13 августа мятежники перерезали дорогу Бадахос-Мадрид и окружили город, сделав невозможной переброску подкреплений на помощь защитникам столицы Эстремадуры. Колонна милиции, посланная в Бадахос 12 августа, была почти полностью уничтожена на марше немецкой авиацией и марокканцами.

Защитники Бадахоса укрылись за довольно прочными средневековыми стенами города, заложив ворота мешками с песком. В их распоряжении было только 2 старые гаубицы, а большинство из 3000 бойцов милиции не имели никакого оружия. Всю первую половину дня 13 августа мятежники подвергали город массированному артобстрелу, а вечером того же дня пошли на штурм. Одновременно в городе подняла мятеж гражданская гвардия. Его удалось подавить только ценой больших потерь. И все же все атаки африканской армии в тот день были отбиты. На следующий день саперы мятежников взорвали ворота Тринидад («Троицкие» по-испански) и при поддержке пяти легких танков густыми цепями пошли на штурм. Пулеметным огнем защитников в первые 20 секунд было уничтожено 127 нападавших. Только в 4 часа дня мятежники прорвались в город, где завязались ожесточенные уличные бои. Последним очагом сопротивления стал собор, где еще целые сутки держалось полсотни республиканцев. Некоторые из них были потом расстреляны прямо перед алтарем.

После захвата Бадахоса в нем началась дикая резня, невиданная в Европе со времен средневековья. О ней стало известно только благодаря присутствию в городе французских, американских и португальских корреспондентов. Два дня мостовая площади перед комендатурой была залита кровью казненных. Массовые убийства происходили и на арене для боя быков. Американский журналист Джо Аллен писал, что после ночных расстрелов из пулемета арена походила на глубокую кровавую лужу. У убитых отрезали половые органы и вырезали на груди кресты. Убить крестьянина на жаргоне мятежников означало «дать аграрную реформу». Всего по разным данным бойня в Бадахосе унесла жизни 2000–4000 человек. И это при том, что мятежники освободили из тюрем города целыми и невредимыми 380 арестованных врагов республики.

Пропаганда путчистов сначала вообще отрицала какие-либо «эксцессы» в Бадахосе. Но присутствие иностранных корреспондентов сделало запирательство невозможным. Тогда Ягуэ публично заявил, что не хотел брать с собой в Мадрид тысячи «красных», которых еще надо кормить и не мог просто оставить их в Бадахосе, так как они снова сделали бы город «красным». В Бадахосе путчисты впервые вырезали целый госпиталь. Позднее все это будет повторяться еще не раз, но «бадахос» стал именем нарицательным, обозначающим зверские расправы с ни в чем не повинным мирным населением.

Резня в Бадахосе вовсе не была случайностью. С самого начала мятежа Франко ставил перед собой цель не просто взять власть в Испании, но и истребить при этом как можно больше политических противников, чтобы легче удержаться у власти. Когда один из корреспондентов 25 июля 1936 года сказал генералу, что для умиротворения Испании придется расстрелять половину ее населения, Франко ответил, что он достигнет своей цели любым путем.

К тому же массовые убийства и насилия над женщинами оказывали сильное деморализующее влияние на защитников республики. Кейпо де Льяно в своих выступлениях по радио с садистским наслаждением описывал (частью вымышленные) сексуальные похождения марокканцев с женами и сестрами убитых или арестованных сторонников республики.

Вообще следует отметить, что система террора мятежников (а это была именно придуманная и отработанная система) имела свои особенности в разных районах Испании. Особенно зверствовали путчисты в «красной» Андалусии, которая рассматривалась как захваченная в ходе военных действий территория противника.

Кейпо де Льяно еще 23 июля 1936 года ввел смертную казнь за участие в забастовках, а с 24 июля тоже самое наказание применялось ко всем «марксистам». 28 июля объявили о введении высшей меры для всех, кто прятал оружие. 19 августа «социальный генерал» Кейпо де Льяно распространил смертную казнь на тех, кто вывозил из Испании капитал. Между тем сам хозяин Андалусии обнаружил недюжинный коммерческий талант, наладив экспорт оливок, цитрусовых и вина. Часть получаемой таким образом валюты шла в кассу мятежников, а часть генерал оставлял себе.

Члены рабочих организаций еще долгое время были в Севилье фактически на положении дичи. В любой момент их могли арестовать и расстрелять без суда и следствия. Кейпо де Льяно советовал рабочим вступать в фалангу, издевательски именуя голубые форменные рубашки фалангистов «спасательными жилетами». Тюрьмы Севильи были переполнены и многих арестованных держали под охраной в школах или просто во дворах домов. Интересно, что чуть ли не самым большим преступлением считалось членство в масонской ложе. Странно, если учесть, что многие из офицеров-путчистов сами были масонами.

Начальником репрессивного аппарата у Кейпо де Льяно был садист и алкоголик полковник Диас Криадо. Он иногда дарил жизнь арестованным, если их жены, сестры или невесты удовлетворяли его буйные сексуальные фантазии.

В некоторых соседних с Севильей деревнях сразу же после путча сторонниками республики были взяты в качестве заложников священники, часть из них была расстреляна. После захвата таких деревень Кейпо де Льяно, как правило, казнил всех членов муниципалитета, даже если освобожденные священники просили его этого не делать, ссылаясь на хорошее обращение со стороны республиканцев.

В Кастилии с ее консервативным населением террор был более «точечным». Обычно в каждом населенном пункте собирался комитет в составе местного священника, помещика и командира гражданской гвардии. Если все трое считали кого-то виновным, это означало смертную казнь. При разногласиях наказание назначалось в виде тюремного заключения. Эти комитеты могли даже и «простить», но при этом «прощенный» должен был продемонстрировать свою лояльность новой власти, вступив добровольцем в войска мятежников или отдав туда своего сына. Но наряду с этим «упорядоченным террором» был и «дикий». Отряды фалангистов и карлистов по ночам убивали своих политических противников, оставляя трупы на обочинах дорог для всеобщего обозрения. «Фирменной меткой» фаланги был выстрел между глаз. Генерал Мола (более «мягкий», чем Франко) даже вынужден был издать приказ властям Вальядолида проводить казни в скрытых от посторонних глаз местах и быстро хоронить трупы.

Зверства мятежников заставляли задуматься даже тех консервативных политиков и мыслителей, кто не любил ни левых, ни Народный фронт. Одним из таких был Мигель де Унамуно, представитель «поколения 1898», разочаровавшийся в республике. Путч застал его на посту ректора университета в захваченной мятежниками Саламанке. 12 октября в университете торжественно отмечался так называемый День расы (дата открытия Колумбом Америки, положившего начало распространению испанского языка и культуры в Новом Свете). Присутствовала и супруга Франко донья Кармен. Одним из выступавших был основатель Иностранного легиона генерал Мильян Астрай, сторонники которого постоянно прерывали речь своего идола, выкрикивая девиз легиона «Да здравствует смерть!». Унамуно не смог сдержаться и сказал, что военным надо не только побеждать, но и убеждать. В ответ Астрай набросился на ректора с кулаками, крича: «Смерть интеллигенции!». Только вмешательство жены Франко предотвратило самосуд. Но уже на следующий день Унамуно не пустили в его любимое кафе, а потом и сняли с поста ректора. В декабре 1936 года он ушел из жизни, покинутый всеми друзьями и знакомыми.