16 июня Ляпунов направил Бутурлину новые инструкции. Он приказал довести переговоры со шведами до конца и в случае крайней нужды разрешил предложить королю в виде залога Орешек и Ладогу. Насчет будущих династических переговоров Ляпунов мимоходом заметил: «Об условиях избрания шведского принца великим князем мы непосредственно договоримся с господином Яковом Делагарди здесь».

После отъезда гонцов вопрос о шведской кандидатуре на трон был передан на обсуждение Земского собора. К тому времени военное положение под Москвой ухудшилось. Войска Яна Сапеги завязали бои с отрядами ополчения в западных предместьях столицы. Члены собора опасались того, что неприятель перебросит к Москве силы, высвободившиеся после падения Смоленска.

Дьяки представили на рассмотрение Совета земли перевод писем Карла IX и Делагарди, а также отписки Бутурлина. Медоточивые заявления короля произвели на присутствовавших впечатление. Однако многие патриоты решительно восстали против шведского проекта. Они резонно указывали на то, что слова шведского короля решительно расходятся с его делами, и высказывались против любых переговоров насчет шведского королевича. Ляпунов все еще надеялся на шведскую военную помощь и поэтому настоял на принятии осторожного решения. Соборные чины решили послать в Швецию послов для переговоров об избрании шведского королевича. Перед тем как разойтись, они скрепили подписями соборный приговор.

Делагарди тешил новгородцев разговорами о близком слиянии Швеции и России в неразрывный союз. Ляпунову он обещал военную помощь. А сам тем временем стягивал силы для захвата Новгорода. Ситуация ухудшалась с минуты на минуту. Шведы разбили свои станы подле самого города. Каждый день в их лагерь прибывали подкрепления. Враждебные намерения иноземных войск становились все более очевидными. Шведские фуражиры рыскали в окрестностях Новгорода, забирая все, что попадалось под руку. Спасаясь от грабежа и насилий, жители массой бежали под защиту крепостных стен. Народ требовал организации отпора интервентам.

Бутурлин поспешил сообщить Делагарди насчет решения Земского собора в Москве. Он вновь и вновь просил назвать время выступления в московский поход. Наконец пелена упала с его глаз. Пока Делагарди действовал с помощью силы, он достиг немногого. Мирные переговоры позволили ему внести раскол в ряды русских и ослабить их волю к сопротивлению. Делагарди видел, что плод созрел, и сбросил маску миролюбия.

Когда Бутурлин убедился в том, что его жестоко провели, он ультимативно потребовал, чтобы Делагарди отвел свои войска от стен Новгорода. Шведы высокомерно отклонили его ультиматум. Осознав опасность, Бутурлин не побоялся нарушить инструкции Ляпунова и стал вооружаться для борьбы с захватчиками. Его стрельцы сожгли деревянные постройки на посаде, мешавшие орудийному огню с крепостных стен. Увы, Бутурлин прозрел слишком поздно. Он так долго вел дело с Делагарди за спиной новгородцев, что те утратили к нему всякое доверие. Патриоты подозревали его в измене.

Многолетняя гражданская война давно расколола русское общество. В Новгороде находилось множество псковских дворян и лучших людей, изгнанных из своего города восставшим народом. Власть имущие опасались, как бы в обстановке войны в Новгороде не повторились псковские события. Низы волновались и настаивали на решительной борьбе с захватчиками. Верхи считали более надежным путь соглашения. Новгородские купцы ездили в шведский лагерь с товарами почти что до того дня, как заговорили пушки. Когда стрельцы сожгли предместья, это вызвало ропот – «молву великую» в среде состоятельных горожан.

Шведские солдаты рыскали в пригородных слободах. Патриоты решили проучить их. Они собрали добровольцев и произвели вылазку. Сил оказалось немного, да и руководство было не на высоте. Шведы одержали верх. Многие новгородские ратники замертво полегли на поле боя. Прочие отступили в крепость. Неудача усугубила разлад, царивший в городе.

Главный воевода боярин Одоевский созвал совет с участием дворян и церковных властей. Мнения на совете разделились. Одни требовали принятия энергичных военных мер и организации отпора врагу. Другие ссылались на приговор земского ополчения и предлагали добиваться соглашения со шведами. Одоевский и церковники склонялись в пользу умеренной партии. Совет разошелся, так и не приняв решения.

К середине июня 1611 года Делагарди завершил последние приготовления к штурму. Он знал, чем воспламенить сердца своих ландскнехтов. Солдатам была обещана богатая добыча в Новгороде. За день до штурма Делагарди предпринял ложный маневр. На глазах у горожан шведские эскадроны проследовали к берегу Волхова по направлению к юговосточной оконечности крепости. Туда же его солдаты пригнали лодки со всего Волхова. На рассвете 16 июля шведы провели отвлекающую атаку с юго-востока. Привлеченные выстрелами и шумом новгородцы со всех сторон бежали к башням, подвергшимся нападению. Тем временем Делагарди нанес удар с противоположной стороны. В утренней мгле наемники подобрались к воротам и пытались выбить их с помощью тарана. Шотландцы и англичане орудовали с петардой возле соседних ворот. Шведы карабкались на вал на всем пространстве между воротами. Новгородцы отбили их натиск и выстрелами отогнали врагов от ворот. Но шведам помогли предатели. Один из них привел врага к воротам, никем не охраняемым. Он ужом на брюхе пролез по разбитой колесами дороге под ворота и успел отпереть их изнутри. Шведская конница через распахнутые ворота вступила в город. Русские отступили по валу к башням и еще длительное время вели оттуда огонь. Но шведские войска уже проникли далеко вглубь крепости. В ходе боя в восточной части города начался пожар. Население бросилось бежать и запрудило улицы. Воеводы не могли более руководить боем. Ратные люди смешались с мирным населением в бегущем потоке.

С диким озлоблением наемники кололи и резали всех, кто попадался им по пути. Бой еще кипел вовсю, а они уже бросились грабить дома. Оказавшись разъединенными, части гарнизона в разных местах пытались остановить натиск. Народная память сохранила имена отважных командиров: стрелецкого головы Василия Гаютина, Василия Орлова, атамана Тимофея Шарова. Они предпочли смерть плену. Дьяк Афиноген Голенищев, посланец земского ополчения, не выпускал оружия из рук до последнего вздоха. Мирное население помогало воинам. Шведам долго не удавалось овладеть стоявшим на перекрестке двором, где засел протопоп Амос с посадскими людьми. Шведы пытались принудить их к сдаче, обещали жизнь. Новгородцы отвечали выстрелами. Тогда солдаты сожгли двор вместе со всеми его защитниками.

На площади возле волховского моста находилась ставка земского воеводы Василия Бутурлина. Шведы встретили тут наибольшее сопротивление. Казаки и ратные люди бились с неприятелем, не щадя живота. Шведы пытались окружить отряд Бутурлина. Тогда Бутурлин прорвался на волховский мост и ушел на Торговую сторону. Следуя за ним по пятам, на мост вступили вражеские солдаты.

Шведы овладели внешними крепостными стенами города на Софийской стороне. Они добились успеха, но до победы им было еще далеко. Русские боевые знамена реяли над стенами кремля, неприступной цитадели в центре города. Замок обладал несравненно более мощной системой укреплений, нежели внешний город. Он был окружен глубоким рвом и подъемными мостами. Его высокие башни и стены были снабжены множеством пушек. Кремль господствовал над всем городом. Штурмовать его без осадной артиллерии было безумием. Однако новгородская цитадель оказалась абсолютно не подготовленной к осаде. Шведы были буквально ошеломлены, когда несколько позже они обшарили весь кремль и не нашли там даже малых запасов провианта и пороха.