С другой стороны, организация производства оставляла желать лучшего. Особенно остро проблема качества самолетов встала зимой и весной 1943 года, когда было отмечено несколько случаев отрыва обшивки на крыльях. Причин у этого было несколько. Наклеивание обшивки представляет собой довольно сложный процесс, требующий высокой квалификации рабочих и специальных технологических условий. Прежде всего, имевшиеся в распоряжении клеи и краски были невысокого качества. Заводские цеха отличались повышенным уровнем запыленности, что вызывало загрязнение клеев. Наконец, цеха не отапливались, поэтому температура в них колебалась в широких пределах, что отрицательно сказывалось на схватывании клея.

Большинство узлов самолета не были взаимозаменяемы. Кроме крыльев, хвостового оперения и маслобаков все узлы самолета приходилось подгонять по месту. Поэтому рядом с каждым самолетом лежало несколько комплектов элеронов, закрылков и др., из которых выбирались те, что лучше подходили к данной машине. Допуски были значительные, иногда даже стойки шасси имели разную длину. Однако деревянный каркас самолета позволял подгонку деталей в широких пределах, поэтому с такой практикой можно было мириться.

Такой полукустарный способ сборки закончил свое существование в марте 1944 года, когда была организована поточная линия сборки, на которой не бригады сборщиков переходили от самолета к самолету, а самолеты двигались от одного рабочего места к другому.

В результате разброс характеристик между отдельными экземплярами Як-1 был довольно велик. Например, машины 02–18 и 04–06 (завод № 301), а также 05–11 и 20–29 (завод № 292) имели скорость на высоте 4860 метров от 560 до 573 км/ч, скорость набора высоты 5000 метров от 5,26 до 5,7 минут, а потолок 10200,9300,10000 и 9900 метров, соответственно.

Выпуск самолетов Як-1 продолжался с февраля 1940 года по июль 1944 и закончился на 192 производственной серии. Последние машины поступили в боевые части в октябре 1944 года.

Было выпущено 8670 Як-1, однако это число не точно, но наиболее вероятно.

Завод 1939 1940 1941 1942 1943 1944 47 - - - 2* - - 115 1 2 - - - - 292 - 16 1212 3474 2720 1128 301 - 48 69 - - - Итого 1 66 1281 3474 2720 1128 * Самолеты собраны из запасных частей, предоставленных заводом № 292, поэтому также включены в данные 292 завода, что учитывалось при подсчете итогов.

Завод № 301 выпускал истребители в рамках следующих серий: 1-я — 12 самолетов, 2-я — 18, последующие — 20. В свою очередь, завод № 292 в Саратове выпустил первые две серии по 5 машин, третью — 10 машин, а с начала 1941 до конца июля 1941 года выпускал серии по 20 машин. Затем число самолетов в серии увеличилось до 50.

К началу войны успели построить 425 самолетов Як-1, включая прототипы. Ежемесячный выпуск колебался. Первое время в число «выпущенных» машин попадали и те самолеты, что стояли во дворе завода, ожидая доукомплектации. 21 января 1941 года эту порочную практику пресекли и учитывались только те машины, что были «готовы к бою».

Конструкцию самолета продолжали совершенствовать до последних дней выпуска. Иногда даже машины одной серии имели заметные конструктивные различия. Поскольку никаких официальных систем обозначения модификации не существовало, можно условно выделить следующие основные модификации.

Прототип Як-1М, созданный на базе серийного Як-1 2-й производственной серии. Поскольку пилоты часто жаловались на плохой обзор сзади, Як-1М получил трехсоставный фонарь, обеспечивающий круговой обзор. Осенью 1942 года самолет облетал летчик-испытатель А.Г. Прошаков. Внешне Як-1М отличался формой выхлопных патрубков, перенесенным ходовым огнем и измененным воздухозаборником маслорадиатори.

Сочетание использования «легких» Як-1 и «тяжелых» Як-9 (пикирует на заднем плане) было обычной практикой советских ВВС в годы войны. Як-9 по силуэту отличался более скругленными концами крыльев.

Эта модификация изготавливалась на заводах № 292 и 301. Первые экземпляры почти не отличались от прототипа И-26-П. В феврале 1941 года самолет 04–06 проходил испытания в НИИВВС. Выяснилось, что серийные машины сохранили многие недостатки, отмеченные к устранению еще на прототипе. Лучше выглядела машина 05–11 саратовского производства, которую испытали 10 июня 1941 года. Но и этот самолет был далек от совершенства. Двигатель брызгал маслом, радиостанции на самолете не было, вода и масло перегревались.

Однако работы по совершенствованию самолета шли полным ходом. Машины 20-й производственной серии, выпущенные в октябре 1941 года, были уже заметно лучше. На самолеты начали устанавливать радиостанцию РСИ-4: все машины получали приемники, а каждая десятая оборудовалась и передатчиком. Боекомплект к пушке увеличили со 110 до 120 выстрелов, ручку выпуска шасси перенесли на приборную доску. Внешне октябрьские «Яки» отличались посадочным огнем на левом крыле и заслонкой на капоте, которая спасала от масляных брызг. Нижние створки ниши главного шасси были убраны, хвостовое колесо жестко зафиксировано.