Два таких тесно связанных друг с другом персонажа, как Иешуа Га-Ноцри и Мастер, образуют не триаду, а диаду. Мастер принадлежит как современному, так и потустороннему миру. Он появляется на Великом балу у сатаны в праздничную, вечно длящуюся полночь и сопровождает Воланда в последнем полете. Иешуа Га-Ноцри совершает жертвенный подвиг во имя истины и убеждения, что все люди добрые, ценой жизни заплатив за желание говорить правду и только правду. Мастер же совершает подвиг творческий, создав роман о Понтии Пилате, но оказывается сломлен гонениями и озабочен уже не художественной истиной, а поисками покоя. Таким образом, и здесь московский персонаж оказывается снижен по сравнению с ершалаимским.

Маргарита, в отличие от Мастера, занимает в романе совсем уникальное положение, не имея аналогов среди других персонажей. Тем самым Булгаков подчеркивает неповторимость любви героини к Мастеру и делает ее символом милосердия и вечной женственности. Последняя занимает важное место в софиологии (учении о Софии, премудрости Божией), разработанной такими философами, как В.С.Соловьев, С.Н.Булгаков и П.А.Флоренский. Любовь Маргариты становится высшей ценностью на свете.

Три мира «Мастера и Маргариты» имеют также ряд параллельных эпизодов и описаний. Мраморная лестница, окруженная стенами роз, по которой спускаются Понтий Пилат со свитой и члены Синедриона после утверждения приговора Иешуа, повторена в такой же лестнице на Великом балу у сатаны: по ней спускаются зловещие гости Воланда. Толпа убийц, палачей, отравителей и развратников заставляет вспомнить ершалаимскую толпу, слушающую приговор и сопровождающую казнимых к Лысой горе, а также московскую толпу у касс Театра Варьете. Понтий Пилат и прочие, отправившие на смерть Иешуа Га-Ноцри, как бы сразу перешли под власть «князя тьмы», и их законное место — среди гостей дьявольского бала. Московская же толпа, рвущаяся на сеанс черной магии профессора Воланда, тоже отдала себя в руки «князя тьмы» и поплатилась за это «полным разоблачением»: в самый неподходящий момент доверчивые зрительницы лишаются подаренных Коровьевым-Фаготом модных французских туалетов и предстают перед окружающими в неглиже.

Отметим, что, как и в Москве, в Ершалаиме нестерпимо печет солнце — признак близкого появления дьявола. Получается, сам сатана направлял Понтия Пилата, когда тот утверждал роковой приговор. Почти буквально совпадают описания ершалаимской и московской грозы. В Ершалаиме «тьма, пришедшая со Средиземного моря, накрыла ненавидимый прокуратором город. Исчезли висячие мосты, соединяющие храм со страшной Антониевой башней, опустилась с неба бездна и залила крылатых богов над гипподромом, Хасмонейский дворец с бойницами, базары, караван-сараи, переулки, пруды… Пропал Ершалаим — великий город, как будто не существовал на свете». В Москве же «эта тьма, пришедшая с запада, накрыла громадный город. Исчезли мосты, дворцы. Все пропало, как будто этого никогда не было на свете». В полном соответствии с географическими реалиями на оба города гроза обрушивается с запада, однако в этом есть одновременно и точное следование демонологической традиции, согласно которой запад — сторона света, связанная с дьяволом.

Московская и ершалаимская грозы олицетворяют двойственную роль сил зла, которая отражена в эпиграфе из гётевского «Фауста». Гроза в Ершалаиме сокращает муки Иешуа Га-Ноцри: из-за нее Понтий Пилат приказывает снять оцепление и добить распятых. Однако казнить Иешуа побудил прокуратора сам дьявол, так что посланная Воланд ом по обращенному к нему призыву Левия Матвея туча только умеряет зло, творимое сатаной, приносит благо, только частично уменьшающее злодейство. Равным образом московская туча гасит начавшиеся в городе пожары, но эти пожары устроили Коровьев и Бегемот — спутники Воланда.

На крыльях тучи сатана и его свита покидают Москву, унося с собой в свой вечный мир, в последний приют Мастера и Маргариту. Там автор романа о Понтии Пилате вновь обретет возможность творить. Но те, что лишили Мастера нормальной жизни в Москве, затравили, выгнали из жилища и вынудили искать пристанища у дьявола, действовали с благославления Воланда. Это становится ясным из слов «князя тьмы» в тот момент, когда он покидает Москву:

«— Ну что же, — обратился к нему Воланд с высоты своего коня, — все счета оплачены? Прощание совершилось?

— Да, совершилось, — ответил мастер и, успокоившись, поглядел в лицо Воланду прямо и смело.

Тут вдалеке за городом возникла темная точка и стала приближаться с невыносимой быстротой. Два-три мгновения, точка эта сверкнула, начала разрастаться. Явствено послышалось, что всхлипывает и ворчит воздух.

— Эге-ге, — сказал Коровьев, — это, по-видимому, нам хотят намекнуть, что мы излишне задержались здесь. А не разрешите ли мне, мессир, свистнуть еще раз?

— Нет, — ответил Воланд, — не разрешаю. — Он поднял голову, всмотрелся в разрастающуюся с волшебной быстротою точку и добавил: — У него мужественное лицо, он правильно делает свое дело, и вообще все кончено здесь. Нам пора!

В этот момент аэроплан, ослепительно сверкая, ревел уже над Девичьим монастырем. В воздухе прокатился стук. Вокруг Маргариты подняло тучу пыли. Сквозь нее Маргарита видела, как мастер вскакивает в седло. Тут все шестеро коней рванулись вверх и поскакали на запад. Маргариту понесло карьером, и мастер скакал у нее на левой руке, а Воланд — на правой».

Воланд не позволяет Коровьеву свистом уничтожить посланный против них истребитель и приказывает своей свите покинуть Москву, поскольку уверен, что этот город и страна останутся в его власти, пока здесь господствует человек с мужественным лицом, который «правильно делает свое дело». Этот человек — Сталин. Очевидно, столь прямой намек, что «великий вождь и учитель», глава Коммунистической партии и абсолютный, к тому же безжалостный диктатор пользуется благорасположением дьявола, особенно напугал слушателей последних глав романа на чтении 15 мая 1939 года (а ведь роман Булгаков собирался подать наверх, т. е. Сталину!). Интересно, что это место в не меньшей степени страшило и последующих издателей булгаковского романа. Хотя цитированный фрагмент содержался в последней машинописи «Мастера и Маргариты» (из первого экземпляра пол-листа с этим текстом были кем-то вырваны) и был заменен явно вынужденной цензурой вставкой, написанной Е.С.Булгаковой (возможно, под диктовку мужа), он попал в основной, условно-канонический текст романа только в 2007 году.

Во всех трех главных мирах «Мастера и Маргариты» можно заметить одну очень важную черту. Практически никто из основных персонажей не состоит друг с другом в родстве, свойстве или браке. Упоминается отец Иешуа, которого Га-Ноцри не помнит, муж Маргариты и жена Мастера, жены и мужья некоторых других, сугубо второстепенных действующих лиц, дядя Берлиоза и его сбежавшая в Харьков с балетмейстером жена, но все они — на далекой периферии действия. В отличие от многих всемирно известных произведений, представляющих собой семейные хроники, вроде «Войны и мира» Льва Толстого, «Будденброков» Томаса Манна или «Саги о Форсайтах» Джона Голсуорси, в «Мастере и Маргарите» основой развития сюжета служат связи между героями, вытекающие в первую очередь из их положения в древнем, инфернальном и современном обществе. В ершалаимском мире и Иешуа, и Пилат, и Кайфа, и Иуда из Кириафа, и Афраний, и Левий Матвей даны вне каких-либо семейных или родственных отношений, хотя такие отношения в римском и иудейском обществе I века н. э. играли исключительно большую роль. В то же время Римская империя и Иудея были обществами чрезвычайно иерархичными, и вполне закономерно, что в ершалаимских сценах отношения главных действующих лиц определяются их положением в местной иерархии, поставленном в связь с судьбой Иешуа Га-Ноцри. Например, Понтию Пилату подчинены Афраний и Марк Крысобой, Афранию — его агенты Толмай и Низа, а также безымянные убийцы Иуды из Кириафа, кентуриону Марку — легионеры его кентурии и палачи, осуществляющие казнь. Все они по приказу прокуратора Иудеи сначала казнят Иешуа и двух разбойников, а затем осуществляют убийство Иуды.