С немалыми трудностями и опасностями, переходя множество рек, болот, озер и холмов в страшной жаре и в окружении полчищ москитов, отряд Моралеса через несколько недель достиг противоположного берега перешейка. С помощью друзей Бальбоа среди местных вождей Моралес и его группа, в которой находился также Франсиско Писарро, с немалыми приключениями провели обследование жемчужных островов недалеко от западного побережья, где им пришлось провести несколько боевых схваток с местными жителями, но и удалось приобрести много жемчуга. Хотя все эти земли по королевскому указу относились к юрисдикции Бальбоа, Педрариас дал указание Моралесу вступить во владение ими и самого Южного моря от его собственного имени, что и было им проделано. Здесь же Моралес и его люди впервые услышали от одного из дружественных касике о том, что на юге находится большое и богатое золотом королевство под названием Виру или Пиру. Писарро поделился со своим молодым земляком из Эстрама-дуры де Сото своими надеждами когда-нибудь осуществить поход в эту богатую страну, о которой он собирал от индейцев сведения с тех пор, как три года назад услышал о ней во время первого похода к Южному морю вместе с Бальбоа.

Собрав большую добычу жемчуга и золота, Моралес принял решение вернуться с островов на берег континента, но при высадке обнаружил, что оставленный им здесь отряд за его отсутствие восстановил против себя своими бесчинствами местных индейцев, которые захватили около 10 испанцев в плен и продолжали нападать на их соотечественников. Теперь отряду Моралеса неожиданно пришлось выдержать нападение более тысячи индейцев, но преобладающее оружие европейцев в конечном счете одержало победу. Де Сото оказался в подразделении Писарро и проявил хорошие боевые качества во время схватки. С огромными трудностями в бесконечных боях с индейцами отряд Моралеса, потеряв половину людей, добрался до Санта-Марии, но смог привезти всю захваченную ценную добычу в сохранности. За смелость и храбрость в боях Моралес повысил Эрнандо де Сото до ранга капитана. Новому испанскому капитану исполнилось 17 лет.

Перед другой экспедицией Педрариас поставил задачу исследовать побережье перешейка и попытаться найти пролив в Южное море, который бы открыл испанцам доступ к богатствам Индии через Атлантику. Этот поход возглавил Гонсало де Бадахос, который вышел с отрядом в 150 человек из места, названного Номбре дэ Дьос, у самой узкой части перешейка Заместителем Бадахоса был назначен Эрнандо де Сото, которому благоволила вся семья губернатора, начиная с него самого. Исследование перешейка в направлении западного берега и в его землях под руководством Бадахоса превратилось в самый настоящий грабительский поход по вымогательству золота и жемчуга у местных жителей путем захвата в плен вождей племен и освобождения их под дорогой выкуп или насильственного обмена европейских побрякушек на драгоценности. Индейцы начинали в ряде случаев оказывать отряду ожесточенное сопротивление. Один из касике по имени Парис напал на мародеров Бадахоса с отрядом около 4000 воинов в его захваченной деревне и нанес ему сильное поражение. Хотя глава экспедиции смог едва унести ноги вместе с несколькими десятками людей, свыше половины испанцев погибли, а большая собранная добыча была брошена на поле битвы. Однако на последующей части пути домой Бадахосу все-таки удалось разгромить еще несколько деревень и набрать драгоценностей. В Дариен вместе с Бадахосом и де Сото вернулось только около 50 из 150 человек отряда.

Педрариас пришел в ярость от проявленной Бадахосом некомпетентности и обвинил его в потери богатой добычи драгоценностями и нескольких сот рабов. Желая во что бы то ни стало вернуть потери, он тут же назначил своего помощника Эспиносу организовать новый поход на территорию касике Париса, чтобы отобрать оставленную у него добычу и наказать его за разгром отряда Бадахоса.

Губернатор продолжал свое диктаторское управление колонией, вызывая много недовольства и жалоб, которые постепенно стали доходить до королевского двора. Сам Фердинанд не питал расположения к генералу, но прошлые военные заслуги Педрариаса и сильные семейные связи довольно долго и прочно защищали его. После заслушивания доклада Овьедо, привезшего королю его долю драгоценностей из Золотой Кастилии, Фердинанд обещал заняться накопившимися серьезными жалобами на губернатора, но ему не довелось этого сделать, так как вскоре после встречи с Овьедо на пути в свою резиденцию в Севилье он умер. Трон переходил к его молодому внуку Карлу, который жил во Фландрии, а до его переезда в Испанию государственную власть стал осуществлять регент кардинал Сиснерос Педрариасу эта новость стала известна лишь несколько месяцев спустя, и он посчитал, что период регентства будет ему на руку, а тем временем решил активизировать исследования новых земель, с тем чтобы добиться таких результатов, которые бы могли произвести хорошее впечатление на нового короля.

В этих целях он решил в первую очередь вернуть ту крупную добычу, которую индейцы отбили у Бадахоса, и для этого ускорил отправку отряда Эспиносы с этим поручением. После длительного похода с участием де Сото, во время которого было много крупных схваток с индейцами и были отобраны оставленные ранее драгоценности, увеличенные новыми приобретениями, Эспиноса вернулся, к большой радости губернатора, хотя и понес немалые потери людьми. Де Сото со своей группой прибыл в Дариен гораздо позже, так как у него было еще дополнительное поручение исследовать область Панамы, где ему удалось собрать хорошее количество жемчуга. К этому времени у испанцев уже сложилось довольно твердое мнение относительно того, что климат на западном побережье перешейка был значительно более здоровый, чем в Дариене, и Бальбоа был первым, кто стал строить базу на берегу Южного моря.

Педрариас, торопившийся с достижением новых успехов, поддержал своего зятя в заложении города Пуэрто-де-Алкала и строительстве нескольких бригантин для исследования вод и побережья Южного моря. Бальбоа сам уже давно планировал экспедиции в том районе, где он был назначен аделантадо и губернатором и где он мог быть свободнее от угнетающей опеки своего тестя. Но осуществление таких планов требовало людей, денег и судов, в чем он зависел от Педрариаса. Учитывая все это, Бальбоа при содействии губернатора начал заготавливать и перевозить лес для строительства каравелл на западном берегу, так как местное дерево считалось менее подходящим для этих целей. Педрариас дал ему всего 18 месяцев на осуществление таких больших планов в трудных условиях дикой местности, но с тайным расчетом, что как только его зять осуществит основные работы, он сам возьмет в свои руки проведение многообещающих экспедиций в регионе, где губернатором был назначен Бальбоа.

Стремясь ускорить работы и получить возможность действовать более независимо, Васко организовал с несколькими друзьями «Компанию Южного моря», которая стала первым частным коммерческим предприятием по исследованию, завоеванию и освоению новых земель. Деньги на его деятельность были даны другом Бальбоа Эрнандо де Агиларом Васко немалыми усилиями удалось наладить или восстановить добрые отношения с рядом индейских вождей, от сотрудничества с которыми зависело осуществление намеченных планов, так как именно только сотни их людей могли переносить грузы через перешеек и обеспечивать нужную рабочую силу.