Как повела себя царица Евдокия в этих обстоятельствах? Сначала она по большей части была занята воспитанием наследника — царевича Алексея Петровича. Но когда царь заговорил с патриархом Адрианом и другими о возможной отправке ее в монастырь, царица Евдокия пошла наперекор воле Петра, а для всех его подданных, включая собственную семью, это было равносильно приговору. Возвращение Петра I из заграничного Великого посольства, расправы со стрельцами в 1698 году положили предел царскому браку, насильно разлучили царицу Евдокию с сыном. Она явно пожертвовала собой ради интересов царевича Алексея Петровича, согласившись на ссылку в Суздальский Покровский монастырь. Какое-то время она еще надеялась на новую встречу с Петром, пока не поняла, что тщетно ждать царского прощения; вся ее опора осталась в одной семье брата Авраама Лопухина, которому и выпало ее «поить и кормить».

С этого времени царица Евдокия исчезает из поля зрения современников. Пустили слух, что она умерла (а однажды она действительно была близка к смерти). Датский посланник Юст Юль, ездивший в марте 1711 года в Измайлово на поклон к царице Прасковье Федоровне и ее дочерям, передавал их рассказ о представлении им Петром I новой царицы Екатерины I: «Многие полагают, что царь давно бы обвенчался с нею, если бы против этого не восставало духовенство, пока первая его жена была еще жива, ибо (духовенство) полагало, что в монастырь она пошла не по доброй воле, а по принуждению царя; но так как она недавно скончалась, то препятствий к исполнению царем его намерения более не оказалось».

«Умершая» в представлениях царя Петра I и его окружения царица Евдокия тем временем переживала роковое знакомство в Суздале с майором Степаном Глебовым. Не надеясь больше на милость Петра, она все больше стала думать о сыне — царевиче Алексее Петровиче и с ним связывала надежды на изменение своего положения: сын ее «из пеленок вывалился», как она говорила в запальчивости. Впоследствии попытки царицы хоть как-то напомнить о себе сыну будут истолкованы царем Петром I превратно и превращены в обвинение по делу царевича Алексея Петровича. По словам Андрея Нартова, царь якобы ее первую упоминал в числе тех, кто толкнул царевича на «зло неслыханное»: «Когда б не монахиня…»

Архивные материалы, подробно рассказывающие о личном участии царя Петра в Суздальском розыске, не оставляют сомнений в искусственном характере обвинений в адрес царицы Евдокии. Находясь в Суздале и не видя сына, не переписываясь с ним, мать, конечно, не влияла на сына в его решении оставить Россию. Царевич Алексей бежал от отца, склонявшего его, как некогда и его мать, к уходу в монастырь. И причины этого были в первую очередь династические. Царь Петр выбрал наследника по своему усмотрению, и им стал сын от царицы Екатерины I — царевич Петр Петрович. Противников нового брака царя Петра и Екатерины I было немало, но только не в царском окружении. Если кто-то по-прежнему считал царицей Евдокию Федоровну, то это были посадские люди или крестьяне, слышавшие ранее ее имя на церковных службах. Ее по-особому встречали во время поездок на богомолье по монастырям, но только фантазия следователей Преображенского приказа могла увидеть в невинных угощениях царицы непременными владимирскими вишнями признаки бунта. Знаки внимания царице Евдокии, как правило, не шли дальше высказывания почтения к прежней «государыне». Никто не знал ее как «монахиню», так как она проявила свое упрямство, которое ведал за ней и Петр. Может быть, царица Евдокия даже не принимала пострига, а только сделала вид, что подчинилась царскому требованию! Редкие тайные поездки к доверенным настоятелям монастырей, разговоры с духовником Федором Пустынным, ростовским епископом Досифеем — все это не может считаться какой-то организованной оппозицией. Сама царица Евдокия, как выяснилось на следствии по Суздальскому розыску, просто находилась в плену ложных, намеренно внушенных ей мечтаний о возможном возвращении в царский дворец. В этом невинном утешении царь Петр увидел измену и государственное преступление.

С 1718 года царица Евдокия оказалась подвергнута самому жестокому остракизму, который можно только представить. Датский посланник Вестфален заметил, что, к счастью первой жены, царь Петр не знал истории английских королей, иначе вряд ли оставил бы ее в живых: «…если бы царь знал историю короля Генриха VIII, я не поставил бы и пятидесяти дукатов за ее жизнь». Мстительный, собственноручно поправленный царем Петром Манифест последовательно уничтожал царицу Евдокию, попутно представляя ее расстригой и блудницей. Она не была убита физически, но моральное уничтожение было полным. Дальше ей пришлось жить с сознанием того, что все ее близкие люди были казнены петровскими палачами или отосланы на каторгу. Лишенная того немногого, что у нее было, без какой-либо поддержки родных и близких, царица Евдокия оказалась в полном подчинении у светлейшего князя Александра Даниловича Меншикова, которому Петр I и поручил ее дальнейшую судьбу. Последние годы петровского царствования — самые трагичные для бывшей жены царя Петра. Она проводила дни в настоящем заточении, а ее тюремщикам в Петербурге по большому счету было все равно, что с нею происходит. И опять царица Евдокия не смирилась, а добивалась и добилась того, что со временем она стала управлять обстоятельствами, а не они ею. Даже караульное помещение для солдат строилось на средства самой бывшей царицы, ей же приходилось заставлять Синод возобновить богослужение в Ладожском Успенском монастыре, определенном для нее в качестве тюрьмы. Из Синода по ее настоянию был прислан новый духовник — монах Клеоник, который при всех поворотах ее судьбы остался с ней до конца. Кстати, эта черта — преданность царице Евдокии тех, кто оказывался рядом с ней, — тоже показательна сама по себе. Если она обещала, как это было однажды с просьбой игуменьи Покровского монастыря, то стремилась выполнить свое обещание любой ценой.

Перевод царицы Евдокии в Шлиссельбург после смерти Петра I, по воле вступившей на престол Екатерины I, конечно, нельзя истолковать иначе как ужесточение ее содержания. Жизнь «известной персоны» внутри стен и бастионов Шлиссельбургской крепости оказалась тяжелой. Содержание в крепости не могло не действовать давяще (как и само пожизненное заключение, на которое обрек ее бывший муж — царь Петр). Однако благодаря распоряжениям императрицы Екатерины I царица-узница хотя бы не должна была ни в чем нуждаться. Когда власть Екатерины I утвердилась, Евдокию даже перестали прятать от высоких гостей крепости. Правда, она по-прежнему не имела возможности ни с кем видеться или говорить, кроме начальника своей охраны, переведенного с нею из Ладоги на новую шлиссельбургскую службу.

Настоящее и долгожданное время царицы Евдокии пришло с вступлением на престол ее внука — двенадцатилетнего императора Петра II. Правда, от назойливой опеки Меншикова она избавилась не сразу. Интриге Меншикова, в соответствии со своими политическими расчетами переведшего ее из Шлиссельбурга в Москву, обычно не придают значения, считая, что царица сама обратилась к нему с просьбой об этом. Но только с падением Меншикова в сентябре 1727 года выяснилось, что тот намеренно удалил царицу Евдокию подальше от Петербурга. С этого времени первая жена царя Петра I перестала быть «святой монахиней» (так выспренно к царице Евдокии обращался Меншиков, когда оказался в ней заинтересован) и официально стала московской царицей и «государыней-бабушкой». Внуки — император Петр II и великая княжна Наталья Алексеевна — помнили о ней, и это было главное, что радовало царицу в конце жизни.