Папа долго обносил своего воспитанника горькой чашей власти, как будто "забыв" о его праве на имперский престол. Из двух одновременно избранных в Германии королей (1198) Иннокентий поддержал Оттона IV Вельфа — ведь тот поклялся уважать папские привилегии. Когда его соперник Филипп II Швабский был убит, папа короновал Оттона венцем императора (1209). На следующий год Оттон нарушил клятву, и папа отлучил его от церкви. Под влиянием папского золота германские князья низложили Отгона и избрали королем Фридриха (1212).

В 18 лет "апулийский мальчик" должен был покинуть любезную ему Сицилию и двинуться в полудикие, известные жестокими нравами северные земли. Даже на серебряной карте их полупустынные пространства были больше густонаселенного и цивилизованного Средиземноморья. Заплетающимися шагами император побрел по залу к Франкфурту: там, в присутствии послов французского короля Филиппа II Августа и на деньги, занятые Фридрихом под залог драгоценных сицилийских земель у генуэзцев, германские князья торжественно избрали его "римским королем".

Коронованный в Майнце, он с легким сердцем поспешил в тёплые края, домой, по дорогам, забитым толпами детей, направленных фанатиками в крестовый поход. Лишь часть этих несчастных Фридрих смог завернуть с дороги в Италию назад, в Германию. На этом бы его немецкие дела и кончились, но низложенный император Оттон Вельф бросился мстить за обиду французскому королю, отнимавшему последние владения у любезного сердцу папы английского короля Иоанна I Безземельного (непутёвого брата Ричарда Львиное Сердце). Разбитый при Бувине, Отгон бежал, потеряв и золотой императорский штандарт, и свой престиж в Германии. Фридриха снова извлекли с Сицилии и теперь уже по настоящему короновали в Аахене (1215).

В Риме Иннокентий III ликовал. Его воспитанник, к тому же вассал по королевству Сицилии и Южной Италии, возглавил могущественную и прираставшую завоеваниями Германию. К великому горю Фридриха, ему пришлось несколько лет жить на севере, а центром мира стал Рим. После коронации "апулийского мальчика" на Вселенском соборе в Латеранском дворце в Риме папа Иннокентий пережил свой звездный час: все его постановления были утверждены как незыблемые" а всем ненавистным ему еретикам объявлена война (1215).

Крестоносцы графа Симона де Монфора заливали кровью альбигойский Прованс, на Луаре благословлённые папой рыцари резали вальнедсов, в Ломбардии — гумилатов, на Балканах — богомилов. Расследование (inquisitio) преступных стремлений еретиков жить по евангельским заповедям взял на себя орден 4 псов Господних" (Domini canes), утвержденный в правах в 1216 г. уже новым папой Гонорием III (1216–1227).

Еретиков Фридрих не жалел: католики пытали и жгли на кострах своих же христиан, не трогая иноверных ученых из университета в Палермо. А папа-воспитатель убедительно доказал ему, что ересь в соответствии с римским правом тождественна оскорблению высшей власти ("оскорблению величества") и посему подлежит наказанию государственному. Поскольку же ересь — чума души, смертельный враг лучшего, что есть в человеке, ее надлежит истреблять, как заразу — сожжением на костре. Во исполнение постановлений Латеранского собора Фридрих утвердил имперским законом суд инквизиции и сожжение еретиков светской властью (1224).

Но прежде чем проводить по всей империи свои законы, Фридрих должен был покинуть ненавистный север и венчаться императорским венцом в Риме (1220), поклявшись соблюдать и расширять папский сюзеренитет (верховную власть) над Сицилией, Южной и Центральной Италией, а также не позднее, чем через год, отправиться в крестовый поход. Эту тяжкую ношу он нести очень не хотел.

Объединив отцовское германское наследство с материнским сицилийским, Фридрих вернулся в Палермо и зажил счастливо. Напрасно старый и больной папа Гонорий твердил про крестовый поход. У императора было полно мирных дел. Он продолжал обустраивать Сицилию, добавив к наемной армии сильный флот для защиты самого острова и южного берега Италии от пиратов. В Германии он укрепил своё влияние, щедро раздавая светским и духовным князьям административные и судебные права и раздаривая огромный фонд имперских земель. В глазах Фридриха северные владения Штауфенов не имели ценности. Его заботил лишь порядок, а его обеспечивали князья на местах. Когда рейнские города возмечтали о правах вольных коммун, как вольные города будущего Ганзейского союза, Фридрих издал указ, запретивший городам добиваться свободы or сеньоров и грозивший ослушникам суровой карой (1232).

Оторвав взор от постылого севера, император решительно зашагал по карте на юг, где на стыке Африки и Азии ал-Идриси крупно высек слово: Иерусалим. Фридрих всегда знал, зачем папа толкает его в крестовый поход. Гораздо ближе, посредине Италии, лежала вздувшаяся раковой опухолью Папская область, границы которой угрожающе наползали на королевский Юг и отрезали его от искони мятежного Севера. Там, на севере Италии, бившие еще его дедушку Фридриха Барбороссу Ломбардские города готовы были восстать, как только имперские рыцари уйдут на долгую и кровавую войну за Святую землю.

Лишь под угрозой отлучения от церкви Фридрих обещал выступить в поход (1225) и тут же женился на Изабелле, дочери обиженного папой иерусалимского короля Жана. Видя, что имперские рыцари уже пришивают к своим плащам крест, Ломбардия вооружилась. Крестоносцы готовы были двинуться вместо Святой земли на Северную Италию, но новый папа Григорий IX (1227–1241) пресек усобицу. 80-летний племянник Иннокентия III хорошо подшутил и над избравшими его для "краткого понтификата" кардиналами, и над уповавшим на его немощь императором. Когда Фридрих отплыл в крестовый поход с подошвы "италийского сапога", из Бриндизи, чтобы несколько дней спустя вернуться назад "по болезни", папа решительно отлучил императора от церкви (1227).

Поход на Иерусалим становился неотвратимым. Изгнанный приверженцами императора из Рима старик-пана был тверд, как кремень, и не снимал проклятие с Фридриха. Но так ли необходимо было воевать? Шагая по серебряной карте к Иерусалиму, Фридрих с удовольствием вспоминал, как использовал свои связи среди мусульман, чтобы договориться с одними, подкупить других и без боя войти в Иерусалим. Шестой крестовый поход (1228–1229) был начат им законно, когда истек срок перемирия с Египтом и завершен мирным договором с султаном, благодаря которому Иерусалим остался в руках христиан (до 1244). Вернее — в руках венчанного на Иерусалимский престол Фридриха (1229–1239).

Такого Италия не ожидала. Папа был в ужасе: Святая земля была освобождена, главной цели крестоносного дела больше не существовало! Напрасно Григорий IX вопиял, что император — пират и нечестивец, замаравший себя сделкой с "неверными", напрасно подверг интердикту (запрету совершать богослужение) освобожденную Святую землю. Высадившись в Италии, Фридрих молниеносно разгромил войска папы, уже тихой сапой подобравшиеся к Неаполю, а затем и его Ломбардских союзников. Папа признал власть императора в Италии, а Фридрих не тронул раковую опухоль в центре полуострова — Папское государство (1230).

Золотые годы мира пролетели на Сицилии, как это водится, незаметно. Посланный править Германией сын Генрих забунтовал, но князья не поддержали его, несмотря на золото папы (1235). Опаснее была возобновленная с участием папы лига Ломбардских городов (1232), которым чуть было не последовали города на Рейне. Покинув милую Сицилию, император при поддержке немецких князей двинулся на Милан. Он разгромил горожан при Кортеново (1237) и осадил Брешию. Этот город на карте ал-Идриси Фридрих хотел пометить черным цветом. Граждане стояли насмерть, и, потеряв немало рыцарей, император отступил.