28 сентября нарком обороны утвердил представленный план операции против Эстонии, указав, что войскам следует избегать разрушения железнодорожных мостов. В тот же день командующий ЛBO командарм 2-го ранга К.А. Мерецков приказал к утру 29 сентября привести КБФ в полную боевую готовность, для того чтобы, получив приказ, нанести удар по военно-морским базам Эстонии, захватить ее флот, не допустив его ухода в нейтральные воды Финляндии и Швеции, поддержать артиллерийским огнем сухопутные войска на побережье и иметь в виду высадку десанта по особому приказу. В случае выступления Латвии следовало захватить и ее флот.

Таким образом, для вторжения в Эстонию к началу октября было сосредоточено 15 стрелковых, 2 кавалерийские дивизии, 7 танковых и 1 стрелково-пулеметная бригада, в которых насчитывалось более 300 тысяч бойцов и командиров, 2760 орудий, 2077 танков, 243 бронеавтомобиля. Красная Армия собиралась войти в Эстонию, независимо отрешения, принятого ее правительством.

Со своей стороны, эстонская армия под видом осенних маневров также провела ряд мероприятий на случай войны, а на Кингисеппском и Псковском направлениях, как докладывал Ворошилову начальник пограничных войск НКВД И.И. Масленников, «установила орудия в направлении СССР». Сухопутные силы Эстонии имели под ружьем 14 тысяч человек. Телеграмма главнокомандующего вооруженными силами в случае советского нападения требовала действовать в соответствии с планом прикрытия, «инициативно и смело, выполняя всем нам известную задачу — каждому на своем фронте защищать свою землю, государство и народ… Мы войны не начнем, но если противник вторгнется на нашу территорию, тогда — смело навстречу ему».

26 сентября в Таллине, с целью обсуждения советских предложений, состоялось совместное заседание комиссий по иностранным и военным делам Государственной думы и Государственного совета. Всем присутствовавшим было ясно, что предложение Москвы является ультиматумом, непринятие которого приведет к военному конфликту, а навязываемый Эстонии договор — не что иное, как форма протектората. Было очевидным и то, что после разгрома Польши и начала войны в Европе реальной помощи ждать неоткуда. Главнокомандующий вооруженными силами генерал Йохан Лайдонер прямо заявил, что в столкновении с Советским Союзом поражение и гибель государства неизбежны: «Кроме всего прочего, трудно начинать войну, когда тебе предлагают договор о помощи. Это было бы пропагандистским поводом для России, воздействие которого нетрудно представить. Мы в таком положении, что нам очень трудно оказать сопротивление. Нас ставят в такое положение, что мы должны сделать первый выстрел». Оказавшись перед небогатым выбором: договор или война, эстонское руководство единогласно решило подписать соглашение, дабы сохранить «физическое существование нации». Общее мнение выразил член Госсовета И. Пухк: «Мы попытаемся сохранить свой народ, так как если Россия явится сюда, то всех нас вывезут на ее территорию. Договор России с нами сейчас — лишь начало, он может быть распространен на Финляндию и другие страны. По крайней мере, можно ожидать этого. Постараемся заключить только хороший договор, насколько это возможно».

27 сентября эстонская делегация во главе с Сельтером вновь вылетела в Москву, где приземлилась одновременно с самолетом Риббентропа. Почти сразу по прибытии эстонцев, чтобы не терять зря время, пригласили в Кремль для продолжения переговоров.

Все предшествующие дни советская пресса продолжала раздувать психоз по поводу «иностранных подводных лодок, скрывающихся в Балтийском море», засекреченной диверсионной базы «где-то недалеко от берегов Эстонии» и многочисленных перископов, которые наблюдаются советскими кораблями. Наконец, 27 сентября в 20.00 ТАСС бабахнуло сообщение о торпедировании в 18.00 неизвестной субмариной парохода «Металлист» в Нарвском заливе, 15 членов экипажа удалось спасти, пятеро пропали без вести. Несомненная провокация была разыграна как по нотам (Согласно показаниям эстонских пограничников, они наблюдали с берега сопровождаемое советскими эсминцами гражданское судно спустя 40 минут после его «утонутия». По некоторым данным, героиней этой «оперы» была подводная лодка Щ-303 «Ёрш»). Уже в 20.30 Молотов огорошил едва усевшуюся за стол переговоров эстонскую делегацию «плохими вестями»: в Лужской бухте торчат черт знает чьи перископы, потоплен советский пароход, погибли члены команды, «общая картина» изменилась, а безопасность Советского Союза требует уже не только размещения на территории Эстонии морских и воздушных баз, но и права «в течение нынешней войны в Европе держать в разных ее местах 35 000 человек пехоты, кавалерии и авиации», то есть армию, по численности почти вдвое превосходящую эстонские вооруженные силы. Таким способом Красная Армия предотвратит втягивание Эстонии и Советского Союза в войну и обеспечит «внутренний порядок» в Эстонии.

Ошарашенный Сельтер заявил, что новое советское предложение означает не договор о военном сотрудничестве, а фактическую оккупацию и потому совершенно неприемлемо. Тогда по предложению Молотова в переговорах принял участие Сталин. Генсек разъяснил тугодумным эстонцам привычным языком, что крупный советский контингент нужен для их же блага: гнездящиеся в стране реакционные международные силы и «плохие деятели», недовольные заключенным с СССР договором, могут устроить «распри и диверсии», а при наличии сильного соединения Красной Армии «никто не осмелится предпринять подобное». К тому же это временная мера, после того «как минует война», мы свои войска выведем. Однако делегация, готовая обсуждать вопрос о численности советского персонала, категорически отвергла тезис о том, что чужие солдаты будут обеспечивать в Эстонии внутренний порядок. Спор зашел в тупик, и совещание было прервано.

Параллельно с выкручиванием рук эстонцам в Москве вечером 27 сентября проходили переговоры с Германией, на которых были затронуты и прибалтийские проблемы. Риббентроп, уже будучи в курсе советских предложений Эстонии и полагая, что это «следует понимать как первый шаг для реализации прибалтийского вопроса», просил советское правительство сообщить, «как и когда оно собирается решить весь комплекс этих вопросов». Выслушав заявление Сталина о намерении создать военные базы в Эстонии «под прикрытием договора о взаимной помощи», Риббентроп поинтересовался, «предполагает ли тем самым Советское правительство осуществить медленное проникновение в Эстонию, а возможно, и в Латвию». Сталин ответил положительно. Латвии Советское правительство намерено сделать аналогичные предложения о заключении пакта. Если же Латвия не проникнется в полной мере необходимостью обеспечить безопасность СССР, то Красная Армия с ней расправится в самые короткие сроки.

Что касается Литвы, то в случае подписания соглашения с Германией об обмене территориями Советский Союз незамедлительно предпримет «особые меры для охраны своих интересов» (Вопрос был поставлен весьма своевременно, поскольку в Берлине еще 20 сентября был подготовлен проект секретного договора о защите Литвы германскими войсками. В документе говорилось, что Литва при сохранении своей государственной независимости становится «под охрану» Третьего Рейха. А 25 сентября Гитлер подписал директиву № 4, согласно которой следовало «держать в Восточной Пруссии наготове силы, достаточные для того, чтобы захватить Литву, даже в случае ее вооруженного сопротивления»).