11 марта 1967 года индонезийский конгресс постановил лишить Сукарно всех его полномочий и звания президента. На следующий день состоялось принесение присяги генерала Сухарто, ставшего новым Президентом Индонезии[314]. Страна переориентировалась на Запад, в том числе и в военной области.[315] Отношения же с Советским Союзом были практически свернуты. К этому времени, по сведениям западных средств массовой информации, задолженность Индонезии СССР составила 2 миллиарда американских долларов.[316]

Покончив с внутренними врагами, Сухарто уже при активной помощи западных специалистов и советников приступил к урегулированию внешних проблем. Первыми шагами в этом направлении стали попытки разрешить вооруженные пограничные конфликты с соседним государством Папуа — Новая Гвинея, которое тогда находилось под протекторатом Австралии. Для этой цели попытались привлечь агитаторов и наемников из арабских стран. Однако их «миссионерская» деятельность не увенчалась успехом. Кровожадность папуасских аборигенов шокировала даже самых жестоких арабских моджахедов. С захваченными в плен не церемонились, их просто съедали. Причем с соблюдением «иерархических традиций»: вождь каменным зубилом проламывал жертве голову и поедал мозг; женщинам доставалась печень, детям — суставы пальцев, и так далее. По окончании трапезы дикари украшали дочиста обглоданный череп наемника перьями и цветами, после чего насаживали на частокол, окружающий деревню, а остальные кости выбрасывали собакам и свиньям.

К середине 1970-х годов интенсивность конфликта с Новой Гвинеей снизилась — арабские наемники были вынуждены покинуть пограничные районы, а по демаркационной линии между государствами Индонезия и Папуа — Новая Гвинея были размещены миротворческие силы.

Потерпев неудачу в борьбе с папуасами, Сухарто в 1975 году попробовал оккупировать Восточный Тимор, большая часть жителей которого исповедовали христианство. За счет этих территорий он планировал разрешить проблему Западного Тимора, уже принадлежавшего Индонезии и заселенного мусульманами, нуждавшимися в расширении «жизненного пространства». Однако присоединение Восточного Тимора, к Индонезии вызвало негативную реакцию мировой общественности. В результате Совет Безопасности ООН вынес резолюцию с требованием освободить захваченные территории. Индонезийские власти проигнорировали ее и начали «исламизацию» христиан, сопровождавшуюся жестокими акциями насилия. В ответ восточные тиморцы организовали массовое сопротивление исламистам, которое возглавил Жозе Алехандре Гужмау.

В конечном счете, индонезийские власти вынуждены были признаться в своей неспособности «мирно» удержать Восточный Тимор в составе Индонезии. 30 августа 1999 года был проведен референдум, на котором свыше 80 % жителей Восточного Тимора проголосовали за отделение от Индонезии. Пока в ООН решали, вводить ли по этому поводу миротворческие силы, воинствующие исламисты под покровительством генерала Виранто, командовавшего индонезийской армией, убили больше тысячи тиморских христиан и разрушили порядка половины зданий. 250 тысяч человек, то есть около трети населения, были вынуждены бежать из страны. После этого на остров были все же введены миротворческие силы.

Что же касается российско-индонезийских отношений в военной области в последние годы, то они получили новое развитие в 1990-х годах.

В 1997 году Индонезией было принято решение о покупке в России двенадцати самолетов Су-30, восьми одноместных Су-30 КИ, четырех двухместных Су-30 МК и восьми многоцелевых вертолетов Ми-17. Однако из-за валютно-финансового кризиса этот контракт был частично реализован только в 2003 году[317]. В контракт с Россией входило обучение технического персонала и пилотов. К декабрю 2003 года на авиабазе в Жуковском проходили обучение шесть индонезийских пилотов и восемнадцать человек технического персонала. Впоследствии пилоты и российские инструкторы должны были продолжить тренировки в Индонезии.[318]

После природной и экономической катастрофы, связанной со стихийным бедствием в конце 2004 года в Юго-Восточной Азии, Москва приняла новое геополитическое решение по данному региону. В частности — по Индонезии, которая пострадала от обрушившегося на регион цунами наиболее значительно.

К оказанию гуманитарной помощи стране подключилось Министерство обороны РФ, значительно подменив тем самым другие структуры. Это произошло после того, как 5 января 2005 года состоялся продолжительный телефонный разговор между президентом РФ В. В. Путиным и главой Индонезийского государства Сусило Банбангом Юдхойоно. Сразу же после этого многие тыловые подразделения МО РФ были подняты по тревоге (впервые за постсоветскую историю). По приказу Кремля 14 января в Индонезию был переправлен военно-полевой госпиталь с соответствующим запасом материальных средств и оборудования. Причем вся военно-медицинская помощь по просьбе Президента Индонезии была направлена в провинцию Аче. Именно эта провинция более всего пострадала от цунами, и именно здесь регулярные войска, несмотря на катастрофические последствия, по-прежнему продолжают вести боевые действия с вооруженными формированиями сепаратистов. Примечательно, что в страну направлены специалисты и оборудование медицинского отряда специального назначения Приволжско-Уральского военного округа. Это подразделение входит в состав сил постоянной боевой готовности Сухопутных войск ВС РФ и предназначено не столько для ликвидации последствий стихий, сколько для медицинского обеспечения подразделений, ведущих боевые действия. Состав российского отряда, действующего под флагом ООН, включает 147 специалистов и 30 единиц военно-медицинской техники. По своему предназначению отряд может в течение трех месяцев в автономном режиме оказывать не только эпидемиологическую, но и квалифицированную хирургическую помощь 100 тяжелораненым или 400 легкораненым. Активная помощь Джакарте, по мнению военных аналитиков, обусловлена геополитическими интересами Москвы. Оказывая помощь, Россия надеется на дальнейшее военно-техническое сотрудничество с Индонезией. Тем более в период политического «вакуума» с Западом, приостановившего экономические контакты с этой страной. Америка, например, ограничила свои контакты в военной области еще с 1991 года. Эмбарго было введено США из-за жестокости индонезийской армии по отношению к сепаратистам — борцам за независимость Восточного Тимора[319].