В ссылке в своих вотчинах братьям-Ивановичам Шуйским пришлось пробыть около двух лет. Не позднее конца 1590 года они были возвращены в Москву. А в начале 1591 года бояре Василий и Дмитрий Ивановичи Шуйские уже заседают в Думе. Заметим, что на всякий случай Годунов оставил в ссылке сторонников Шуйских-Головиных, Колычевых и других.

Причин для возвращения молодых Шуйских в Москву было несколько. Главная — противостояние Годуновых и Романовых. Борису были нужны союзники, так почему же не привлечь на свою сторону уже неопасных врагов. Братья же Шуйские, отдохнув пару лет в вотчинах, не имели особых обид на Бориса.

В мае 1591 года молодой глава рода Василий Иванович Шуйский назначается главой комиссии по расследованию смерти царевича Дмитрия в Угличе. В главе «Борис Годунов» подробно рассказано, что Василий Иванович грамотно — для того времени, разумеется, — провел расследование и не он, а церковный собор во главе с патриархом Иовом вынес окончательный вердикт, что смерть Дмитрия «учинилась божиим судом». Но, увы, участие в работе комиссии будет пожизненно крестной ношей Василия Ивановича.

В 1597 году на берег реки Оки было выведено большое войско для защиты Москвы от предполагаемого нападения крымских татар. Командовал войском сам Борис Годунов, воеводами была назначена вся московская знать — Мстиславский, Голицын и другие. Василий Иванович Шуйский занимал довольно почетную должность воеводы правой руки. Крымские татары в тот раз так и не появились, зато наши доблестные воеводы насмерть сцепились друг с другом в местнических спорах.

Иван Голицын, воевода левой руки, «бил челом» (то есть местничал) на князя Трубецкого, князь Черкасский местничал с князем Ноготковым, Буйносов — с Голицыным, Шереметев — с Ноготковым и Буйносовым, Кашин — с Буйносовым и Шереметевым. Не минула сия чаша и нашего героя. Князь Тимофей Романович Трубецкой, воевода сторожевого полка, «бил челом» на Василия Ивановича Шуйского. Надо ли говорить, что Шуйский выиграл местнический спор.

В конце царствования Федора Иоанновича наблюдается все большее сближение Шуйских с Годуновым. В 1595 году царь Федор с подачи Бориса жалует боярством братьев Александра и Ивана (Пуговку) Шуйских. В 1597 году в Боярской думе заседают уже все четыре брата Шуйские.

При избрании Бориса Годунова на царство братья Шуйские вели достаточно осторожную политику, они не поддерживали Бориса, но и не выступали активно против. С воцарением Бориса Шуйские ничего не выгадали и ничего не проиграли. Все четыре брата имели высокий чин — боярство, детей или малолетних родичей у них не было, за исключением одиннадцатилетнего Михаила Васильевича Скопина-Шуйского, которого царь Борис в 1602 году произвел в стольники.

Шансов овладеть престолом в 1598 году у Шуйских практически не было. Они были слишком слабы, а глава рода сорокашестилетний Василий Иванович еще ничем не проявил себя, за исключением спорного угличского дела. Умри Годунов в 1598 году, к власти гарантированно пришли бы Романовы, и Шуйские в самом лучшем случае остались бы в прежнем положении.

По этой причине и в 1600 году Шуйские не только не поддержали попытку переворота, затеянную Романовыми, но и на суде в Боярской думе «пышаха аки звери и кричаха» вместе с другими боярами на Федора Никитича Романова с братией.

В 1600-1604 годах братья Шуйские жили припеваючи в Москве и прекрасно ладили с царем Борисом. Позже необъективные, настроенные против Годунова летописцы напишут, что царь-де окружил Шуйских доносчиками и запрещал Василию Ивановичу жениться, дабы тот, придя к власти, не мог иметь наследника. Ну так все наши цари окружали наиболее известных людей доносчиками. Например, тот же Николай II вел агентурное наблюдение за Витте, Столыпиным и даже за родным братом Михаилом. Насчет же запрещения жениться, чтобы Василий Иванович не мог иметь наследника, так это явная чушь. У Василия Ивановича были братья, младший из которых Иван умер аж в 1638 году Так что Василию Ивановичу при необходимости могли наследовать родные братья Шуйские и их потомство, не говоря уже о Скопиных-Шуйских. И, наконец, разве злодей Годунов помешал зачать наследника первой жене Василия Ивановича и женам всех его братьев?

В 1601 году заболел и умер Александр Шуйский. Но его смерть почему-то не приписали Годунову. Думаю, дело в том, что активная антигодуновская кампания началась после 1603 года, когда об Александре романовские клевреты просто забыли.

После появления Лжедмитрия в Польше Василий Иванович Шуйский неоднократно один или вместе с патриархом Иовом выходил на Лобное место и рассказывал московским людям, как он сам видел мертвого царевича Дмитрия и хоронил его.

Осенью 1604 года против самозванца царь Борис отправил большое войско, во главе которого поставил воеводу князя Федора Ивановича Мстиславского, а вторым воеводой шел Дмитрий Иванович Шуйский.

21 декабря 1604 года войско Мстиславского подошло к стану Лжедмитрия. Пока воеводы медлили, самозванец решил контратаковать. Его пятнадцатитысячное войско двинулось на стотысячную московскую рать. Поляки ранили в голову главного воеводу Ф. И. Мстиславского. Остальные же воеводы — Д. И. Шуйский, В. В. Голицын и А. А. Телятевский потеряли управление войском, в результате чего было убито до четырех тысяч московских ратников. Полностью разгромить огромное московское войско у самозванца не хватило сил. У Новгорода Северского впервые проявились абсолютная бездарность Дмитрия Ивановича Шуйского как полководца и его патологическая трусость.

После сражения Дмитрий Иванович Шуйский с воеводами даже не позаботились известить царя о битве под Новгородом Северским. Борис узнал о ней из других источников и тут же прислал в войско чашника Вельяминова-Зернова, велев сказать Мстиславскому: «Государь и сын его жалуют тебя, велели тебе челом ударить, да жалуют тебя, велели о здоровье спросить». Князю Д. И. Шуйскому с товарищами царь велел поклониться и добавить: «Слух до нас дошел, что у вас, бояр наших и воевод, с крестопреступниками литовскими людьми и с расстригою было дело, а вы к нам не писали, каким обычаем дело делалось, и вы то делаете не гораздо, вам бы о том к нам отписать вскоре».

Царь Борис решил укрепить командование действующей армией и послал в помощь Мстиславскому... Василия Шуйского.

21 декабря 1604 года войско самозванца потерпело тяжелое поражение у села Добрыничи, но к этой победе братцы Шуйские имели весьма малое касательство.

После смерти царя Бориса три брата Шуйские присягнули царевичу Федору. Апрель, май и начало июня 1605 года братья провели в Москве. Чем они занимались, историкам не ведомо, видимо, просто ожидали развязки драмы.

Ни один из Шуйских не поехал вместе с другими боярами в Тулу присягать Лжедмитрию. Лишь в Серпухове Дмитрий Шуйский и Федор Мстиславский встречали самозванца.

20 июня 1605 года самозванец торжественно въехал в столицу. Вот тут бы Василию Ивановичу выйти ему навстречу и торжественно объявить, что злодей Борис заставлял-де его молчать четырнадцать лет, что он сам хоронил в Угличе подставного ребенка и т. д. Однако Василий этого не сделал, его вообще не было среди встречавших.