Хотя корабли были уже полностью нагружены, но Кабрал решил посетить еще Каннанур, где также заключил торговый союз с раджей, дополнительно нагрузив корабли корицей. 16 января 1501 года флотилия Кабрала тронулась в обратный путь.

Возле Мозамбика одно из судов село на мель и дало течь. Правда, все припасы и снаряжение удалось спасти, но корабль пришел в полную негодность и был сожжен. Во время стоянки в Мозамбике один из кораблей был послан Кабралом в Софалу за золотом. И здесь португальцам посчастливилось: доверчивые туземцы охотно отдавали им тяжелые слитки золота за стеклянные бусы и медные погремушки.

У мыса Доброй Надежды Кабралу пришлось выдержать еще одну сильную бурю. Только 31 июля 1501 года флотилия, сократившаяся более чем на половину, поднялась по Тежу (Тахо) в Лиссабон.

Король Мануэл мог отпраздновать с легким сердцем эту новую удачу. Богатый груз, привезенный Кабралом, не только полностью покрыл огромные издержки на снаряжение экспедиции, но и дал сверх того стопроцентную прибыль. Вызвав к себе венецианского посла, Мануэл I «Счастливый» заявил ему, что венециацы, генуэзцы и флорентинцы должны теперь посылать свои корабли за пряностями не к арабам в Северную Африку, а в Лиссабон, к португальцам.

Что касается Педру Алвариша Кабрала, то его дальнейшая жизнь и судьба неизвестны. Спустя много-много лет в Сантарене была найдена его могила. Надгробная надпись дала возможность установить, что в награду за свои заслуги Кабрал получил титул «дона» и что умер он в 1526 году.

Незадолго до возвращения Кабрала в Лиссабон король Мануэл послал в Индию небольшую флотилию из четырех кораблей под командой Жуана да Нова. Эта экспедиция благополучно обогнула мыс Доброй Надежды и открыла между Мозамбиком и Килвой незнакомый остров, названный именем флотоводца (остров Жуан да Нова). Прибыв в Малинди, португальцы узнали о недавних событиях в Каликуте. Не желая ставить под угрозу репутацию португальского оружия, Жуан да Нова направился прямо к Кочину и затем к Каннануру, где нагрузил свои корабли перцем, имбирем, корицей и другими пряностями. Перед отплытием в Европу Жуан да Нова получил сведения, что со стороны Каликута приближается большой неприятельский флот. Несмотря на численное превосходство вражеских судов, Жуан да Нова решил принять бой с арабами и индийцами. Благодаря маневренным преимуществам португальских кораблей и наличию артиллерии Жуан да Нова одержал полную победу: несколько кораблей были потоплены, часть индийских судов была захвачена в плен, а остальные обратились в бегство.

На обратном пути в Португалию Жуан да Нова открыл в Атлантическом океане небольшой остров, названный им островом Святой Елены.

По преданию, остров Святой Елены является первым пунктом в южном полушарии, где началась европейская колонизация. Согласно легенде, португальский матрос Фернан Лопиш, участник первой экспедиции Васко да Гамы, влюбился в Каликуте в индианку и решил жениться на ней. Для этого ему пришлось перейти в мусульманскую веру. Когда через два года в Кочине остановились корабли Жуана да Новы, Лопиш покинул свою жену и, добравшись до Кочина, упросил взять его обратно на родину и разрешить вернуться в христианскую веру. Чтобы искупить свои грехи, он захотел остаться в одиночестве на острове Святой Елены. Жуан да Нова снабдил отшельника припасами, дал ему некоторые орудия, семена овощей и хлебных злаков. Фернан Лопиш, оставленный на необитаемом острове, так усердно работал, что через четыре года в состоянии был снабжать пшеницей и овощами португальские корабли, пристававшие к острову Святой Елены во время длинного перехода из Европы до мыса Доброй Надежды.

Экспедиции Васко да Гамы, Педру Алвариша Кабрала и Жуана да Новы показали, что португальцам нельзя было рассчитывать на установление бесперебойной торговли с народами Малабарского берега, пока индийские раджи оставались в своих странах полновластными государями. Надо было их поставить в зависимость от португальской короны. Поэтому португальцы решили построить в разных частях Индии постоянные военные укрепления и опорные пункты, чтобы в конце концов покорить эту богатую страну и держать ее в страхе и повиновении.

Король Мануэл приказал послать в Индию новую экспедицию с большим отрядом хорошо вооруженных солдат. После некоторых колебаний руководство четвертой индийской армадой король передал в сильные руки дона Васко да Гамы, адмирала индийских морей.

Экспедиция состояла на этот раз из двадцати судов. Флотилию решено было разделить на три части. Под непосредственное начальство самого Васко да Гамы было отдано десять судов. Висенти Судре, дядя адмирала, получил пять кораблей. Он должен был крейсировать в Индийском океане и всячески препятствовать арабской морской торговле. Третьей группой, тоже из пяти судов, командовал Иштаван да Гама, племянник адмирала. Эти корабли должны были остаться в индийских водах и охранять фактории.

30 января 1502 года в лиссабонском соборе состоялась торжественная месса. Мануэл I произнес тронную речь, призывая благословение неба на эту военную экспедицию, и вручил Васко да Гаме обнаженный меч.

10 февраля эскадра покинула Лиссабон.

Первая остановка была сделана у Канарских островов, вторая в Порту-Дала на африканском берегу, недалеко от Зеленого мыса. Здесь Васко да Гама встретил груженную золотом каравеллу, возвращавшуюся в Лиссабон из Сан-Жоржи-да-Мина. Воспользовавшись этим случаем, адмирал показал индийским послам, которых вез обратно в Кочин и Каннанур, какими богатствами располагает Португальское королевство. Послы пришли в изумление: им никогда не приходилось видеть такого огромного количества золота.

Плавание через Атлантический океан в обход ветрам гвинейского побережья прошло благополучно. В Софале и Мозамбике были основаны форты и фактории. В Килве Васко да Гама покорил арабского эмира и наложил на него дань.

Покидая этот порт, адмирал оставил своему наместнику инструкцию для отставших в пути португальских кораблей, в которой сообщал, что наложил дань на властителя Килвы в полторы тысячи золотых миткалов ежегодно, и предписывал капитанам, не задерживаясь в Килве, следовать в Каннанур.

Когда корабли Васко да Гамы достигли уже Малабарского берега, в море было замечено арабское судно. Оно возвращалось из Мекки в Каликут. Помимо различных товаров, на нем было более трехсот паломников – мужчин, женщин и детей. И здесь Васко да Гама совершил ни с чем не сравнимое по своей жестокости преступление, которое навеки запятнало позором имя этого великого мореплавателя. Ограбив судно, он приказал затем сжечь его вместе со всеми находившимися на нем людьми. Подплыв на лодке к пылающему кораблю, адмирал с каменным лицом взирал на это ужасное зрелище и равнодушно слушал душераздирающие вопли и стоны несчастных мусульман. Так португальцы начали осуществлять свой план уничтожения арабского судоходства в Индийском океане.

3 октября 1502 года Васко да Гама прибыл в Каннанур. Местный раджа устроил ему торжественную встречу и подарил двух слонов. Нагрузив корабли пряностями и договорившись с раджей о постройке в Каннануре большой фактории, адмирал отправился в Каликут, чтобы, как он говорил, «передать саморину богатые подарки за хороший прием, оказанный Кабралу».