Первые поставленные серийные самолеты предназначались не для строевых частей, а для испытательных центров. Тем не менее, в первую неделю апреля несколько машин поступило в JG I. Небольшое количество этих самолетов поступило в JG 1 с заводов Юнкерса в Бернбурге, для их доставки была сформирована специальная группа перегонщиков. Поставок с Mittelwerke ждать уже не приходилось - 10 апреля предприятие было захвачено Союзниками, а советские войска захватили Вену. Вскоре прекратились и поставки из Бернбурга, к которому подошли силы американцев.

Кабина пилота Не 162А-2 (реконструкция)

1 – рукоятка управления триммером руля направления 2 – рукоятка управления триммером руля высоты 3 – переключатель выпуска/уборки шасси 4 – топливный кран 5 – рукоятка выпуска шасси 6 – рукоятка управления двигателем 7 – рукоятка выпуска закрылков 8 – панель приборов 9 – козырек фонаря кабины 10 – прицел Revi 16В 11 – замок фонаря 12 – указатель давления и уровня кислорода 13 – кран подачи кислорода 14 – регулятор давления кислорода 15 – панель управления FuG 25а 16 – устройство выпуска сигнальных ракет 17 – ручка тонкой настройки частоты радиостанции FuG 16ZY 18 – регулятор громкости FuG 16ZY 19 – переключатель селектора частот 20 – панель предохранителей 21 – включатель стартера 22 – кожух ствола пушки 23 – пиша передней стойки шасси с окном для визуального контроля ее положения 24 – матерчатый чехол возвратной пружины пушки 25 – рукоятка катапультирования 26 – подножка 27 – катапультируемое кресло

Было выпущено более 125 самолетов (не считая недостроенных):

Вена - Швехат (Heidfeld, EHAG) - 10

Хинтербрюль (Languste, EHAG) - минимум 20

Росток-Мариене (EHAG) -минимум 55

Росток-Терезиенфельд (EHAG) - минимум 20

Бернбург (Юнкере) - минимум 15

Нордхаузен (Mittelwerk) - минимум 5

Оранненбург (Хейнкель) -1-5

Согласно статистике 6-го Департамента Генерального Штаба (Generalstab Abteilung 6.) было поставлено 116 экземпляров Не 162. из них 31 - на аэродром Лекк. Серийное производство должны были прекратить после выпуска этого количества планеров. Лишь высокопоставленные чиновники знали, что 7 апреля Гитлер отдал приказ остановить производство Не 162 и сконцентрировать усилия на выпуске реактивных Арадо Аг 234 и Мессершмит Me 262. Но и эти самолеты не могли отсрочить конец войны и крах Третьего Рейха.

Только человек с богатым воображением может связать представленную па снимке машину с программой «Народного истребителя». Тем не менее, планер Не 162S предназначался для тренировки пилотов XFSK. Планы по оснащению этого самолета ТРД так и не были реализованы.

Не 162 с ТРД Jumo 004

Производство Не 162А-2 продолжалось до последнего дня войны. Точное число законченных постройкой самолетов остается неизвестным, но можно предположить, что было выпущено 120-140 машин. Много самолетов было поставлено Люфтваффе не облетанными - в разобранном виде. Из таких комплектов собрали ещё 50 самолетов, успев облетать около половины из них. После войны на различных аэродромах было найдено около 100 неукомплектованных полностью истребителей, а ещё 800 планеров находилось в высокой стадии готовности. Также в руки победителей попало огромное количество отдельных деталей и узлов.

RLM и инженеры Хейнкеля полагали, что служба Не 162 продлится значительно дольше. «Окончательная победа Третьего Рейха» была запланирована на лето 1946 года и, соответственно, имелись планы по совершенствованию Не 162. Даже в последний год войны разрабатывалось несколько вариантов самолета, предусматривавших установку стреловидного крыла и оперения, а также более мощных двигателей. Предполагалось, что новые модификации истребителя будут способны развивать скорость 1000 км/ч на высоте около 11000 м.

Сначала решили улучшить летные характеристики Не 162А-1, установив на него двигатель Юнкерса Jumo 004D Orkan. развивающий тягу 10,4 кН (1050 кг), вместо ТРД BMW 003A и Е (7.8 кН и 9,1 кН соответственно). В качестве прототипов решили использовать Не 162М11 (W.Nr. 220017) и Не 162М12 (W.Nr. 220018), первоначально оснащенные ТРД BMW 003A-1. Двигатели Jumo, предназначенные для этих машин, поступили с заводов Юнкере в Швехат в середине февраля 1945 года. Конструкция BMW 003А-1 и Jumo 004D была изменена таким образом, что узлы крепления находились в нижней части ТДР. в отличие от двигателей устанавливавшихся на Me 262 и Аг 234, где они располагались сверху. Немедленно началось производство новых мотогондол, внесение изменений в конструкцию установочных узлов и системы управления двигателем, но эти мероприятия заняли значительно больше времени, чем первоначально предполагалось. К концу марта, когда работы были почти закончены. EHAG должна была эвакуироваться в Иенбах в районе Зальцбурна и работы над He 162M11 и М12 прекратили. Таким образом эта модификация Не 162 (в некоторых источниках она именуется А-8) так и не дошла до Люфтваффе. Также предполагалось создать на базе модификации А-2 разведчик, установив в фюзеляже, за основными стойками шасси фотокамеру Rb 50/30, но эта идея так и осталась нереализованной.

Предложенная для серийного выпуска модификация Не 162A-3 с пушками МК 108 в перепроектированной носовой части, при сохранении короткого фюзеляжа также осталась на бумаге.

Не отказались и от идеи создать вариант Не 162 с удлиненным фюзеляжем и вооружением из двух пушек МК 108. Предполагалось, что эта машина, получившая обозначение Не 162А-6, сменит на конвейере истребители ранних модификации.

Считается, что Хейнкель предложил модификации базовой модели вплоть до А-14 (реально использовались только обозначения А-1 и А-2, остальные являются лишь предполагаемыми), но детали этих проектов остаются неизвестными и по сей день.

Между тем, в рамках обширной программы велась разработка двухместного учебного планера, который иногда называют Не 162S. Этот самолет был построен, его первый раз подняли в воздух 1 марта 1945 года в Имперской планерной школе в Треб-бине. 29 марта планер совершил полет на буксире за Бюккером Ви 181. который пилотировала известная немецкая летчица Ханна Рейтч. По некоторым данным до конца марта было выпущено ещё четыре планера.