Когда в 1219 году Левон I скончался, он не оставил после себя наследника мужского пола. Наследницей он назначил свою юную дочь Изабеллу, хотя выбор этот не устраивал многих видных князей и баронов. В конце концов, после нескольких дворцовых заговоров и жестоких убийств, проблема преемственности была разрешена: в 1226 году Изабелла сочеталась браком с князем Гетумом, отпрыском влиятельного рода Гетумидов Лампронских.

Гетум I процарствовал более сорока лет и выказал великую сообразительность перед лицом невероятных трудностей. Его врагами были могущественные мамелюки Египта и сельджукские султаны Конии. К тому времени владычество крестоносцев в Леванте сильно пошатнулось. Ситуация на Ближнем Востоке резко осложнилась внезапным вторжением монгольских орд из Центральной Азии, которые хлынули в Персию, Русь, Грузию, затопили большие куски Анатолии и Месопотамии. Армяне Киликии сумели умиротворить монголов путем дипломатии и предложения союза, а также предоставлением припасов. Однако это случилось уже после того, как алтайские полчища опустошили и разграбили Великую Армению, лежавшую прямо на пути их нашествия. Один из главных источников наших сведений о монгольском нашествии XIII века армянский летописец Григорий из Акнера создал обстоятельный труд «История нации лучников». Григорий живо передает ужас, внушаемый татаромонгольскими ордами. Он был подобен страху, который испытывали все два столетия назад перед тюрками-сельджуками.

«Итак, теперь мы расскажем о том, на кого были похожи эти первые татары, потому что первые явившиеся в верхнюю страну не были похожи на людей. Они имели неописуемо жуткий вид: у них были огромные головы, как у буйвола, узкие глаза, как у птенцов, вздернутый приплюснутый нос, как у кошки, выдвинутая челюсть, как у пса, узкие чресла, как у муравья, ноги короткие, как у свиньи, и от природы совершенно не было бороды. При львиной силе они имели пронзительные, как у орла, голоса. Они появлялись, когда их меньше всего ждали. Их женщины носили красивые шапки, повязанные поверх шалями из парчи. Их широкие лица были обмазаны ядовитой смесью смол. Смерть не являлась среди них, так как жили они по триста лет…

Сами они, по силе и сноровке своей, прибывали с набегами своей кавалерии и захватывали непокоренные города и замки, грабили и брали пленных. Они безжалостно убивали мужчин и женщин, священников и монахов, забирая в рабство дьяконов, грабя без стыда церкви христианские, обдирая украшения с драгоценных мощей святых мучеников, с крестов и священных книг, выбрасывая сами книги, как ненужные, не имеющие цены».

Когда первоначальная ярость монгольского нашествия поутихла, армяне смогли оценить ситуацию и воспользоваться выгодами, которые давало благожелательное отношение некоторых монгольских вождей к христианскому населению Ближнего Востока. Перед тем как Чингисхан официально принял ислам (около 1300 г.), монголы считали мусульман своими главными врагами. Великие ханы даже начали переговоры с папством, в результате чего несколько западных посольств посетили монгольскую столицу Каракорум. Забрезжила надежда возобновить Крестовые походы при поддержке монголов. Особенно заманчивой казалась эта перспектива царю Киликийской Армении Гетуму, испытывавшему сильное давление со стороны мусульманских соседей. Между 1233-м и 1245 годами Гетуму пришлось даже пойти на то, чтобы чеканить серебряные монеты совместно от своего имени и имени конийских султанов Кэй-Кубада I и Кэй-Хусрау II, вторгшихся в Киликию и наложивших на армян суровую дань.

Царь Гетум в 1253 году решил посетить великого хана Менгу (Мункэ) и отправился в Каракорум. Он был первым чужеземным правителем, явившимся к монгольскому двору по своей воле, и потому его приняли с высочайшими почестями. Менгу пообещал освободить армянские церкви и монастыри, находящиеся на монгольских территориях, от налогов. Главным желанием Гетума, главной его идеей было освободить Святую землю от мусульман с помощью монголов и западных католических держав. С этой целью он старался заключать династические союзы с франкскими князьями. Одна его сестра, Стефания, вышла замуж за кипрского царя Генриха I; другая, Мария, – за Иоанна Ибелинского, графа Яффского. Затем Гетум выдал своих дочерей за представителей династий крестоносцев: Сибиллу за Боэмунда VI Антиохийского, Юфимию – за Юлиана, графа Сидонского, Марию – за Гвидо Ибелинского, сына Болдуина, кипрского сенешаля.

Поначалу армяне получили немало выгод от альянса с монголами. Гетуму даже удалось в 1259 году победить сельджукского султана земли Рум, Килиджа Арслана IV. Он также изгнал тюркоманов, укрепившихся на западных границах Киликии, и смертельно ранил их вождя Карамана (в 1263 г.). Но вскоре армяне почувствовали все неудобства этого союза. После того как предводитель монголов Хулагу-хан разрушил в 1260 году Алеппо, он должен был вернуться в Каракорум, чтобы принять участие в выборах нового верховного хана. Командование монгольским войском в Сирии было возложено на Китбогу, крещеного монгола, несторианина. Дамаск в том же году сдался Китбоге, но затем, в сентябре 1260 года, монголы потерпели сокрушительное поражение при Назарете от Кутуза, мамелюкского султана Египта, и его военачальника Бейбарса. Несколько недель спустя Бейбарс убил своего повелителя, султана Кутуза, и захватил египетский трон для себя. Монголы отступили из Сирии и Палестины в Персию и Анатолию.

Армяне оказались среди первых жертв гнева Бейбарса. Лишенные своего щита, монгольской конницы, армяне не смогли оказать серьезного сопротивления. Мамелюки вторглись в Киликию в 1266 году, разграбили Мамистру, Адану, Айас, Тарс и несколько маленьких городов. В царской резиденции, Сисе, они подожгли кафедральный собор, предварительно вынеся из его сокровищницы все золото и собранные там ценности и ободрав с образов дорогие оклады. Царь Гетум находился в это время в Тебризе (Тавризе), ища поддержки у монгольского ильхана Персии. По возвращении Гетум нашел свою страну в руинах и отрекся от престола в пользу сына, который стал царем Левоном II (1270–1289 гг.).

В течение ряда лет внимание мамелюков было занято другими делами и странами, так что Левон II получил передышку, необходимую для залечивания последствий египетского нашествия. Новые привилегии были даны венецианцам, и был восстановлен порт Айас. Когда Марко Поло посетил его в 1271 году, то нашел его «городом славным и большим, многоторговым» и добавил, что «в город этот поступают все пряности, и шелковые ткани, и золото, и шерсть из внутренних областей». Однако вскоре Киликия вновь пострадала от набегов мамелюков. При этом Левону II добавили забот междоусобицы и мятежи части баронов. Монгольские ильханы Персии с армянской поддержкой в 1281 году вторглись в Сирию, но не смогли одержать победу над мамелюками. После этого Левон II заключил мирный договор с Египтом на весьма почетных условиях, включающих контрибуцию в размере миллиона дирхемов, часть которой должна была быть выплачена лошадьми, мулами и железными чушками.

По смерти Левона II в 1289 году пять его сыновей передрались между собой за престол, и все какое-то время занимали его. Из четырех дочерей Левона Изабелла была отдана замуж за Амальрика, брата кипрского короля Генриха II, Рита – за Михаила К, сына и соправителя византийского императора Андроника II Палеолога. Братоубийственная борьба между армянскими князьями дала египтянам шанс штурмовать резиденцию армянских патриархов в Громкле. Это была хорошо укрепленная цитадель на Евфрате, севернее Биры, в мусульманских источниках ее называют Каль'ат аль-Рум. Католикосы-патриархи всех армян избрали Громклу местом своего основного пребывания с 1151 года, с того времени, как им подарила этот замок Беатриса, супруга Жосклена де Куртене. Весной 1292 года султан аль-Ашраф выступил на Громклу и после тридцатитрехдневной осады взял ее штурмом. Последовала чудовищная резня, католикос Стефан IV был уведен в плен. Египтяне разграбили соборы и патриаршую резиденцию и разворовали или уничтожили драгоценные реликвии и сокровища церквей.