После демобилизации Кубаткин остался служить в ОГПУ С 1932 года работал в подразделениях госбезопасности Одесской области. В 1936 году был назначен на должность оперуполномоченного УНКВД по Одесской области с присвоением звания мл ад-шего лейтенанта госбезопасности (старший лейтенант Красной Армии).

В августе 1937 года Кубаткин окончил специальные курсы при Центральной школе НКВД СССР и был переведен на руководящую работу в центральный аппарат НКВД. В 1939 году его избрали секретарем парткома ГУГБ НКВД СССР.

В 1940–1941 годах Кубаткин руководил управлением госбезопасности по Московской области, а также возглавлял 3-й спецотдел НКВД СССР.

С 23 августа 1941 года старший майор госбезопасности (генерал-майор) П.Н. Кубаткин являлся начальником УНКВД по Ленинградской области и членом Военного совета Ленинградского фронта. В дни блокады Ленинграда он выполнял работу по обеспечению безопасности и порядка в осажденном городе. Возглавляя ленинградских чекистов, Кубаткин в 1945 году одновременно являлся Уполномоченным НКВД СССР по 2-му Прибалтийскому фронту.

15 июня 1946 года генерал-лейтенант Кубаткин назначается руководителем советской внешней разведки.

В период работы в Ленинграде близко пересеклись судьбы члена Политбюро ЦК ВКП(б) и секретаря Ленинградского обкома партии Андрея Александровича Жданова и Петра Николаевича Кубагкина.

Для Кубаткина совместная работа со Ждановым оказалась весьма полезной. Как член Военного совета Ленинградского фронта Жданов был в курсе всех планов боевых операций. Функции органов государственной власти также были переданы Военному совету. Поэтому руководителю ленинградских чекистов Кубаткину приходилось едва ли не каждый день общаться со Ждановым, решая повседневно возникавшие проблемы.

После завершения военных операций, связанных с обороной Ленинграда, Жданов получил новое назначение — секретарем ЦК ВКП(б) по идеологической работе. Кубаткин же продолжал трудиться в Ленинграде. В столицу выезжал частенько как по служебным делам, так и для участия в работе сессий Верховного Совета СССР, депутатом которого он был избран по окончании войны.

После освобождения Павла Михайловича Фитина от должности начальника внешней разведки именно Жданов предложил Сталину назначить на эту должность Кубаткина. Возможно, мнение Жданова и его рекомендации сыграли в этом вопросе свою решающую роль. В июне 1946 года генерал-лейтенант Кубаткин стал начальником внешней разведки.

Повышение по службе не предвещало Петру Николаевичу спокойной жизни. Сотрудники внешней разведки трудились над решением первоочередных задач, поставленных перед ними Сталиным. А задачи эти были неимоверно важными и крайне сложными: речь шла о содействии советским ученым в создании ядерного оружия.

В такой обстановке единственную возможность д ля нормальной деятельности вверенной ему Службы Кубаткин видел в опоре на надежных людей. Из Ленинградского управления в центральный аппарат внешней разведки был переведен начальник Первого отдела Александр Сахаровский. Тогда же на работу во внешнюю разведку были направлены оперативный сотрудник Особого отдела НКВД Ленинграмдского военного округа Алексей Крохин и начальник одного из отелов УНКГБ по Ленинградской области Андрей Красавин. На учебу в Высшую разведывательную школу МТБ СССР были направлены Николай Дерябкин и некоторые другие сотрудники Ленинградского управления госбезопасности. В дальнейшем все они занимали в советской внешней разведке высокие руководящие посты.

Но едва Петр Николаевич начал глубоко вникать в дела разведки, как 9 сентября 1946 года последовал приказ о его освобождении от этой должности и переводе в резерв Управления кадров МТБ. Начальником разведки Кубаткин проработал менее трех месяцев.

Существует ряд версий неожиданного освобождения Кубаткина от занимаемой должности. Одна из них предполагает, что он сам подал рапорт о переводе на другую работу, не считая возможным возглавлять столь ответственный участок, поскольку не имел опыта зарубежной работы и не знал иностранных языков. С этой версией трудно согласиться прежде всего потому, что Ку-баткин обладал немалым опытом организаторской работы и уже приступил к формированию коллектива высокопрофессиональных разведчиков. Кроме того, военный человек, генерал-лейтенант, награжденный орденами Ленина, Красного Знамени, Кутузова I и II степени, Трудового Красного Знамени, двумя орденами Красной Звезды, многими медалями, а также почетным нагрудным знаком «Заслуженный работник НКВД» не мог спасовать перед трудностями. Военные люди не обсуждают приказы начальников, а выполняют их.

Видимо, причина перехода на другую работу была вызвана другими обстоятельствами. И таились они, скорее всего, в сфере большой политики, поскольку в это время уже раскручивалось так называемое «ленинградское дело», подробности которого не подлежали огласке. Сфабрикованные ближайшим окружением Сталина обвинения против «участников этого дела» в попытке раскола партии, а также в шпионаже привели к жестокой расправе над ленинградскими руководителями.

Всем осужденным было предъявлено обвинение в том, что якобы создав антипартийную группу, они проводили вредительскую подрывную работу, направленную на противопоставление Ленинградской партийной организации Центральному Комитету партии, превращение ее в опору для борьбы с партией и ЦК ВКП(б). Жертвами репрессий в связи с «ленинградским делом» стали все руководители областной, городской и районных партийных организаций, почти все советские и государственные деятели, которые после Великой Отечественной войны были выдвинуты из Ленинграда на руководящую работу в центральные партийный и советский аппараты, а также в другие областные партийные организации.

Только в Ленинградской области были освобождены от партийной и советской работы более двух тысяч коммунистов.

Но пока был жив Жданов, Кубаткина не трогали. В ноябре 1946 года он был назначен руководителем управлением государственной безопасности по Горьковской области. 30 марта 1949 года Кубаткин был уволен из органов государственной безопасности «за невозможностью дальнейшего использования» и назначен заместителем председателя Саратовского облисполкома. Лишь в июле 1949 года была получена санкция на его арест по «ленинградскому делу». В постановлении на арест Кубаткина было написано: «Работая на руководящих должностях в Ленинграде, поддерживал преступную связь с группой лиц, враждебно настроенных против партии и правительства».

27 октября 1950 года П.Н. Кубаткин был приговорен Военной коллегией Верховного суда СССР к высшей мере наказания и в тот же день расстрелян.

Репрессиям подверглись и члены семьи Петра Николаевича. Его жена была осуждена на пятнадцать лет исправительно-трудовых лагерей, а семнадцатилетний сын-студент — на десять лет.

В начале 1954 года по поручению ЦК КПСС Прокуратура СССР произвела ревизию «ленинградского дела» и установила, что оно было от начала и до конца сфальсифицировано. 26 мая 1954 года Петр Николаевич Кубаткин и члены его семьи были полностью реабилитированы.

7 сентября 1946 года внешнюю разведку органов государственной безопасности СССР возглавил генерал-лейтенант Петр Васильевич Федотов, сменивший на этом посту Петра Николаевича Кубаткина. За день до назначения его утвердили заместителем министра госбезопасности.