К середине июля партизанские отряды, теснимые белоказачьей армией атамана А. И. Дутова, отступили в Белорецк. Здесь на совещании командиров 16 июля было принято решение объединить силы в сводный Уральский отряд и пробиваться через Верхнеуральск, Миасс, Екатеринбург навстречу войскам Восточного фронта. Командующим был избран Каширин, его заместителем – Блюхер. Выступив в поход 18 июля, отряд за 8 дней с ожесточёнными боями дошёл до района Верхнеуральск – Юрюзань, но из-за недостатка сил (4700 штыков, 1400 сабель, 13 орудий) был вынужден вернуться в исходный район. 2 августа раненого Каширина сменил Блюхер. Он реорганизовал отряды в полки, батальоны и роты и предложил новый план похода: через Петровский, Богоявленский и Архангельский заводы на Красноуфимск, чтобы можно было опереться на рабочих, получить пополнения и продовольствие. Начав поход 5 августа, отряд к 13 августа с боями преодолел Уральский хребет в районе Богоявленска (ныне Красноусольск), присоединил Богоявленский партизанский отряд М. В. Калмыкова (2 тыс. чел.), а затем Архангельский отряд В. Л. Дамберга (1300 чел.) и другие силы. Отряд вырос в армию, имевшую в своём составе 6 стрелковых, 2 кавалерийских полка, артиллерийский дивизион и др. подразделения (всего 10,5 тыс. штыков и сабель, 18 орудий), с железной воинской дисциплиной.

20 августа армия разбила в районе Зимино белогвардейские части. 27 августа форсировала с боями реку Симу, заняла станцию Иглино (12 км восточнее Уфы) и, разрушив участок железной дороги Уфа – Челябинск, на 5 дней прервала сообщение белых с Сибирью. К 10 сентября, нанеся новые поражения врагу на реке Уфе у села Красный Яр и др., армия вышла в район Аскино, у села Тюйно-Озёрская прорвала кольцо окружения и 12–14 сентября соединилась с передовыми частями 3-й армии Восточного фронта. Спустя 10 дней армия прибыла в Кунгур, где её основная масса влилась в 4-ю Уральскую (с 11 ноября – 30-ю) стрелковую дивизию.

В течение 54 дней армия Блюхера прошла свыше 1500 км по горам, лесам и болотам, провела более 20 боев, разгромила 7 вражеских полков. Дезорганизовав тыл белогвардейцев и интервентов, она содействовала наступлению войск Восточного фронта осенью 1918 года. За успешное руководство героическим походом Блюхер первым среди советских военачальников был награждён орденом Красного Знамени.

В наградном листе ВЦИК от 28 сентября 1918 года говорилось: «Бывший сормовский рабочий, председатель Челябинского ревкома он, объединив под своим командованием несколько разрозненных красноармейских и партизанских отрядов, совершил с ними легендарный переход в полторы тысячи верст по Уралу, ведя ожесточенные бои с белогвардейцами. За этот беспримерный поход тов. Блюхер награждается высшей наградой РСФСР – орденом Красного Знамени под № 1». Хотя Блюхер был первым по времени награждённым орденом «Красное Знамя», сам орден, вручённый ему 11 мая 1919 года, имел номер 114. Дубликат ордена № 1 он получил лишь в 1937 году.

В 1918 году Блюхер командовал 30-й стрелковой дивизией в Сибири и дрался против войск А. В. Колчака.

С февраля 1919 года – командующий 3-ей армией.

Блюхер командовал Перекопской ударной группой, наносившей главный удар по армии Врангеля с каховского плацдарма. В боевых операциях войск Южного фронта по освобождению Крыма на долю Перекопской ударной группы выпала наиболее трудная задача: две ее бригады совместно с 15-й и 52-й дивизиями форсировали Сиваш и затем с Литовского полуострова наносили удар во фланг и тыл противнику, две другие штурмовали «неприступный» Турецкий вал с фронта. Блюхер и его бойцы стали героями штурма Перекопа и Ишуньских позиций.

В 1921 году назначен военным министром и Главкомом Народно-революционной армии Дальневосточной республики, провел её реорганизацию, укрепил дисциплину и одержал победу, взяв Волочаевский укрепленный район. Был награждён ещё четырьмя орденами Красного знамени.

Блюхер не считался с потерями ради выполнения задачи.

В 1922–1924 годах – комендант и военный комиссар Петроградского укрепрайона. Был назначен комендантом, как один из наиболее преданных делу революции (ещё свежа была память о Кронштадтском восстании, хотя сам Блюхер в подавлении восстания не участвовал).

В 1924–1927 годах Блюхер был главным военным советником Чан Кайши в Китае, участвовал в планировании Северного похода (пользовался псевдонимом «Зой Галин» в честь дочери Зои и жены Галины). Среди прочих под командованием Блюхера состоял молодой Линь Бяо. Под руководством Блюхера создавалась Национально-революционная армия Китая и разрабатывались планы важнейших операций Северного похода армии Гоминьдана.

В 1929 году, когда китайские националисты захватили Китайско-Восточную железную дорогу (КВЖД), было принято решение об объединении всех вооруженных сил, расположенных на Дальнем Востоке, в Особую Дальневосточную армию. Ее командующим назначили Блюхера, отлично знавшего Дальний Восток, эту должность он занимал до конца своей военной карьеры. Блюхер руководил разгромом китайских националистов во время советско-китайского конфликта 1929 года. Особое значение, по мнению адмирала Н. Г. Кузнецова, хорошо знавшего маршала, Блюхер придавал разведке и своевременному обнаружению противника. Впервые в военной истории СССР применил танки. За победу на КВЖД в мае 1930 года награждён орденом Красной Звезды за № 1. В 1931 году награждён орденом Ленина за № 48.

С 1934 года – член ЦК ВКП(б). В 1935 году стал одним из первых маршалов Советского Союза. Имел непосредственное отношение к развязыванию Большого террора в своей армии. В июне 1937 года Блюхер возглавлял военный трибунал по «делу военных», по которому проходили Тухачевский, Якир, Уборевич, Корк, Гамарник и др. В течение года в ходе последовавших за этим делом репрессий в РККА было арестовано всё окружение Блюхера на Дальнем Востоке. В начале 1938 года Блюхер поставил перед Сталиным вопрос о доверии к себе. Сталин заверил Блюхера, что полностью доверяет ему. Блюхер был награждён вторым орденом Ленина.

В июле – августе 1938 года произошел первый вооруженный конфликт на территории СССР – бои у озера Хасан. Блюхер осуществлял общее руководство военными действиями против японской армии в этом районе.

Ввиду обострения ситуации 6 июля Сталин направляет в Хабаровск своих эмиссаров: первого заместителя наркома внутренних дел, начальника ГУГБ Фриновского и заместителя наркома обороны – начальника политуправления РККА Мехлиса с задачей навести в войсках ДКФ «революционный порядок», повысить их боевую готовность и «в семидневный срок провести массовые оперативные мероприятия по изъятию противников Советской власти», а заодно церковников, сектантов, подозреваемых в шпионаже, проживавших на территории региона немцев, поляков, корейцев, финнов, эстонцев и т. д. Так как всю страну захлестнули волны «борьбы с врагами народа» и «шпионами», найти таковых эмиссарам предстояло и в штабах Дальневосточного фронта и Тихоокеанского флота (только среди руководящего состава ТОФ за 20 июльских дней в их списки «вражеских агентов и пособников» попали 66 человек). Не случайно Василий Блюхер после того, как 29 июля Фриновский, Мехлис и начальник политуправления ДКФ Мазепов побывали у него дома, в сердцах признался жене: «… приехали акулы, которые хотят меня сожрать, они меня сожрут или я их – не знаю. Второе маловероятно». Как показала жизнь, маршал не ошибался.