19 августа 1955 года Президиум Верховного Совета СССР предоставил право военным трибуналам военных округов и флотов, верховным судам союзных республик, президиумам верховных судов автономных республик, краевым и областным судам пересматривать по протестам соответствующих прокуроров решения бывших коллегий ОГПХ троек НКВД – УНКВД и Особого совещания при НКВД – МГБ – МВД по делам, следствия по которым производились местными органами госбезопасности. Пересмотр же решений бывшей комиссии НКВД СССР и Прокурора СССР по следственным делам был отнесен к компетенции Верховного суда СССР.

7 августа 1957 года Президиум Верховного Совета СССР расширил полномочия верховных судов союзных республик и военных трибуналов округов (флотов), предоставив им право пересматривать и решения Особого совещания по делам, следствие по которым производилось центральными органами госбезопасности, а также решения, принятые комиссией НКВД СССР и Прокуратурой Союза по следственным делам.

Уже по этим изменениям можно судить об увеличивающемся объеме дел, подлежащих пересмотру. В связи с законодательными актами о реабилитации Генеральный прокурор СССР Руденко издал целый ряд приказов и указаний, которыми был установлен порядок рассмотрения жалоб и заявлений от лиц, отбывших наказание по решениям коллегии ОГПУ, троек НКВД – УНКВД и Особого совещания при НКВД – МГБ – МВД. Руденко и его заместители направили на места и ряд других секретных указаний и приказов, касающихся пересмотра уголовных дел, возбужденных по 58-й статье. Лица, необоснованно привлеченные к уголовной ответственности, подлежали трудоустройству, пенсионному обеспечению; время пребывания в местах лишения свободы и ссылке им засчитывалось в трудовой стаж, им должны были предоставлять в первоочередном порядке жилую площадь и т. д. Закон об этих льготах имел обратную силу, то есть распространялся и на лиц, освобожденных до его принятия. Этот нормативный акт был постоянно в поле зрения органов прокуратуры, как, впрочем, и другие подобного рода законы. Снимались с учета некоторые категории спецпоселенцев, восстанавливались и права репрессированных народов: немцев, калмыков, греков, болгар, армян, чеченцев, ингушей, карачаевцев и др.

Так начиналась первая волна реабилитации жертв политических репрессий, пока еще выборочная и осторожная, но с каждым годом все более набирающая силу.

Руденко подходил ко всем вопросам, связанным с реабилитацией жертв политических репрессий, особенно когда наступил второй ее период, более массовый, весьма осторожно.

В начале января 1955 года Генеральный прокурор пригласил к себе заместителя Главного военного прокурора Бориса Алексеевича Викторова. Он сказал, что ему поручается формирование и руководство специальной группой военных прокуроров и следователей, которая должна незамедлительно заняться рассмотрением писем и заявлений с просьбами о реабилитации, как их самих, так и родственников, ставших жертвами необузданного произвола при Сталине.

Викторов вспоминал, что Руденко сказал ему тогда: «Следует добиться, чтобы мнение у народа о военной юстиции изменилось в лучшую сторону. Пока прокуратура больше преуспела в том, чтобы как можно удачнее прикрыть свое или чужое беззаконие, погасить жалобы. Не исключено, что придется ставить вопрос об отмене неправосудных приговоров… Для восстановления честного имени не может быть никаких сроков давности. Чтобы принимать обоснованные решения, придется производить заново всестороннее объективное расследование. В этом примут участие сотрудники КГБ. Его аппарат в основном обновился, пришли новые люди, честные и принципиальные».

Руденко подробно разъяснил Викторову самые неотложные задачи: сформировать группу, проинструктировать людей, наладить работу, сочетая ее со специальной подготовкой и учебой. Для того чтобы лучше уяснить себе, как производилось в те годы следствие, Руденко порекомендовал Викторову ознакомиться с делами бывшего наркома внутренних дел Ежова, его заместителя Фриновского, а также с делами Берии, Абакумова, Рюмина, где факты беззакония и произвола были обнажены до предела.

Викторову удалось быстро сформировать группу, в которую в основном вошли бывшие фронтовики, окончившие после войны Военно-юридическую академию, в частности Нарбут, Торопкин и др.

При создании специальной группы речь шла о реабилитации не только лиц, осужденных по политическим процессам, проводившимся до войны, но и жертв так называемого военного времени, то есть лиц, которые вследствие тех или иных «обстоятельств» попали в плен, хранили случайно оказавшиеся у них фашистские листовки и т. п. При этом Руденко предупредил, что могут быть «попытки поставить под сомнение правильность осуждения действительных врагов Советской власти, активных пособников фашистов, карателей, допустить реабилитации таких лиц ни в коем случае нельзя».

Первые же дни работы специальной группы выявили множество вопросов, на которые Викторов решил получить ответы у Руденко. В частности, он хотел знать: есть ли политическое решение о массовом пересмотре дел прошлых лет?

Вот что, по словам Викторова, ответил ему Руденко:

«Поведение ваших товарищей объяснимо, им нелегко сразу воспринять все то, что вы им сообщили. Просят сослаться на решение о пересмотре дел прошлых лет? Что же, так привыкли. Не верят на слово? В академии так учили. Всем нам придется столкнуться с тем, что оценки некоторых событий и их участников, казавшиеся неизменными, нужно будет пересмотреть. Сделать это надо во имя истины, справедливости и правды истории. А решение будет. Оно готовится».

23-25 июня 1955 года Генеральный прокурор Руденко созвал в Москве Всесоюзное совещание руководящих прокурорских работников. В его работе приняли участие около 400 прокуроров с мест и работники центрального аппарата Прокуратуры Союза ССР.

Касаясь вопросов начавшейся в стране реабилитации лиц, осужденных за контрреволюционные преступления, Руденко сказал: «Осуществляя надзор за расследованием дел органами государственной безопасности, советский прокурор должен помнить о своей активной роли в деле изобличения государственных преступников.

Необходимо отметить, что за последние два года количество вновь возбужденных следственных дел о контрреволюционных преступлениях сократилось.

Несомненно, что снижение числа дел о контрреволюционных преступлениях является закономерным, свидетельствуя о возросшем морально-политическом единстве советского народа и укреплении Советского государства. К снижению числа этих дел привело также разоблачение фактов фальсификации дел вредителями из числа заговорщической группы Берии…»

Далее Руденко отметил, что «органы прокуратуры должны провести все еще очень большую работу по ликвидации последствий вредительства со стороны врага народа Берии и его сообщников». «Враг народа Берия» был тогда расхожей фразой риторики советских руководителей…

Об объеме проводимой работы свидетельствует то, что по сравнению с 1953 годом поступление жалоб и рассмотрение дел в порядке надзора по периферийным органам прокуратуры увеличилось в четыре раза, а количество внесенных протестов и представлений в 1954 году в сравнении с 1953 годом возросло более чем в 50 раз. Аналогичное положение имеет место и по центральному аппарату Прокуратуры СССР, где в сравнении с 1952 годом количество внесенных протестов стало больше в 45,4 раза.