В приказе № 371 Верховного главнокомандующего от 22 июля 1945 года дана следующая оценка Военно-морскому флоту: «В Великой Отечественной войне советского народа против фашистской Германии Военно-Морской Флот нашего государства был верным помощником Красной Армии.

В период обороны и наступления Красной Армии наш флот надежно прикрывал фланги Красной Армии, упиравшиеся в море, наносил серьезные удары по торговому флоту и судоходству противника и обеспечил бесперебойное действие своих коммуникаций. Боевая деятельность советских моряков отличалась беззаветной стойкостью и мужеством, высокой боевой активностью и воинским мастерством. Моряки подводных лодок, надводных кораблей, морские летчики, артиллеристы и пехотинцы восприняли и развили все ценное из вековых традиций русского флота.

На Балтийском, Черном, Баренцевом морях, на Волге, Дунае и Днепре советские моряки за четыре года войны вписали новые страницы в книгу русской морской славы. Флот до конца выполнил свой долг перед Советской Родиной».

Советский Военно-морской флот в годы войны главным образом содействовал сухопутным войскам, а также действовал по защите своих баз и коммуникаций, нарушению морских перевозок врага, осуществлял высадку десантов. Морская авиация, подводные лодки и торпедные катера потопили свыше 1300 боевых кораблей и вспомогательных судов противника, флот сформировал и передал фронтам 42 бригады морской пехоты. За успешное выполнение задач Балтийский, Черноморский, Северный и Тихоокеанский флоты были награждены орденами Красного Знамени. 223 соединения частей и кораблей были награждены боевыми орденами, многие из них стали гвардейскими, удостоены почетных наименований. В ходе Великой Отечественной войны получило дальнейшее развитие советское военно-морское искусство. В совместных действиях армии и флота была выработана стойкая система подготовки и проведения десантных операций, решен вопрос о роли и месте морской пехоты. Опыт борьбы на коммуникациях способствовал достижению оперативного взаимодействия между разнородными силами флота. Получила дальнейшее развитие тактика использования различных классов кораблей и авиации флота. Правильные выводы сделала советская военная наука о возрастании роли в войне на море подводных лодок и авиации, которые превратились в главные ударные силы флота.

Что касается главкома ВМС адмирала Н. Г. Кузнецова, то его талант как флотоводца высветился именно в годы Великой Отечественной войны. Этот период стал периодом взлета, творческих и духовных сил, расцвета организаторских способностей легендарного адмирала.

В предвоенный период СССР принял ряд мер по укреплению своих западных границ. Военно-морской флот получил возможность базировать свои корабли на Таллин, Либаву и другие незамерзающие порты. На островах Эзель и Даго началось строительство аэродромов и боевых батарей. В 1940 году на арендованном у Финляндии полуострове Ханко создается военно-морская база. На островах Осмуссар и Хиума были оборудованы мощные батареи береговой обороны. Во взаимодействии с батареями на полуострове Ханко они надежно закрывали предполагаемому противнику вход в Финский залив.

В июне 1940 года Военный совет, штаб, политуправление и тыл Балтийского флота со многими службами и подразделениями отбыли на теплоходе «Сибирь» в Таллин. Кронштадт остался важной тыловой ремонтной и снабженческой базой флота. С этого времени началось интенсивное освоение новых районов Балтики. Но времени оставалось мало. Приближалась война.

19 июня 1941 года командир военно-морской базы в Либаве М. С. Клевенский получил приказ о переводе всех воинских частей на готовность номер два. 21 июня в 23 часа 40 минут на военно-морской базе была объявлена готовность номер один. Об этих приказах немедленно извещается командир 67-й стрелковой дивизии генерал Н. А. Дедаев.

22 июня в 4 часа утра гитлеровцы начали свое вторжение на СССР в районе Полангена (Паланга), а вражеская авиация стала бомбить аэродром в Либаве.

Противнику не удалось с ходу захватить Либаву, бойцы 67-й стрелковой дивизии и военно-морской базы отразили первый натиск врага. Тем не менее к исходу 25 июня фашисты, прорвались к судостроительному заводу «Тосмаре». Командир эсминца «Ленин» капитан-лейтенант Ю. М. Афанасьев принял единственно правильное решение — взорвать ремонтируемые подводные лодки и свой корабль. После этого моряки с боем прорвались в Таллин. Позднее командир эсминца Ю. М. Афанасьев был несправедливо обвинен в панике и расстрелян. После войны, спустя годы, восстановили доброе имя офицера, выполнившего свой долг перед Отечеством.

Благодаря героизму защитников Либавы молниеносной атаки у захватчиков не получилось, они понесли большие потери. Тем не менее город — военно-морская база — мог продержаться дольше. Нарком флота Н. Г. Кузнецов еще перед войной настаивал в Генеральном штабе о тесном взаимодействии сухопутных и морских частей, о едином командовании военно-морских баз и прибрежных городов. Однако в Генеральном штабе тогда одержало верх другое мнение.

Уже после войны адмирал признал, что в Либаве следовало иметь военно-морскую базу лишь для временного базирования небольших сил. Ошибкой Наркомата ВМФ он считал развертывание в Либаве военно-морского училища противовоздушной обороны.

События развивались стремительно, немцы захватили Ригу и начали бои за Таллин — главную базу Балтийского флота. Таллинский порт был расположен в Финском заливе и недостаточно защищен от противника, рейд не был оборудован добротными бонами и сетями.

Н. Г. Кузнецов незадолго до боевых действий в Прибалтике предусмотрительно увел из Таллина в Кронштадт линкор «Марат». Из Либавы в Усть-Двинск перешел отряд легких сил. В июле 1941 года, когда уже шла война, с большим риском из Таллина был перебазирован еще один линкор «Октябрьская революция». Из Таллина было вывезено около 15 тысяч тонн технического имущества, в том числе базовые запасы эскадренных миноносцев, аккумуляторные батареи для подводных лодок: баббит, листовая и сортовая сталь, цветные металлы, электрооборудование, кабели, провода и другие материальные ценности. Эти запасы позволили осуществлять ремонт кораблей флота в течение двух лет блокады в Ленинграде.

Угроза захвата главной военно-морской базы — Таллина требовала принятия неотложных мер в организации обороны.

Первое, что предпринял нарком флота Н. Г. Кузнецов, поддержал мнение руководства Балтийского флота о местопребывании флагманского командного пункта Военного совета (ФКП) в Таллине. Военный совет со штабом флота мог организовать и возглавить оборону города и военно-морской базы.

Во время доклада в Ставке адмирал Н. Г. Кузнецов внес вопрос о нахождении флагманского командного пункта Военного совета на военно-морской базе. На что И. В. Сталин отметил: «Таллин нужно оборонять всеми силами», а это высказывание вождя было принято военными как одобрение решения наркома флота.

Оборона Таллина проходила в невыгодных для моряков условиях. Мощный каток немецкой армии еще не потерял своей наступательной силы. 10-й стрелковый корпус 8-й армии отступил к Таллину в последний момент. Командованию флота вместе с моряками и гражданским населением города удалось создать три мощных оборонительных рубежа. Достаточно сказать, что главная оборонительная полоса включала в себя 39 километров противотанковых рвов, 10 тысяч бетонных, пять тысяч металлических и шесть тысяч деревянных надолбов, 60 километров проволочных заграждений, орудийно-пулеметные доты. Враг мечтал овладеть городом еще в июле, но в упорных боях был остановлен. Гитлеровцам пришлось в спешном порядке перебрасывать под Таллин дополнительные части и артиллерию.