месте. Начали бронировать место пилота и стрелка, увеличивать бомбовую нагрузку. Особенно не устраивали поставленные на самолет вместо скорострельных ШКАСов устаревшие 7,62-мм пулеметы ДА, они не обеспечивали должной огневой защиты при нападении истребителей врага. Для исправления ситуации Шахту пришлось даже обменять выделенную ему легковую машину на 4 ШКАСа, использовавшихся где-то в качестве зенитных пулеметов. Он же и поднял вопрос о переоборудовании места стрелка-радиста, так как в полете при открытой кабине его голова, если он занимал боевое положение или следил за обстановкой в воздухе, обдувалась мощными потоками воздуха.

Чтобы замаскировать аэродром, на котором базировалась его эскадрилья, Эрнст Генрихович приказал сделать в середине его огород.

К концу 1936 года эскадрильей Шахта было совершено большое количество боевых вылетов: уничтожены самолеты на аэродроме Севилья, железнодорожные составы с живой силой и техникой франкистов на станциях Мерида, Бадахос. Почти ежедневной бомбардировке подвергались рвавшиеся к Мадриду войска мятежников. Самолетов в строю оставалось все меньше, на одной машине в течение дня совершали по несколько вылетов разные экипажи.

Несмотря на все трудности и потери, летчики 1-й бомбардировочной эскадрильи скоростных бомбардировщиков (СБ) были полны решимости продолжать борьбу с фашизмом.

Представляя майора Э.Г. Шахта к очередной награде, командование отмечало, что он «руководитель и участник всех боев и операций, выполненных эскадрильей СБ как непосредственно над полем боя, так и в глубоком тылу противника. Своими смелыми нападениями на аэродромы и метким огнем вывел из строя десятки самолетов противника, в том числе несколько тяжелых бомбардировщиков»{5}.