В августе 2002 года иранская подпольная оппозиционная организация «Моджахедин-э-Халк» (МЭХ) сообщила мировым СМИ о существовании двух ядерных объектов в Араке и Нетензе. В последующие годы МЭХ продолжала раскрывать новые факты об иранской ядерной программе, это заставляло подозревать, что информация поступает из внешних источников. ЦРУ все еще было настроено скептически и предполагало, что израильтяне и британцы пытаются вовлечь Соединенные Штаты в опасные операции. В частности, ЦРУ, похоже, полагало, что Моссад и МИ-6 снабжали МЭХ разведданными, полученными от иранской оппозиции, полагаясь на нее как на достоверный источник. Согласно израильским источникам, огромный комплекс центрифуг в Нетензе, расположенный в глубине пустыни, на самом деле обнаружил один бдительный офицер Моссада. В том же 2002 году иранское подполье передало ЦРУ ноутбук с отсканированными документами. Иранские оппозиционеры не сообщили, как заполучили этот ноутбук; скептически настроенные американцы подозревали, что документы только недавно были загружены в компьютер; они обвинили Моссад в том, что тот добавил к ним информацию, полученную из собственных источников — и затем передал ее лидерам МЭХ для того, чтобы те сообщили ее на Запад.

Но тем временем на столах американцев и европейцев собирались и другие свидетельства, которые в конце концов должны были открыть им глаза. Слухи о прибыльной и смертоносной торговле доктора Хана распространились по всему миру. В конце концов 4 февраля 2004 года чуть не плачущий доктор Хан появился на пакистанском телевидении и признался, что действительно продавал ноу-хау, специализированную информацию и центрифуги Ливии, Северной Корее и Ирану, заработав на этом миллионы. Пакистанское правительство поспешило даровать полное помилование «Доктору Смерть», «отцу» своей атомной бомбы.

Теперь Израиль стал основным источником информации об Иране. Меир Даган и возглавляемый им Моссад снабжали американскую разведку свежими данными о секретном производственном комплексе, построенном иранцами в Куме; по неподтвержденной информации, Израиль также был вовлечен в организацию побегов нескольких старших офицеров из состава КСИРа и участников ядерного проекта; Моссад предоставил нескольким странам актуальные факты, побудив их задержать в своих портах суда, перевозящие в Иран ядерное оборудование. Простого получения таких разведданных для Израиля было бы недостаточно. В то время как иранские фанатики открыто угрожали Израилю уничтожением, весь остальной мир категорически отказывался от любых энергичных действий. У Израиля не оставалось иного выбора, кроме как начать тотальную тайную войну против иранской ядерной программы.

После шестнадцати лет фантастического невнимания к проблеме со стороны своих предшественников Даган решил действовать.

В январе 2006 года в Центральном Иране разбился самолет. Все находившиеся на борту погибли. В числе жертв были старшие офицеры КСИРа, в том числе Ахмед Казами, один из командиров Корпуса. Иранцы настаивали, что причиной катастрофы стали плохие погодные условия, но Stratfor дала понять, что самолет был выведен из строя западными агентами.

Всего за месяц до того военный грузовой самолет врезался в многоквартирный жилой дом в Тегеране. Погибли 36 бойцов КСИРа. Министр обороны Ирана заявил по национальному радио: «Согласно имеющимся разведданным, мы можем утверждать, что эти авиакатастрофы были подстроены американскими, британскими и израильскими агентами».

Тем временем Даган, без всякого публичного упоминания об этом факте, незаметно стал главным стратегом израильской политики в отношении Ирана. Он полагал, что у Израиля, возможно, не остается другого выбора, кроме решительной полномасштабной атаки на Иран. Однако Даган считал, что к этой мере следует прибегать только в самом крайнем случае.

Диверсии начались в феврале 2005 года. Мировые СМИ сообщили о взрыве на ядерном объекте в Диалеме, пораженном ракетой, выпущенной неопознанным самолетом. Следующий взрыв в этом же месяце произошел недалеко от Бушера, на трубопроводе, по которому газ поступает к ядерному реактору.

Еще одним объектом, подвергшимся нападению, был испытательный полигон Парчин, расположенный неподалеку от Тегерана. Там иранские эксперты разрабатывали «взрывную линзу», механизм, который должен был довести ядро бомбы до критической массы и запустить цепную реакцию для осуществления атомного взрыва. Иранское подполье утверждало, что взрыв в Парчине нанес существенный ущерб секретным лабораториям.

В апреле 2006 года святая святых иранского проекта — центральный ядерный комплекс в Нетензе — стал центром праздничных мероприятий. Множество ученых, технических специалистов, руководителей ядерного проекта собрались в подземных сооружениях, где круглосуточно работали тысячи центрифуг. В приподнятом настроении они пришли посмотреть первое испытание активации нового каскада центрифуг. Все ожидали драматического момента, когда центрифуги начнут свою работу. Главный инженер нажал кнопку активации — и огромное помещение вздрогнуло от мощного взрыва. Оглушительный взрыв уничтожил трубопроводы, и весь каскад перестал функционировать.

Взбешенные руководители ядерного проекта дали указание провести полное расследование. Судя по всему, в состав оборудования «неустановленными лицами» были включены неисправные детали. CBS сообщила, что центрифуги были уничтожены крошечными зарядами взрывчатки, прикрепленными к ним незадолго до испытания. Также сообщалось, что израильская разведка оказывала помощь американским агентам при организации взрыва в Нетензе.

В январе 2007 года центрифуги снова стали целью изощренной диверсии. Западные секретные службы создали в Восточной Европе подставные компании, которые производили изоляционные материалы, используемые в каналах между центрифугами. Иранцы не могли приобрести их на открытом рынке из-за ограничений, наложенных на Иран ООН; по этой причине они обратились к подставным восточноевропейским кампаниям, которые тайно работали на западные разведки. Только после того, как изоляция была установлена, иранцы поняли, что она неисправна и непригодна для использования.

К маю 2007 года президентом Джорджем Бушем был подписан секретный указ, дающий ЦРУ полномочия инициировать секретные операции для задержки иранского ядерного проекта. Вскоре после этого несколько западных секретных служб приняли решение блокировать каналы поставок запчастей, оборудования и сырья, необходимых для иранского ядерного проекта. В августе Даган встретился с заместителем государственного секретаря США Николасом Бёрнсом, чтобы обсудить стратегию противодействия Ирану.

Аварии, диверсии, взрывы продолжали происходить на производствах по всему Ирану в течение последующих семи лет. Одна загадочная поломка вызвала проблемы в системе охлаждения реактора в Бушере, что задержало его завершение на два года; в мае 2008 года взрыв на косметическом заводе в Араке нанес серьезный ущерб соседнему ядерному объекту; еще один взрыв причинил большие разрушения совершенно секретному комплексу в Исфахане, где уран преобразовывался в газ.

В 2008 и 2010 годах газета New York Times сообщила, что Тиннеры, швейцарская семья инженеров, помогли ЦРУ раскрыть ядерные программы Ливии и Ирана, получив за это 10 миллионов долларов. ЦРУ также помогло защитить их от преследования швейцарскими властями за незаконный оборот ядерных компонентов. Фридрих Тиннер и его сыновья Урс и Марко продали иранцам неисправное оборудование для электроснабжения производственного комплекса в Нетензе, результатом чего стало уничтожение 50 центрифуг. Тиннеры приобрели нагнетающие насосы у компании Pfeiffer Vacuum в Германии, частично вывели их из строя в Нью-Мексико, а затем продали иранцам.