12 мая 2008 года Путин произвел назначения в правительство РФ. Сердюков вновь стал главой Минобороны.

В октябре 2008 года Сердюков объявил о начале военной реформы, одним из элементов которой должен стать переход от дивизионно-полковой структуры войск и штабов к бригадной. Она предусматривала значительное сокращение общей численности Вооруженных сил (сообщалось, что офицерский корпус должен сократится с 315 тысяч до 150 тысяч человек, институт прапорщиков и мичманов будет ликвидирован, количество генералов будет сокращено, а аппарат Мин обороны уменьшится в два с половиной раза).

Военная реформа предусматривала, в частности, и избавление армии от непрофильных активов. Планировалось распродать земли и строения, которые могут эффективнее использоваться гражданскими руководителями. Бюджет должен был получить доходы, а земли и строения (часть из которых попали в распоряжение Минобороны фактически по недоразумению) — новую жизнь.

Были обнародованы и планы реформ тыловых структур в рамках «придания нового облика» Вооруженным силам РФ, согласно которым систему военной торговли, военное сельское хозяйство и часть военных ФГУПов планировалось передать в гражданское ОАО «Оборонсервис», а Центр заказов и поставок материальных и технических средств тыла переформировать в гражданское Федеральное агентство закупок и поставок.

В рамках реформы в сентябре 2008 года был создан холдинг «Оборонсервис», в который вошли девять субхолдингов — «Авиаремонт», «Спецремонт», «Ремвооружение», «Оборонстрой», «Агропром», «Оборонэнерго», «Военторг», «Красная звезда» и «Славянка». Предполагалось, что холдинг займется обслуживанием войск и офицерам уже не придется отвлекаться на «мелочи» вроде ремонта техники или починки водопровода.

Анатолий Сердюков и Дмитрий Медведев. Фото РИА Новости, Сергей Гунеев

Министр обороны Анатолий Сердюков, Президент Дмитрий Медведев и начальни Генштаба Николай Макаров (12 августа 2008 года)

Однако армейская реформа, в отличие, например, от реформы МВД, сравнительно мало освещалась в СМИ. Достаточно скоро информация о проведении реформы в армии становилась все более скудной. Начальник Генштаба Николай Макаров даже подписал специальную директиву «О недопущении разглашения сведений о реформировании Вооруженных сил РФ». Распоряжение запрещало распространение сведений о ходе реформ, возникающих проблемах, а главное, о настроениях в войсках. До прессы доходили лишь отдельные популистские инициативы, такие как замена дивизий и полков бригадами или введение новой формы «от Юдашкина».

Глава Военного комитета НАТО Джампаоло Ди Паола и начальник Генерального штаба российских Вооруженных сил Николай Макаров в Брюсселе (26 января 2010 года)

По сведениям западных СМИ, реформа вызвала всплеск недовольства среди офицеров, которые не доверяют действующей власти[26]. Российская пресса, напротив, сначала отмечала, что открытого сопротивления реформа в обществе не встретила (позже, однако, ситуация переменилась). При этом СМИ, в частности, газета «Коммерсант», публиковали информацию о том, как осенью того же года рядом высших военачальников были поданы рапорты об отставке, что объяснялось несогласием с военной реформой, проводимой Сердюковым[27].

Открыто против преобразования армии выступили лишь представители КПРФ. Назвав реформу «дорогостоящей» и «непродуманной», они потребовали отставки Сердюкова. По мнению депутатов-коммунистов, происходящее в армии «представляет угрозу для обороноспособности страны», поскольку в результате сокращения личного состава она теряет «высококвалифицированные кадры». Представители фракции КПРФ в Госдуме заявили, что поддержат «массовые выступления увольняемых офицеров, а также трудящихся, протестующих против увольнений и сокращений зарплаты»[28]. Несмотря на активные выступления противников реформы, к декабрю 2009 года структура управления армией была значительно изменена, а офицерский состав был подвергнут существенному сокращению (с 355 тысяч офицерских должностей до 150 тысяч).

Тем временем люди, непосредственно связанные с армией, быстро заметили, что «Оборонсервис» плохо справляется со своими обязанностями. Вот только один характерный пример. Замглавы администрации Среднинского муниципального образования Иркутской области (военный городок Средний) Евгений Дорофеев пожаловался журналистам, что из 33 жилых домов городка 21 дом по состоянию на 2012 год находится в аварийном состоянии. Даже администрация ютится в аварийном здании бывшего детсада[29]. Есть еще около десяти брошенных зданий, которые не сносят и не ремонтируют.

Митинг ветеранов-десантников на Поклонной горе г. Москвы «Защитим армию и флот от произвола чиновника Сердюкова А. Э.»

В Среднем большие сложности с уборкой мусора, 18 штатных дворников не справляются с объемом работы.

«Мы постоянно ставим вопрос по дворникам «Славянке». Они обращаются в Иркутск, те — в Москву. Ответ обратно до нас не доходит», — рассказал Дорофеев. По его словам, озлобленные жители уже начали жечь мусор в подъездах. Ловить хулиганов некому — на весь военный городок осталась «половина полицейского», то есть участковый, который обслуживает Средний и еще один населенный пункт. Военные патрули, которые обеспечивали порядок до реформы, теперь сняты. Криминогенная обстановка не замедлила ухудшиться.