Котляр пытался спасти руководителей своего профсоюза, призывая их защищать друг друга. Он быстро понял, что продиктованное страхом стремление спасти себя, демонстрируя «преданность», обвиняя других, только способствует усилению репрессий. Он старался защитить и руководство своего профсоюза. На VI пленуме ВЦСПС в апреле 1937 года он предпринимал осторожные попытки сдержать кампанию по критике и самокритике, заявлял, что она порочит репутацию руководителей в глазах членов профсоюзов. Быстро уловив связь между кампанией за демократию и арестами, он пытался умерить неистовство взаимных обвинений и оскорблений. Шверник решительно противостоял его усилиям, но Котляра это не остановило. Позже, в том же месяце он снова выступил на конференции Московского областного комитета профсоюза. Однако совершил серьезную ошибку, похвалив главу Ленинградского обкома профсоюза Никитина. Тем летом было арестовано почти все руководство Ленинградского обкома профсоюза. Котляр публично защищал Никитина в попытке не допустить его ареста. Однако через нескольких недель тот также попал в тюрьму. Котляр пытался сдерживать рабочих, которые угрожали руководящим работникам, выдвигая против них открытые обвинения. Аресты на Высших курсах советского строительства начались с обвинения руководителя профсоюзного комитета курсов — пожилой ткачихи, которая требовала уволить директора школы Игнатова. Котляр немедленно вступился за Игнатова, предложил Логиновой оставить курсы и перейти на другую работу Она отказалась, а Котляра обвинили в «попытке помочь врагу народа избавиться от своих разоблачителей».

В конечном счете, руководители Московского областного комитета профсоюза, стремясь сохранить свою репутацию, сделали из Котляра козла отпущения. Отбиваясь от града нападок за допущение «врагов» в профсоюзах, они обвинили Котляра в том, что он позволил «врагам» процветать в Ленинграде. В сентябре Московское областное руководство провело конференцию, которая окончательно погубила Котляра. Поняв, что его будущее поставлено на карту, Котляр произнес осторожную речь, пронизанную лозунгами о профсоюзной демократии. Он извинился за то, что не обнаружил врагов в Ленинградском руководстве и за то, что защищал Никитина. «Нам не удалось разоблачить его, — смиренно произнес он, — это моя вина». И все же Котляр не стал открыто осуждать других или обвинять в профсоюзных проблемах «врагов». Скорее он осудил недостаточное внимание профсоюза к вопросам охраны тайны в госучреждениях, отмечая, что члены профсоюза в госучреждениях небрежно хранили секретные документы — в коробках вместе со своими завтраками, одеждой и личными письмами, документы были разбросаны по помещениям. «В ряде организаций было обнаружено, что люди выносили телефоны, портфели, ряд секретнейших материалов, и никто на это не реагировал, считали это обычным делом».

Московские руководители профсоюза не были заинтересованы в наведении порядка в хранении документов в учреждениях. Они жаждали крови. Извинения и предложения Котляра мало значили. Председатель Московского областного комитета профсоюза Марголин первым пошел в атаку. Он обвинил Котляра в том, что тот допустил грубейшую политическую ошибку, пытаясь защищать «врагов народа» в Ленинградской организации. Он критиковал Котляра за то, что тот, сосредоточив внимание на халатности, «проглядел обер-шпиона Эйдемана» в Осоавиахиме. «Я считаю, что конференция сама должна сделать для себя из этого практические выводы», — заявил он. После окончания четырехдневной конференции делегаты осудили Котляра за «восхваление Ленинградского обкома профсоюза», в котором работали враги народа, и приняли решение «довести до сведения ВЦСПС об этом выступлении Котляра». Вскоре Шверник получил текст речи с просьбой Марголина «принять соответствующие меры».

Через два дня после окончания конференции Котляр обратился с настоятельной просьбой положить конец обвинениям, которые способствовали распространению террора в профсоюзе. Теперь уже он сражался за свою жизнь. На конференции Московского областного комитета он упрашивал своих товарищей по работе образумиться, прекратить обвинения и осуждения. Он сказал: «Безответственность и разбрасывание обвинений подорвало авторитет среди нас. В результате у нас плохие отношения. В профсоюзе мы обвиняли друг друга крепкими словами и продолжаем плевать друг на друга. Сейчас в каждом учреждении проходят дискуссии, в которых люди обвиняются по каждому вопросу Там говорят: “Вы формалист, у вас формальный подход”. А у нас нет других слов, кроме “оппортунист”, “тред-юнионист”, “антигосударственный поступок”. Почему?» Осторожно, пытаясь не ставить по сомнение целесообразность охоты на «врагов» или кампании за профсоюзную демократию, он просил пленум прекратить бросаться обвинениями и тем самым подвергать друг друга опасности ареста. «Мы расшатаны все и не закреплены с точки зрения уважения друг к другу и взаимопонимания. Это продукт собственных отношений, которые мы сами по своей вине создали». Котляр понимал, что своими страхами его товарищи подогревают террор. Но его обращение не нашло отклика. Стенограмма его речи была также направлена в ВЦСПС как доказательство его симпатии к «врагам».

В конце сентября председатель Московского областного комитета профсоюзов Марголин и еще один член профсоюзного комитета направили заявление в ВЦСПС, в котором злостно описывали все ошибки, допущенные Котляром. Констатируя, что «его выступление как политически вредное, не является случайной ошибкой», они требовали «серьезной проверки» Центрального Комитета и особенно Котляра. Используя для формулировки своих обвинений фразеологию кампании за профсоюзную демократию, они обвиняли и руководство профсоюза в том, что в аппарате ЦК Союза «царит подхалимство и круговая порука». ВЦСПС проигнорировал это послание, рискуя быть обвиненным в «защите врага». В течение недели руководство ВЦСПС приняло решение снять Котляра. с поста председателя ЦК Союза. Вскоре после этого он был арестован.

Котляр был выведен из строя не по приказу Сталина, НКВД или партии, а руководителями своего профсоюза. Охваченные страхом, члены Московского областного комитета и председательница местного профсоюзного комитета активно добивались его увольнения и ареста. Они писали в ВЦСПС, настаивали на проверке, направили «доказательства преступлений» Котляра и многократно подчеркивали его связи с людьми, которых уже арестовали. Иными словами, эти люди стремились продемонстрировать свою безусловную преданность, усердно стараясь найти кого-нибудь еще, чтобы уничтожить.

Котляр пытался не дать хода критике снизу, поскольку понимал, что это может привести к дальнейшим арестам. Он осознал быстрее других, что каждый арестованный отбрасывает смертельно опасную тень на свой круг друзей, коллег и знакомых, и которые в свою очередь становились подозреваемыми, если арестованный отказывался «разоблачить» их как «врагов». Отказ распознать и изобличить «врага» до ареста становился основанием для подозрений. Коллеги, друзья и родственники жертвы были поставлены перед выбором: скрыть свои связи с жертвой или сообщить о взаимоотношениях. Те, кто хранили молчание, подлежали исключению из партии, увольнению и аресту за «сокрытие вражеских связей». Те, кто сообщали о своих связях с жертвой, подлежали проверке, расследованию и дальнейшему обвинению. Это был зловещий выбор, и ни члены партии, ни кто-либо другой не боролись с этим.