30 апреля Гитлер покончил жизнь самоубийством, и на «Остпройссене» поняли, что наступил конец. Свой страх они пытались заглушить алкоголем, поглощая запасы, некогда реквизированные Кохом. Но даже в этом состоянии нацистов не покидало предчувствие грядущего возмездия. Свою партийную униформу они выбросили за борт и облачились в гражданскую одежду. Несколько офицеров «СС» и партийных чиновников переоделись в форму солдат вермахта.

В Копенгагене они пробыли недолго: здесь активизировалось движение сопротивления. 7 мая «Остпройссен» прибыл в Фленсбург. В этом городе теперь находилось правительство рухнувшего германского рейха. Дёниц стал преемником Гитлера и оборудовал свой штаб в местном порту. Альберт Шпеер пишет в своих мемуарах, что адмирал категорически отказался бежать или перенести штаб в Прагу, как предлагал Гиммлер. Он хотел при любых обстоятельствах продолжить свою деятельность на территории Германии.

Отказ Дёница подчиниться службам «СС» совсем не понравился Коху. Прибыв в Фленсбург, он сразу пошел к Дёницу и потребовал подводную лодку, чтобы отправиться в Южную Америку. Гросс-адмирал отказал ему, и Кох исчез. Он перевоплотился в отставного майора Рольфа Бергера и всплыл на поверхность лишь через несколько лет. В 1949 году его опознал английский офицер. Коха арестовали во дворе одного из крестьянских хозяйств, где он работал на полях. В его кармане обнаружили ампулу с цианистым калием. Такие ампулы в конце войны получили высшие чины нацистов, а некоторые, в том числе Гиммлер и Геринг, воспользовались ими. Кох не стал глотать свою ампулу.

Русские и поляки требовали выдачи Коха. Русские обвиняли его в массовых убийствах на Украине. В период с сентября 1941 года, когда Кох стал комиссаром по делам Украины, до мая 1943 года, когда он бежал от наступавшей русской армии, в одном только Киеве было убито 195 000 человек. Тысячи советских граждан Кох депортировал на принудительные работы под Ровно, где находилась его штаб-квартира. 102 000 человек, в том числе множество евреев — Кох был ярым антисемитом, — были уничтожены газом в автомобилях-»душегубках».

Русские объявили его «военным преступником № 1 на Украине». — Когда Кох предстал в ноябре 1949 года перед английским судом, то выяснилось, что против его жестокостей выступали в свое время даже высокие партийные чины нацистской Германии.

Обвинение представило письмо министра рейха по делам оккупированных восточных земель Альфреда Розенберга, адресованное Гиммлеру. В нем он жаловался на деятельность Коха на Украине и обвинял его в убийстве более 200 мелких землевладельцев. Кох ликвидировал их, чтобы расширить свои охотничьи угодья за счет их земель.

Кроме того, своими действиями он способствовал поражению Германии на востоке. Поначалу немецкие войска на Украине воспринимались как освободители от ненавистного советского режима, их встречали с цветами. Если бы немцы использовали эти симпатии — вели бы себя великодушно по отношению к украинцам и уважали их независимость, то результатом мог стать крах Советского Союза. Но Кох и его товарищи проявили себя еще большими варварами, чем коммунисты, в итоге уникальный шанс ускользнул из их окровавленных рук. Это особенно рассердило такого дальновидного человека, как генерал-майор Райнхард Гелен, который являлся тогда начальником Отдела по иностранным формированиям на востоке и пытался освободить русский народ от коммунизма.

В связи с тем, что выдача военных преступников Советскому Союзу была ограничена временными рамками, Коха передали Польше, которая по невыясненным причинам устроила суд над ним только через восемь лет. Он был обвинен в убийстве 72 000 поляков, в том числе 10 000 детей и более 20000 евреев. В 1958 году, когда начался этот процесс, Кох был явно психически нездоров. Специальный корреспондент газеты «Дейли телеграф» так описал сцену суда:

«Бывший гауляйтер, который должен был предстать на Нюрнбергском процессе вместе с другими нацистскими предводителями, если бы не скрылся от правосудия на три с половиной года, действительно имел жалкий вид. В зал суда его, волочащего ноги, внесли два милиционера. Во время судебного разбирательства он сидел с отрешенным видом. Медсестра и два врача неотлучно находились рядом с ним».

Несмотря на болезнь, Кох полностью сохранил волю к жизни. Он защищал себя каждый раз, когда ему предоставлялась такая возможность, и в ряде случаев даже возражал обвинителю. Он требовал отменить процесс, чтобы пройти медицинское освидетельствование по причине плохого состояния здоровья, которое объяснял плохим обращением. Обвинение в симуляции он энергично отвергал. Он заявил, что его жизнь стала невыносимой после перевода из тюремного госпиталя в варшавскую тюрьму, где над ним стали измываться уголовники. Дважды его даже изнасиловали. «Избавьте меня от этого ада, переведите в больницу, чтобы я мог вылечиться настолько, чтобы ответить перед польским народом за предъявленные обвинёния. Ведь я всегда уважал поляков и учил других уважать польский народ», — с пафосом кричал он.

Прокурор Смоленский быстро закончил разбирательство и заявил, что жалоба такого рода, с которой обращается Кох, не подлежит рассмотрению. От уголовников, как, впрочем, и от других сокамерников, он терпел неудобства наравне со всеми другими подсудимыми. Он уверен, что требования Коха не более чем хитрый трюк, чтобы до бесконечности затягивать разбирательство.

Процесс шел своим чередом, и Кох набрался наглости выступить со следующим утверждением: «Лишь сегодня я узнал из обвинительного акта об ужасах, которые творились в Польше. Как немец, хотел бы выразить глубочайшее сожаление и свое отвращение к подобным выходкам. Я глубоко потрясен тем, что здесь было зачитано. Я стою здесь перед судом и перед польским народом как один из тех, кто несет ответственность за истинных виновников. Сам я невиновен. Вина лежит на тех, кто сегодня находится на свободе. Я был послан сюда теми, кому мог быть опасен в Германии».

Он утверждал, что давно уже является социалистом и сыграл ведущую роль при заключении пакта между Сталиным и Гитлером в 1939 году. В партии его называли «Красное знамя». Гитлер якобы сказал ему: «Вы никогда не были моим другом, но думаю, что вы останетесь верным данной присяге. Вас считают радикальным социалистом». Затем Кох заявил, что англичане передали его Польше, желая отомстить одному из капиталистических концернов, поскольку он реформировал перед войной восточно-прусскую экономику, а в Германии положил конец монополии английской фирмы по производству маргарина.

Его заявления, явно нацеленные на то, чтобы понравиться марксистским судьям, были восприняты ими с недоверчивой улыбкой. Кох рассказывал о своем «пролетарском» происхождении, о своих связях с «папашей Шмитцем», шахтером и одним из уважаемых социал-демократов, который, как сказал Кох, открыл ему глаза на значение Маркса, Энгельса, Лассаля и Бебеля. Все эти имена он произносил с чувством глубокого благоговения. Поэтому, утверждал Кох, в принципе он сам является коммунистом. Кох заявил суду, что его надо не просто оправдать, а признать, что он сделал все возможное, чтобы избежать в подчиненных ему польских губерниях самых пагубных немецких прегрешений. У него хватило наглости изобразить себя «единственным», кто боролся против политики Гиммлера, направленной на депортацию и уничтожение поляков.